Biodiversidade fenotípica e genotípica de Salmonella spp. isoladas de alimentos envolvidos em surtos de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA), em Minas Gerais/Brasil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Leandro Leão Faúla
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/38197
https://orcid.org/0000-0002-1960-1768
Resumo: Salmonella spp. é um dos principais patógenos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) no mundo. Neste estudo, analisamos 70 amostras de Salmonella spp., isoladas de alimentos implicados em casos de salmonelose humana em Minas Gerais/Brasil, de 2003 a 2017, em relação à sorotipagem bacteriana, à susceptibilidade a 16 antimicrobianos (oito classes terapêuticas), à presença dos genes de virulência avrA, flgL, flgK, hilA, invA, iroB, lfpA, sefA, sipA, sipB, sipD, sivH, sopB, sopE, spvB e spvC e do gene PT4 e ao polimorfismo genético, por meio das sequências de elementos repetitivos REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic). Treze sorotipos foram identificados neste estudo. As frequências de S. Enteritidis e S. Typhimurium foram estatisticamente maiores (p ≤ 0,05) que os demais sorotipos, ambas correspondendo a 74,2%. Produtos de origem animal ou com algum ingrediente de origem animal representaram 90% dos alimentos envolvidos nos surtos de salmonelose. S. Enteritidis apresentou maior associação (p ≤ 0,05) com os produtos de origem animal. Cerca de 94,3% das amostras de Salmonella spp. demonstraram ser resistentes a pelo menos um dos 16 antimicrobianos avaliados. Percentual estatisticamente significativo (p ≤ 0,05) de resistência antimicrobiana foi identificado para nitrofurantoína (71,4%), ácido nalidíxico (68,6%) e ciprofloxacina (40%), principalmente nas amostras de S. Enteritidis. O fenótipo de resistência a múltiplos antimicrobianos variou de 10 a 12,8%, com predominância no sorotipo S. Typhimuirum. A presença dos genes de virulência oscilou de 75,7 a 100% nas 70 amostras de Salmonella ssp.. Maior associação entre os genes de virulência e os sorotipos, após decomposição das variáveis pela Análise de Componentes Principais, foi observada em S. Enteritidis. O fagotipo PT4 foi observado em 90% das amostras de S. Enteritidis. Na análise de diversidade genética, S. Enteritidis (n = 40) subdividiu-se em três clusters que compartilharam mais de 80% de similaridade e 14 padrões eletroforéticos (ID = 0,80), um deles composto por 17 amostras (42,5%) indistinguíveis procedentes de diferentes surtos de salmonelose. O agrupamento formado por S. Typhimurium (n=12) apresentou dois clusters e seis perfis distintos (ID=0,74). O grupo “Outros sorotipos”, composto por vários sorotipos, caracterizou-se por três clusters e 11 perfis com impressão digital única (ID=0,89). Neste experimento, REP-PCR apresentou reprodutibilidade, tipabilidade e potencial discriminatório. Conclui-se que as amostras de Salmonella ssp., isoladas de alimentos envolvidos em surtos de DTA em Minas Gerais/Brasil, de 2003 a 2017, apresentam padrão sorológico similar àquele reportado pelos principais centros de Saúde Pública mundial. Caracterizam-se por elevada prevalência de resistência às classes terapêuticas quinolona e nitrofurano, demonstram significativo potencial patogênico, em especial o sorotipo S. Enteritidis e, embora algumas amostras de Salmonella spp. possuam um genoma relativamente variável, é comum uma elevada similaridade genética entre as mesmas, em alguns casos, com impressões digitais idênticas. Por meio deste experimento foi possível também observar a circulação de perfis genéticos únicos, constantes e predominantes, em várias mesorregiões estaduais e em períodos distintos, corroborando, dessa forma, a hipótese de circulação clonal de alguns sorotipos no Estado de Minas Gerais/Brasil.
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Neste estudo, analisamos 70 amostras de Salmonella spp., isoladas de alimentos implicados em casos de salmonelose humana em Minas Gerais/Brasil, de 2003 a 2017, em relação à sorotipagem bacteriana, à susceptibilidade a 16 antimicrobianos (oito classes terapêuticas), à presença dos genes de virulência avrA, flgL, flgK, hilA, invA, iroB, lfpA, sefA, sipA, sipB, sipD, sivH, sopB, sopE, spvB e spvC e do gene PT4 e ao polimorfismo genético, por meio das sequências de elementos repetitivos REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic). Treze sorotipos foram identificados neste estudo. As frequências de S. Enteritidis e S. Typhimurium foram estatisticamente maiores (p ≤ 0,05) que os demais sorotipos, ambas correspondendo a 74,2%. Produtos de origem animal ou com algum ingrediente de origem animal representaram 90% dos alimentos envolvidos nos surtos de salmonelose. S. Enteritidis apresentou maior associação (p ≤ 0,05) com os produtos de origem animal. 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Caracterizam-se por elevada prevalência de resistência às classes terapêuticas quinolona e nitrofurano, demonstram significativo potencial patogênico, em especial o sorotipo S. Enteritidis e, embora algumas amostras de Salmonella spp. possuam um genoma relativamente variável, é comum uma elevada similaridade genética entre as mesmas, em alguns casos, com impressões digitais idênticas. Por meio deste experimento foi possível também observar a circulação de perfis genéticos únicos, constantes e predominantes, em várias mesorregiões estaduais e em períodos distintos, corroborando, dessa forma, a hipótese de circulação clonal de alguns sorotipos no Estado de Minas Gerais/Brasil.Salmonella spp. is one of the main pathogens that cause foodborne diseases (DTA) in the world. In this study, we analyzed 70 samples of Salmonella spp., isolated from foods implicated in cases of human salmonellosis in Minas Gerais State / Brazil, to 2003 from 2017, as for bacterial serotyping, antimicrobial susceptibility to 16 antimicrobials (eight therapeutic classes), presence of the virulence genes avrA, flgL, flgK, hilA, invA, iroB, lfpA, sefA, sipA, sipB, sipD, sivH, sopB, sopE, spvB e spvC and the PT4 gene and genetic polymorphism, using the sequences of repetitive elements REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic). Thirteen serotypes were identified in this study. The frequencies of S. Enteritidis and S. Typhimurium were significantly higher (p ≤ 0.05) than the other serotypes, both corresponding to 74.2% of those. Products of animal origin or with any ingredient of animal origin accounted for 90% of those involved in salmonellosis outbreaks. S. Enteritidis showed a greater association (p ≤ 0.05) with products of animal origin. About 94.3% of the samples of Salmonella spp. demonstrated to be resistant to at least one of the 16 evaluated antimicrobials. Statistically significant percentage (p ≤ 0.05) of antimicrobial resistance was identified for nitrofurantoin (71.4%), nalidixic acid (68.6%) and ciprofloxacin (40%), mainly in the samples of S. Enteritidis. The phenotype of resistance to multiple antimicrobidans varied from 10 to 12.8%, with predominance in the S. Typhimuirum serotype. The presence of virulence genes ranged from 75.7% to 100% in the 70 samples of Salmonella ssp.. Greater association between virulence genes and serotypes, after decomposition of the variables by Principal Component Analysis, was observed in S. Enteritidis. The PT4 phagotype was observed in 90% of S. Enteritidis samples. In the analysis of genetic diversity, S. Enteritidis (n = 40) was subdivided into three clusters that shared more than 80% similarity and 14 electrophoretic patterns (ID = 0.80), the largest consisting of 17 samples (42.5%) indistinguishable originated from different outbreaks of salmonellosis. The cluster formed by S. Typhimurium (n = 12) had two clusters and six distinct profiles (ID = 0.74). The group “Other serotypes”, composed of several serotypes, was characterized by three clusters and 11 profiles with a unique fingerprint (ID = 0.89). In this experiment, REP-PCR showed reproducibility, typability and discriminatory potential. We concluded that the samples of Salmonella ssp., isolated from food in outbreaks of DTA in Minas Gerais/Brazil, from 2003 to 2017, feature a serological pattern similar to that reported by the main centers of Public Health worldwide, are characterized by a high prevalence of resistance to therapeutic classes quinolone and nitrofuran, demonstrate significant pathogenic potential, especially the serotype S. Enteritidis and, although some samples of Samonella spp. have a relatively variable genome, a high genetic similarity between them is common, in some cases, with identical fingerprints. According to this experimente, was also possible to observe the circulation of unique, constant and predominant genetic profiles, in several State mesoregions and in different periods, thus corroborating the hypothesis of clonal circulation of some serotypes in the Minas Gerais/Brazil.porUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em Ciência AnimalUFMGBrasilVET - DEPARTAMENTO DE TECNOLOGIA E INSPEÇÃO DE PRODUTOS DE ORIGEM ANIMALSalmonellaAlimentosContaminaçãoCiência animalBiodiversidade fenotípica e genotípica de Salmonella spp. isoladas de alimentos envolvidos em surtos de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA), em Minas Gerais/BrasilPhenotypic and genotypic biodiversity of Salmonella spp. Absolute food involved in outbreaks of Foodborne Diseases (DTA) in Minas Gerais / Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALTESE FINAL.pdfTESE FINAL.pdfTese - Salmonella spp.application/pdf4818783https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/38197/1/TESE%20FINAL.pdfff2c597adc56316f34d633c9743a72f1MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/38197/2/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD521843/381972021-09-30 08:30:31.021oai:repositorio.ufmg.br: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ório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2021-09-30T11:30:31Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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