Anotação do Transcriptoma de Colossoma Macropomum (Tambaqui)

• Autor(a) principal: Sergiane Moraes da Silva
• Data de Publicação: 2013
• Tipo de documento: Relatório
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFAM
• Texto Completo: http://riu.ufam.edu.br/handle/prefix/2985
• topic: Bioinformática; Transcriptoma; Sequenciamento Nova Geração; CIÊNCIAS AGRÁRIAS: AGRONOMIA

A técnica Serial Analysis of Genes Expression (SOLiD-SAGE, Applied Biosystems) é utilizada pelo Projeto INCT/ADAPTA (Adaptações de Biotas Aquáticas) para analisar a expressão diferencial em diversos organismos (peixes, plantas terrestres e aquáticas, invertebrados, microrganismos e mamíferos aquáticos) da Amazônia, sob determinados desafios ambientais. Estes desafios podem ser naturais, como mudanças sazonais, habitat, dentre outros, ou induzidos, como poluição por componentes petroquímicos ou metais pesados, desmatamento, etc. Essa técnica gera tags que precisam ser identificadas e anotadas. O tambaqui, C. macropomum, pertence a Ordem Characiformes, Família Characidae. Este tem ampla distribuição nos corpos d'água branca e preta da região, além de ser uma espécie de alto valor comercial no Amazonas e muito apreciada pela quantidade e qualidade de sua carne, por isso foi escolhido pelo Projeto INCT/ADAPTA para o sequenciamento de seu transcriptoma. Considerando que esta espécie é útil para o monitoramento ambiental e seu amplo consumo na região, faz-se necessário identificar e anotar, manualmente, os genes do C. macropomum. Para este propósito será utilizada a ferramenta Basic Local Alignment and Search Tool (BLAST), disponível pelo sítio do National Center for Biotechnology Information (NCBI, www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/), com a finalidade de compar os genes desta espécie com genes já identificados do Danio rerio (peixe zebra). Os resultados serão armazenados no Banco de Dados de Transcriptoma, que será criado para o Projeto INCT/ADAPTA com intuito de fazer a comparação do transcriptoma de diversos organismos da Amazônia. Essa anotação em muito contribuirá para posteriores análises de expressão gênica diferencial, não só desta espécie, mas de diversos peixes da região. Servirá também como parâmetro de identificação, comparação e modelo para futuras pesquisas.