Análise in silico e aplicabilidade da região IGS rRNA de Leishmania spp. para identificação de espécies que causam a Leishmaniose Tegumentar Americana

• Autor(a) principal: Goes, Tayná Correia de
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/40948
• topic: Leishmaniose; Genes de RNAr; PCR em tempo real; Análise de sequência de DNA; Leishmaniasis; Genes; rRNA; Real time PCR; Sequence analysis; DNA; Leishmaniose; Genes de RNAr; Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real; Análise de Sequência de DNA

Dentre fatores importantes para a evolução da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) está espécie do parasito, sendo a caracterização da mesma, de suma importância. Derivados do RNA ribossomal (rRNA) foram utilizados em estudos para caracterização de Leishmania spp. através de PCR quantitativa em Tempo Real (qPCR), porém, a região Intergenic Spacer (IGS) não foi explorada para este fim. Assim, foi proposto a análise in silico e verificação da aplicabilidade da região IGS rRNA de Leishmania spp. para identificação de espécies que causam a LTA. Com base em sequências de Leishmania major, foram desenhados primers para amplificação da região IGS rRNA completa de Leishmania spp. Os produtos foram submetidos ao Sequenciamento Capilar e de Nova Geração. As sequências obtidas foram alinhadas e analisadas em relação à tamanho e similaridade, bem como depositadas no GenBank. Foram analisadas características do elemento de repetição (IGSRE) presente no IGS rRNA. Além disso, foi desenvolvido e otimizado um sistema primers para identificação de Leishmania braziliensis para qPCR, sendo aplicado testes de sensibilidade (S), especificidade () e eficiência (). Verificou-se que o tamanho médio para a região IGS rRNA é de 3 kb, e a região repetitiva IGSRE varia entre 61-71 pb. A análise de similaridade das sequências obtidas demonstrou alta conservação entre as espécies. Foram depositadas no GenBank, quinze sequências parciais geradas para da região IGS rRNA de nove espécies. O sistema de primers específico para L. braziliensis, apresentou S= 10fg, = 99,73% e, Log = 103 para Leishmania naiffi, Log = 104 para Leishmania guyanensis e Log = 105 para Leishmania shawi. O sistema pode ser utilizado para diagnóstico, identificação e quantificação, auxiliando no direcionamento para uma conduta terapêutica mais apropriada aos casos de infecção por este parasito. E, as sequências inéditas depositadas em bancos de dados, podem ser utilizadas para múltiplas análises de pesquisadores no mundo.