Avaliação quantitativa de sistemas preditores de função de proteinas

• Autor(a) principal: Rodrigues, Bárbara Nobrega
• Data de Publicação: 2013
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/30104
• topic: Dissertações; Sintese proteica; Bioinformática; Seqüencia de nucleotidios

Resumo: Este trabalho propõe aprofundar as avaliações dos sistemas preditores de função de proteína que utilizam como dado de entrada a sequência de uma proteína, podendo na sua conclusão determinar qual a melhor estratégia de predição. Foram selecionados os seguintes sistemas preditores Blast2GO, InterProScan, Panther Score, Pfam scan e ScanProsite. Os critérios utilizados para a seleção dos sistemas foram: 1- compor o conjunto de sistemas relatados em revisões literárias sobre predição de função de proteína, 2- possuir número de citações superior a 500, 3- ser sistema com a última atualização em menos de 3 anos e 4- análises automatizadas sem interação humana. Os 12 conjuntos de sequências selecionados foram: 690 sequências de proteínas enzimáticas, 487 sequências não enzimáticas, 85 sequências proteicas bifuncionais, 358 sequências proteicas de Aminergic GPCR, 412 sequências proteicas de NHR e 153 sequências proteicas de "Secretinlike", 927 sequências proteicas de enolase, 262 sequências proteicas de crotonase, 389 sequências proteicas de haloacid dehalogenase, 145 sequências proteicas de vicinal oxygen chelate, 145 sequências proteicas de radical SAM and 863 sequências proteicas de padrão-ouro. Os resultados obtidos mostram divergências entre os resultados dos sistemas avaliados. São observadas diferenças entre nível de descrição da função, grafias distintas para uma mesma anotação e divergência de classificação. Os programas que apresentaram maior semelhança foram o Panther Score e o ScanProsite, embora a semelhança média entre os diferentes conjuntos testados seja inferior a 40%. O com maior acurácia foi o Blast2GO, mas com a acurácia máxima de 34%. Não houve nenhuma sequência em a classificação foi unanime para os 5 programas testados.