CNViewer : aplicativo baseado em navegador web para análise de variações de número de cópias (CNV) do genoma humano

• Autor(a) principal: Palu, Cintia Cristina
• Data de Publicação: 2010
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC
• Texto Completo: https://tede.lncc.br/handle/tede/28
• topic: Bioinformática; Desenvolvimento de Website,Informática na medicina; Computação gráfica; CNV-Variação do número de cópias; Comparação de perfil de CNV; Ánalise exploratória-Desenvolvimento de software; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS

O uso de ferramentas de análise e visualização de dados é essencial para a pesquisa de CNVs, porém nem sempre está ao alcance de todo o meio científico devido a restrições de acesso ou por requerer conhecimento avançado de informática. Portanto o desenvolvimento de interfaces amigáveis e acessíveis é essencial para a pesquisa. Esta dissertação visou explorar o ambiente dos navegadores Web para desenvolver soluções para os problemas de acessibilidade, portabilidade e visualização, comumente encontrados nas ferramentas de bioinformática. Foi desenvolvido um aplicativo para análise exploratória, denominado CNViewer, o qual oferece recursos para comparação de perfis moleculares, além de representar graficamente diversas amostras simultaneamente. Através de uma interface dinâmica, o usuário pode delimitar quaisquer regiões genômicas para a análise, e pode também exibir dados complementares às CNVs. Foi também disponibilizado acesso direto a anotações genômicas, tornando o CNViewer um ambiente para estudo de CNVs e dados correlacionados. Utilizando somente os recursos oferecidos pelos navegadores Web (JavaScript e HTML), o CNViewer é capaz de processar dados e executar tarefas rapidamente, com independência de servidor, pois mantêm os dados em memória durante seu uso, aperfeiçoando a interatividade com o usuário. Foi também criado um módulo de exportação, que permite ao usuário salvar e recuperar suas análises, servindo também para compartilhamento de dados. O CNViewer é um aplicativo que supera os limites dos programas baseados em Web clássicos, comportando-se como um aplicativo desktop, mas com a vantagem de ser acessado diretamente, sem requerer instalação ou atualização. O crescente uso dos navegadores Web como ambiente de trabalho, e mais recentemente até mesmo como sistema operativo, sugere que aplicativos nativos a esse ambiente poderão tornar-se a norma em informática biomédica.