Montagem e anotação do genoma mitocondrial de cinco espécies de lepidópteros utilizando dados públicos

• Autor(a) principal: Fumagali, Leonardo Mainente
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense (RIUFF)
• Texto Completo: http://app.uff.br/riuff/handle/1/31696
• topic: Lepidoptera; Bioinformática; Mitogenoma; Dados públicos; Reaproveitamento de dados; Montagem de genomas; Lepidóptero; Biologia computacional; Mitocôndria; Genoma; Inseto; Holometabolismo; Lepidoptera; Bioinformatics; Mitogenome; Public data; Data reuse; Genome assembly

Mesmo sendo organismos modelo para estudos de genética, biologia molecular, evolução, especiação, adaptação e, também, importantes agentes polinizadores que influenciam a dinâmica de toda a ecologia e biodiversidade de plantas com flores no planeta, ainda há diversas incertezas quanto a filogenia dos lepidópteros, principalmente ao nível de famílias e superfamílias. Para resolver este problema, diversos recursos moleculares podem ser utilizados e a comparação de genomas pode ter um papel crucial. Uma opção ainda mais viável é o estudo comparativo de genomas mitocondriais, pois são mais simples, fáceis de montar e requerem menos esforços computacionais e financeiros. Nesse sentido, o presente trabalho visa descrever o processo de montagem e anotação de genomas mitocondriais de Lepidoptera obtidos a partir de arquivos de sequenciamento presentes em bases de dados públicas. Os programas NOVOPlasty, MITObim e Artemis foram utilizados para montar e anotar cinco mitogenomas de lepidópteros a partir dos dados disponíveis no Sequence Read Archive (SRA), no formato de sequenciamento de genoma completo (WGS). Os mitogenomas obtidos se apresentaram totalmente congruentes, com a mesma ordem (sintenia) gênica e todos os genes esperados para mitocôndrias de animais. Entre algumas peculiaridades altamente conservadas da ordem Lepidoptera foi observada a presença do códon de início CGA para o gene do Citocromo c oxidase subunidade I (COX1). Por fim, estes serão submetidos ao Third Party Annotation (TPA) e ficarão disponíveis publicamente nos bancos de dados para o seu uso futuro em pesquisas que possam ajudar a elucidar a filogenia do grupo, bem como outras questões da biologia destes Lepidoptera.