Capri: uma base de dados para análise comparativa de paradigmas paraprospecção de contatos em interfaces proteína-proteína

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pedro Magalhaes Martins
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-APTPBH
Resumo: Estudos que envolvem estrutura de proteínas lidam na maioria das vezes com uma grande quantidade de informação. Para compreender melhor o processo de interações proteína-proteína é necessário estudar os fenômenos que ocorrem em suas interfaces moleculares. Interações podem ser observadas do ponto de vista de resíduos, porém sabe-se que elas ocorrem na realidade em nível atômico. Vários paradigmas propõem formas distintas para definir interações atômicas e sabe-se que é necessário comparar estes paradigmas para melhorar nossa compreensão sobre interações moleculares, permitindo abranger nosso conhecimento sobre os vários mecanismos e funções celulares. Com isso, propomos aqui o banco de dados CAPRI, para análise comparativa entre três paradigmas distintos que são usados paradefinir contatos em interface proteína-proteína. O banco de dados CAPRI possui informações de cerca de 45 mil complexos proteicos, contendo dados quanto as interações realizadas entre pares de átomos, resíduos e cadeias. Ao todo, quatro tipos de interações são investigadas,sendo elas: pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas, pontes salinas e empilhamento aromático. Os resultados obtidos, juntamente com a obtenção da base de dados criada podem ser acessados através do endereço: http://homepages.dcc.ufmg.br/~pmartins/capri1/.
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