Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pais, Ana Carolina Campos
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/56342
Resumo: Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2022
id RCAP_99617796cb56deb367eb4fff7bd2afaf
oai_identifier_str oai:repositorio.ul.pt:10451/56342
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significanceVariantes intrónicas BRCA1 e BRCA2Ensaio de splicingVariants of uncertain significance (VUS)Biologia molecularDomínio/Área Científica::Ciências MédicasTrabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2022BRCA1 e BRCA2 são genes supressores de tumor que desempenham funções fundamentais na reparação de quebras de cadeia dupla no DNA por recombinação homóloga. Mutações nestes genes são frequentemente associadas a uma condição genética denominada cancro hereditário de mama e ovário (HBOC) que se caracteriza por risco aumentado de desenvolver cancro da mama, do ovário e outros tipos de cancro. A identificação de mutações em BRCA1 e BRCA2 na linha germinativa tem importantes implicações para o diagnóstico e tratamento de doentes com cancro da mama ou ovário, bem como para a saúde dos seus familiares próximos, porém o aumento da testagem genética veio revelar um número crescente de variantes genéticas com um significado incerto (VUS), que representam um desafio no contexto clínico. O objetivo deste projeto foi o de implementar uma caracterização molecular e funcional de variantes intrónicas em BRCA, identificadas em mulheres com suspeita de cancro hereditário. Para isso, desenvolvemos uma metodologia de ensaios de splicing e avaliação quantitativa das isoformas alternativas de splicing para determinar a contribuição relativa dos alelos com as variantes, para a totalidade dos transcritos. Os resultados obtidos mostraram que a variante BRCA1: c.212+1G>A promove o uso de um dador de splicing alternativo natural; a variante BRCA2:c.681+5G>C induz a perda do exão anterior; enquanto a variante BRCA2: c.7618-10T>G cria um local críptico de aceitador de splicing. Todos os transcritos aberrantes assim identificados vão conter um codão de terminação prematuro (PTC) que conduz à degradação do mRNA através de decaimento mediado por codão stop prematuro (NMD) com a consequente perda de função. Adicionalmente, porém, descobrimos que a variante BRCA2: c.681+5G>C também promove o uso de um dador de splicing críptico natural gerando uma isoforma alternativa de mRNA com uma deleção in-frame que pode ter a capacidade de resgatar a função supressora de tumor. Em conclusão, corroborámos a classificação de Patogénica para a variante BRCA1:c.212+1G>A; produzimos evidência funcional para uma reclassificação da variante BRCA2:c.7618-10T>G de VUS para Patogénica; e obtivemos evidências controversas para a variante BRCA2: c.681+5G>C, o que impede uma pretensão de reclassificação para aquela VUS. Conseguimos validar a nossa metodologia e contribuímos para uma melhor classificação de variantes intrónicas de BRCA com interpretação VUS.Breast cancer 1 and 2 (BRCA1/2) are tumor suppressor genes that play key roles in DNA double strand break repair by homologous recombination. Mutations in these genes are often correlated with an increased likelihood of developing hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) and other cancers. Despite the importance of identifying germinal BRCA1 and BRCA2 mutations for the clinical management of individuals with familial predisposition to breast/ovarian cancer, a large proportion of detected variants are classified Variants of Uncertain Significance (VUS), which are very challenging in the clinical context. The goal of this project was to implement a molecular and functional characterization of intronic BRCA variants, identified in women with a suspected hereditary cancer syndrome. We developed splicing assays and quantitative evaluation of alternative splicing isoforms to measure the relative contribution of variant alleles for the full-length transcripts. Our results showed that BRCA1: c.212+1G>A variant promotes the usage of a natural, underused, alternative splice donor; BRCA2: c.681+5G>C variant induces the skipping of the previous exon; while BRCA2: c.7618-10T>G variant creates a cryptic acceptor splice site. All the aberrant transcripts produced in those ways contain a premature termination codon (PTC) that drives the mRNA to degradation through nonsense mediated decay (NMD) with a consequent loss-of-function. However, BRCA2: c.681+5G>C variant also promotes the usage of a cryptic splice donor generating an alternative isoform with an in-frame deletion that could rescue the tumor suppressor function. In conclusion, we corroborated a classification of Pathogenic for BRCA1: c.212+1G>A variant; produced functional evidence for a reclassification of BRCA2: c.7618-10T>G variant from VUS to Pathogenic; and had controversial evidence for BRCA2: c.681+5G>C variant, that hindered a reclassification claim for that VUS. We validated our assay and contributed to a better classification of intronic BRCA VUS.Carvalho, Célia da Conceição VicenteRepositório da Universidade de LisboaPais, Ana Carolina Campos2022-072022-07-01T00:00:00Z2025-06-28T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/56342TID:203138970enginfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T17:03:48Zoai:repositorio.ul.pt:10451/56342Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T22:06:51.157187Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
title Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
spellingShingle Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
Pais, Ana Carolina Campos
Variantes intrónicas BRCA1 e BRCA2
Ensaio de splicing
Variants of uncertain significance (VUS)
Biologia molecular
Domínio/Área Científica::Ciências Médicas
title_short Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
title_full Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
title_fullStr Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
title_full_unstemmed Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
title_sort Molecular and functional characterization of hereditary intronic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes : with the aim of reclassifying variants with unknown significance
author Pais, Ana Carolina Campos
author_facet Pais, Ana Carolina Campos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Carvalho, Célia da Conceição Vicente
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Pais, Ana Carolina Campos
dc.subject.por.fl_str_mv Variantes intrónicas BRCA1 e BRCA2
Ensaio de splicing
Variants of uncertain significance (VUS)
Biologia molecular
Domínio/Área Científica::Ciências Médicas
topic Variantes intrónicas BRCA1 e BRCA2
Ensaio de splicing
Variants of uncertain significance (VUS)
Biologia molecular
Domínio/Área Científica::Ciências Médicas
description Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2022
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-07
2022-07-01T00:00:00Z
2025-06-28T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10451/56342
TID:203138970
url http://hdl.handle.net/10451/56342
identifier_str_mv TID:203138970
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
eu_rights_str_mv embargoedAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799134621664804864

Registros relacionados