Identification and characterization of a subtelomeric satellite DNA in Callitrichini monkeys

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Naiara Pereira Araújo
Data de Publicação: 2017
Outros Autores: Leonardo Gomes de Lima, Guilherme Borges Dias, Gustavo Campos e Silva Kuhn, Alan Lane de Melo, Yatiyo Yonenaga-yassuda, Roscoe Stanyon, Marta Svartman
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: https://doi.org/10.1093/dnares/dsx010
http://hdl.handle.net/1843/72235
Resumo: DNAs repetitivos são componentes abundantes e de rápida evolução dos genomas eucarióticos, que muitas vezes possuem importantes funções estruturais e funcionais. Apesar de sua onipresença, DNAs repetitivos são pouco estudado quando comparado com a fração gênica dos genomas. Aqui aproveitamos a disponibilidade do genoma sequenciado do sagui comum Callithrix jacchus para avaliar seus DNAs satélites (satDNAs) e sua distribuição em Callitrichini. Após a análise de agrupamento de todos leituras e comparações por similaridade, identificamos um satDNA composto por motivos de 171 pb, denominado MarmoSAT, que compõe 1,09% do genoma de C. jacchus. A hibridização in situ fluorescente em cromossomos de espécies dos gêneros Callithrix, Mico e Callimico mostrou que o MarmoSAT tinha uma localização subtelomérica. Além do monomérico comum, encontramos que o MarmoSAT também foi organizado em repetições de ordem superior de 338 pb em Callimico goeldii. Nosso análises filogenéticas mostraram que as repetições MarmoSAT de C. jacchus carecem de características cromossômicas específicas, sugerindo eventos de troca entre regiões subterminais de células não homólogas cromossomos. MarmoSAT é transcrito em diversos tecidos de C. jacchus, com os maiores níveis de transcrição no baço, timo e coração. O perfil de transcrição e localização subtelomérica sugerem que o MarmoSAT pode estar envolvido na regulação da telomerase e na modulação da cromatina telomérica.
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spelling Identification and characterization of a subtelomeric satellite DNA in Callitrichini monkeysIdentificação e caracterização de um DNA satélite subtelomérico em Macacos CallitrichiniHeterochromatinRepetitive Sequences, Nucleic AcidPlatyrrhiniHeterocromatinaDNADNAs repetitivos são componentes abundantes e de rápida evolução dos genomas eucarióticos, que muitas vezes possuem importantes funções estruturais e funcionais. Apesar de sua onipresença, DNAs repetitivos são pouco estudado quando comparado com a fração gênica dos genomas. Aqui aproveitamos a disponibilidade do genoma sequenciado do sagui comum Callithrix jacchus para avaliar seus DNAs satélites (satDNAs) e sua distribuição em Callitrichini. Após a análise de agrupamento de todos leituras e comparações por similaridade, identificamos um satDNA composto por motivos de 171 pb, denominado MarmoSAT, que compõe 1,09% do genoma de C. jacchus. A hibridização in situ fluorescente em cromossomos de espécies dos gêneros Callithrix, Mico e Callimico mostrou que o MarmoSAT tinha uma localização subtelomérica. Além do monomérico comum, encontramos que o MarmoSAT também foi organizado em repetições de ordem superior de 338 pb em Callimico goeldii. Nosso análises filogenéticas mostraram que as repetições MarmoSAT de C. jacchus carecem de características cromossômicas específicas, sugerindo eventos de troca entre regiões subterminais de células não homólogas cromossomos. MarmoSAT é transcrito em diversos tecidos de C. jacchus, com os maiores níveis de transcrição no baço, timo e coração. O perfil de transcrição e localização subtelomérica sugerem que o MarmoSAT pode estar envolvido na regulação da telomerase e na modulação da cromatina telomérica.Repetitive DNAs are abundant fast-evolving components of eukaryotic genomes, which often possess important structural and functional roles. Despite their ubiquity, repetitive DNAs are poorly studied when compared with the genic fraction of genomes. Here, we took advantage of the availability of the sequenced genome of the common marmoset Callithrix jacchus to assess its satellite DNAs (satDNAs) and their distribution in Callitrichini. After clustering analysis of all reads and comparisons by similarity, we identified a satDNA composed by 171 bp motifs, named MarmoSAT, which composes 1.09% of the C. jacchus genome. Fluorescent in situ hybridization on chromosomes of species from the genera Callithrix, Mico and Callimico showed that MarmoSAT had a subtelomeric location. In addition to the common monomeric, we found that MarmoSAT was also organized in higher-order repeats of 338 bp in Callimico goeldii. Our phylogenetic analyses showed that MarmoSAT repeats from C. jacchus lack chromosomespecific features, suggesting exchange events among subterminal regions of non-homologous chromosomes. MarmoSAT is transcribed in several tissues of C. jacchus, with the highest transcription levels in spleen, thymus and heart. The transcription profile and subtelomeric location suggest that MarmoSAT may be involved in the regulation of telomerase and modulation of telomeric chromatin.Universidade Federal de Minas GeraisBrasilICB - DEPARTAMENTO DE PARASITOLOGIAUFMG2024-07-31T21:52:00Z2024-07-31T21:52:00Z2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articlepdfapplication/pdfhttps://doi.org/10.1093/dnares/dsx01013402838http://hdl.handle.net/1843/72235engDNA ResearchNaiara Pereira AraújoLeonardo Gomes de LimaGuilherme Borges DiasGustavo Campos e Silva KuhnAlan Lane de MeloYatiyo Yonenaga-yassudaRoscoe StanyonMarta Svartmaninfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMG2024-07-31T21:52:01Zoai:repositorio.ufmg.br:1843/72235Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oairepositorio@ufmg.bropendoar:2024-07-31T21:52:01Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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