Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fernandes, Alice Gomes
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/7189
Resumo: O desenvolvimento e a produção de vacinas virais, de uma forma geral,envolvem diversas etapas que necessitam do monitoramento da carga viral ao longo de todo processo. Essas etapas vão desde a produção do antígeno, purificação, inativação, liofilização, testes pré-clínicos e clínicos e uma vez o produto licenciado, um processo de farmacovigilância contínuo se faz necessário. Atualmente em Biomanguinhos essas etapas são monitoradas pelo ensaio de titulação em placa de lise que leva em torno de sete a dez dias. Com o recente desenvolvimento do qRT-PCR em tempo real (qRT-PCR), temos disponível uma abordagem mais rápida para este monitoramento, que pode ser feito em poucas horas. Dentro deste contexto, desenvolver, padronizar e validar uma técnica que permita quantificar o vírus da febre amarela de forma rápida e eficaz em todas as etapas acima descritas é de extrema importância na otimização deste processo. Para tal foi construída uma curva padrão plasmidial e parâmetros como linearidade, precisão intermediária e especificidade foram avaliados. Além disso, foi definido o limite de detecção e quantificação do teste. Para garantir a qualidade do teste foram estabelecidos controles exógenos e endógenos, a fim de evitar resultados falso negativos. A análise estatística dos dados de quantificação viral, nos revelam uma excelente correlação entre os resultados obtidos em cópias de RNA/mL quantificados por qRT-PCR e o título viral calculados em ensaios de plaque (R = 0.96), além da obtenção de um fator de correlação, para conversão dos valores de PCR em tempo real para plaque. A análise dos resultados demonstrou que os experimentos da validação atendem a todos os parâmetros definidos pelo setor de qualidade. Esta técnica se mostrou eficiente para determinação da carga viral do vírus da febre amarela tanto em amostra in vivo quanto in vitro, tornando-se assim uma ferramenta muito importante em todos os projetos desenvolvidos no LATEV e podendo inclusive, no futuro ser adotada como padrão ouro nas análises laboratoriais e de controle de qualidade dos lotes vacinais.
id CRUZ_8423b6d17d160398de816ac701928bc2
oai_identifier_str oai:www.arca.fiocruz.br:icict/7189
network_acronym_str CRUZ
network_name_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
repository_id_str 2135
spelling Fernandes, Alice GomesFilippis, Ana Maria BispoBonaldo, MyrnaSantos, Debora Regina LopesOliveira, Andrea ChebleSantos, Flavia BarretoBritto, Constança Felicia de Paoli de Carvalho2013-10-22T17:55:08Z2013-10-22T17:55:08Z2012FERNANDES, Alice Gomes. Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral in vitro. 2012. 123 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) – Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2012.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/7189O desenvolvimento e a produção de vacinas virais, de uma forma geral,envolvem diversas etapas que necessitam do monitoramento da carga viral ao longo de todo processo. Essas etapas vão desde a produção do antígeno, purificação, inativação, liofilização, testes pré-clínicos e clínicos e uma vez o produto licenciado, um processo de farmacovigilância contínuo se faz necessário. Atualmente em Biomanguinhos essas etapas são monitoradas pelo ensaio de titulação em placa de lise que leva em torno de sete a dez dias. Com o recente desenvolvimento do qRT-PCR em tempo real (qRT-PCR), temos disponível uma abordagem mais rápida para este monitoramento, que pode ser feito em poucas horas. Dentro deste contexto, desenvolver, padronizar e validar uma técnica que permita quantificar o vírus da febre amarela de forma rápida e eficaz em todas as etapas acima descritas é de extrema importância na otimização deste processo. Para tal foi construída uma curva padrão plasmidial e parâmetros como linearidade, precisão intermediária e especificidade foram avaliados. Além disso, foi definido o limite de detecção e quantificação do teste. Para garantir a qualidade do teste foram estabelecidos controles exógenos e endógenos, a fim de evitar resultados falso negativos. A análise estatística dos dados de quantificação viral, nos revelam uma excelente correlação entre os resultados obtidos em cópias de RNA/mL quantificados por qRT-PCR e o título viral calculados em ensaios de plaque (R = 0.96), além da obtenção de um fator de correlação, para conversão dos valores de PCR em tempo real para plaque. A análise dos resultados demonstrou que os experimentos da validação atendem a todos os parâmetros definidos pelo setor de qualidade. Esta técnica se mostrou eficiente para determinação da carga viral do vírus da febre amarela tanto em amostra in vivo quanto in vitro, tornando-se assim uma ferramenta muito importante em todos os projetos desenvolvidos no LATEV e podendo inclusive, no futuro ser adotada como padrão ouro nas análises laboratoriais e de controle de qualidade dos lotes vacinais.The development and the production of viral vaccines, in general, involve several steps that need the monitoring of viral load throughout the entire process. These steps range from the production of antigen, purification, inactivation,lyophilization, preclinical testing and clinical trials and once the licensed product,a process of continued pharmacovigilance is needed. Nowadays in Biomanguinhos these steps are monitored by plaque titration assay lysis which takes about seven to ten days. With the recent development of real time RT-PCR, we have available a faster approach to this, where monitoring can be done in a few hours. In this context, the development, standardization and validation of a technique to quantify the yellow fever virus quickly and efficiently in all the stages described above is extremely important in optimizing the process. To do this end we constructed a plasmid standard curve and parameters such as linearity,intermediate precision and specificity were evaluated. Furthermore, we defined the limit of detection and quantification of the test. To ensure the quality of the test, endogenous and exogenous controls were established in order to avoid false negative results. The statistical analysis to quantify viral load revealed an excellent correlation between the results obtained in RNA copies / mL quantified by qRT-PCR and the viral titer calculated as plaque tests (R = 0.96). In addition, a correlation factor for conversion of the real time PCR data to plaque was generated. In general, the results analysis showed that the validation experiments gathered to all parameters defined by the quality sector. The technique herein standardized proved to be effective for determining yellow fever viral load both in vivo and in vitro, thus becoming a very important tool in all projects developed in LATEV, and may eventually be adopted as the gold standard laboratory analysis and quality control for vaccine production.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ.porFlavivírusVírus da febre amarelaFebre amarelaqRT-PCRVírus 17DDPadronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITROStandardization and validation of method for RT-PCR real time to yellow fever virus vaccine and kinetics of viral replication IN VITROinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2012-12-01Vice Direção de Ensino, Informação e ComunicaçãoInstituto Oswaldo CruzMestrado AcadêmicoRio de JaneiroPós-Graduação em Biologia Parasitáriainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZORIGINALDissertação_AliceFernandes_2012.pdfDissertação_AliceFernandes_2012.pdfapplication/pdf2289987https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf6e127d7b7be0f61d9348ef2e3d3a2dbfMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81914https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/2/license.txt7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81fMD52TEXTDissertação_AliceFernandes_2012.pdf.txtDissertação_AliceFernandes_2012.pdf.txtExtracted texttext/plain205138https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/5/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf.txt7b3c5ac12f1728fd1ebdbbf7a9a80248MD55THUMBNAILDissertação_AliceFernandes_2012.pdf.jpgDissertação_AliceFernandes_2012.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1155https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/4/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf.jpg337880c5b3e017b6f22c7803670869a9MD54icict/71892019-09-06 21:17:50.505oai:www.arca.fiocruz.br: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ório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-09-07T00:17:50Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
dc.title.alternative.pt_BR.fl_str_mv Standardization and validation of method for RT-PCR real time to yellow fever virus vaccine and kinetics of viral replication IN VITRO
title Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
spellingShingle Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
Fernandes, Alice Gomes
Flavivírus
Vírus da febre amarela
Febre amarela
qRT-PCR
Vírus 17DD
title_short Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
title_full Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
title_fullStr Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
title_full_unstemmed Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
title_sort Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral IN VITRO
author Fernandes, Alice Gomes
author_facet Fernandes, Alice Gomes
author_role author
dc.contributor.member.none.fl_str_mv Filippis, Ana Maria Bispo
Bonaldo, Myrna
Santos, Debora Regina Lopes
Oliveira, Andrea Cheble
Santos, Flavia Barreto
dc.contributor.author.fl_str_mv Fernandes, Alice Gomes
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Britto, Constança Felicia de Paoli de Carvalho
contributor_str_mv Britto, Constança Felicia de Paoli de Carvalho
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv Flavivírus
Vírus da febre amarela
Febre amarela
qRT-PCR
Vírus 17DD
topic Flavivírus
Vírus da febre amarela
Febre amarela
qRT-PCR
Vírus 17DD
description O desenvolvimento e a produção de vacinas virais, de uma forma geral,envolvem diversas etapas que necessitam do monitoramento da carga viral ao longo de todo processo. Essas etapas vão desde a produção do antígeno, purificação, inativação, liofilização, testes pré-clínicos e clínicos e uma vez o produto licenciado, um processo de farmacovigilância contínuo se faz necessário. Atualmente em Biomanguinhos essas etapas são monitoradas pelo ensaio de titulação em placa de lise que leva em torno de sete a dez dias. Com o recente desenvolvimento do qRT-PCR em tempo real (qRT-PCR), temos disponível uma abordagem mais rápida para este monitoramento, que pode ser feito em poucas horas. Dentro deste contexto, desenvolver, padronizar e validar uma técnica que permita quantificar o vírus da febre amarela de forma rápida e eficaz em todas as etapas acima descritas é de extrema importância na otimização deste processo. Para tal foi construída uma curva padrão plasmidial e parâmetros como linearidade, precisão intermediária e especificidade foram avaliados. Além disso, foi definido o limite de detecção e quantificação do teste. Para garantir a qualidade do teste foram estabelecidos controles exógenos e endógenos, a fim de evitar resultados falso negativos. A análise estatística dos dados de quantificação viral, nos revelam uma excelente correlação entre os resultados obtidos em cópias de RNA/mL quantificados por qRT-PCR e o título viral calculados em ensaios de plaque (R = 0.96), além da obtenção de um fator de correlação, para conversão dos valores de PCR em tempo real para plaque. A análise dos resultados demonstrou que os experimentos da validação atendem a todos os parâmetros definidos pelo setor de qualidade. Esta técnica se mostrou eficiente para determinação da carga viral do vírus da febre amarela tanto em amostra in vivo quanto in vitro, tornando-se assim uma ferramenta muito importante em todos os projetos desenvolvidos no LATEV e podendo inclusive, no futuro ser adotada como padrão ouro nas análises laboratoriais e de controle de qualidade dos lotes vacinais.
publishDate 2012
dc.date.issued.fl_str_mv 2012
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2013-10-22T17:55:08Z
dc.date.available.fl_str_mv 2013-10-22T17:55:08Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv FERNANDES, Alice Gomes. Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral in vitro. 2012. 123 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) – Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2012.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/7189
identifier_str_mv FERNANDES, Alice Gomes. Padronização e validação de método de RT-PCR em tempo real para o vírus de febre amarela vacinal e cinética de replicação viral in vitro. 2012. 123 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) – Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2012.
url https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/7189
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron:FIOCRUZ
instname_str Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron_str FIOCRUZ
institution FIOCRUZ
reponame_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
collection Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
bitstream.url.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/2/license.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/5/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/7189/4/Disserta%c3%a7%c3%a3o_AliceFernandes_2012.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 6e127d7b7be0f61d9348ef2e3d3a2dbf
7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81f
7b3c5ac12f1728fd1ebdbbf7a9a80248
337880c5b3e017b6f22c7803670869a9
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
repository.mail.fl_str_mv repositorio.arca@fiocruz.br
_version_ 1794075863336091648