Análise dos coeficientes de endogamia e de parentesco para qualquer nível de ploidia usando o pacote estatístico R

• Autor(a) principal: Peternelli,Luiz Alexandre
• Data de Publicação: 2009
• Outros Autores: Ferreira,Fábio Medeiros, Rocha,Rodrigo Barros, Barros,Willian Silva, Barbosa,Márcio Henrique Pereira
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: Bragantia
• Texto Completo: http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000400004
• topic: genética de populações; poliplóides; análise de pedigree

São poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (F X) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (rXY) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados. Adicionalmente, foram incluidas funções que servem para identificar erros de redundância dos dados originais (checar.nomes()) e para identificar os pares de indivíduos com rXY superior a certo limite especificado pelo pesquisador (corte.rxy()). Essas funções podem ser usadas na análise de pedigrees com um número elevado de indivíduos e poderão ser utilizadas pela comunidade científica livremente, sem restrições à plataforma operacional utilizada. Destaca-se a vantagem em se poder trabalhar com qualquer nível 2k de ploidia, mesmo quando existe a possibilidade de certo indivíduo ser oriundo de autofecundação, aspecto comum em várias espécies vegetais.