Aplicação de Técnicas de REP-PCR na Análise de Isolados de Staphylococcus aureus em amostras de Mastite Bovina.
| Autor(a) principal: | |
|---|---|
| Data de Publicação: | 2013 |
| Tipo de documento: | Dissertação |
| Idioma: | por |
| Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRRJ |
| Texto Completo: | https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/11987 |
Resumo: | O Staphylococcus aureus é um importante agente causador de mastite bovina. Está espécie bacteriana possui heterogeneidade genética e uma população caracterizada por estirpes geneticamente diversas. A análise da variação genética é uma importante ferramenta para fins de estudos epidemiológicos. No presente estudo, foi avaliada a diversidade genética de 56 Staphylococcus aureus isolados de leite bovino mastítico em sete propriedades da região Sul- Fluminense do Rio de Janeiro através das técnicas de ERIC e (GTG)5-PCR. Foram testados 12 protocolos de ERIC-PCR, sendo selecionados três com maior poder discriminatório. Com o protocolo 01, obteve-se 6 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,863. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes dentro da mesma propriedade e em propriedades de municípios diferentes. O protocolo 02 foi gerado afim de melhorar a performance da técnica e propiciou a obtenção de15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,961, onde foi observada grande diversidade gênica e variabilidade entre os isolados. No entanto, o protocolo 02 não apresentou reprodutibilidade. Desse modo, foi testado um terceiro protocolo, obtendo-se 16 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,96. A partir deste, também observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Para a execução da técnica de (GTG)5- PCR foram testados oito protocolos,elegendo-se apenas um de maior poder discriminatório.Este protocolo gerou 15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,957. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Porém as tentativas subsequentes de execução da técnica não foram bem sucedidas o que indica a necessidade de ajustes em sua padronização em nosso laboratório de maneira a garantir que, uma vez otimizada, possa gerar resultados confiáveis e reprodutíveis. Os resultados obtidos foram comparados com uma tipagem molecular prévia através do PFGE que gerou 6 perfis genéticos distintos em 19 isolados testados. Apesar de produzirem um número elevado de perfis genéticos e um bom poder discriminatório, estas técnicas apresentaram pouca reprodutibilidade, especialmente quando comparadas com a técnica de PFGE. |
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Soares, Bianca da SilvaSouza, Miliane Moreira Soares de010.761.987-32http://lattes.cnpq.br/0865211214618618Coelho, Shana de Mattos de OliveiraCoelho, Irene da SilvaPereira, Ingrid Annes060.162.377-01http://lattes.cnpq.br/75721156554659972023-12-22T02:00:08Z2023-12-22T02:00:08Z2013-02-27SOARES, Bianca da Silva. Aplicação de Técnicas de REP-PCR na Análise de Isolados de Staphylococcus aureus em amostras de Mastite Bovina.. 2013. 46 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica.https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/11987O Staphylococcus aureus é um importante agente causador de mastite bovina. Está espécie bacteriana possui heterogeneidade genética e uma população caracterizada por estirpes geneticamente diversas. A análise da variação genética é uma importante ferramenta para fins de estudos epidemiológicos. No presente estudo, foi avaliada a diversidade genética de 56 Staphylococcus aureus isolados de leite bovino mastítico em sete propriedades da região Sul- Fluminense do Rio de Janeiro através das técnicas de ERIC e (GTG)5-PCR. Foram testados 12 protocolos de ERIC-PCR, sendo selecionados três com maior poder discriminatório. Com o protocolo 01, obteve-se 6 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,863. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes dentro da mesma propriedade e em propriedades de municípios diferentes. O protocolo 02 foi gerado afim de melhorar a performance da técnica e propiciou a obtenção de15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,961, onde foi observada grande diversidade gênica e variabilidade entre os isolados. No entanto, o protocolo 02 não apresentou reprodutibilidade. Desse modo, foi testado um terceiro protocolo, obtendo-se 16 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,96. A partir deste, também observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Para a execução da técnica de (GTG)5- PCR foram testados oito protocolos,elegendo-se apenas um de maior poder discriminatório.Este protocolo gerou 15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,957. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Porém as tentativas subsequentes de execução da técnica não foram bem sucedidas o que indica a necessidade de ajustes em sua padronização em nosso laboratório de maneira a garantir que, uma vez otimizada, possa gerar resultados confiáveis e reprodutíveis. Os resultados obtidos foram comparados com uma tipagem molecular prévia através do PFGE que gerou 6 perfis genéticos distintos em 19 isolados testados. Apesar de produzirem um número elevado de perfis genéticos e um bom poder discriminatório, estas técnicas apresentaram pouca reprodutibilidade, especialmente quando comparadas com a técnica de PFGE.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.Staphylococcus aureus is the most important etiologic agent of bovine mastitis. This bacterial species presents genetic heterogeneity and has a characterized population by genetically diverse strains. The analysis of genetic variation is an important tool for epidemiological studies. In this study, we assessed the genetic diversity of 56 S.aureus isolated from bovine mastitic milk in seven properties in south region the state of Rio de Janeiro by ERICPCR and(GTG)5-PCR techniques. 12 protocols were tested by ERIC-PCR, selected three with higher discriminatory power. With protocol 01, was obtained 6 cluster with discriminatory power of 0,863. Observed the dispersion of isolates in different properties with genetic similarity and the presence of clonal strains circulating within the same state and properties indifferent cities. The protocol 02 was generated in order to improve the performance of the technique and provided to obtain 15 cluster with a discriminatory power of 0,961, where it was observed genetic diversity and variability between isolates. However, the protocol 02 showed no reproducibility. Thus, we tested a third protocol, obtained 16 cluster with a discriminatory power of 0,96. From this, also observe the dispersion of isolates in different properties with genetic similarity and the presence of clonal strains circulating in properties indifferent cities. To implement the technique (GTG)5-PCR were tested eight protocols, electing only one of higher discriminatory power. This protocol generated 15 clusters with a discriminatory power of 0.957.Observed the dispersion of isolates in different properties with genetic similarity and the presence of clonal strains circulating in properties indifferent cities. But subsequent attempts to apply the technique were not successful which indicates the need for adjustments in their standard in our laboratory in order to ensure that, once optimized, can generate reliable and reproducible results. The results were compared to prior a molecular typing by PFGE that generated six distinct genetic profiles in 19 isolates tested. Despite producing a high number of genetic profiles and good discriminatory power, these techniques showed low reproducibility, especially when compared with the PFGE technique.application/pdfporUniversidade Federal Rural do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ciências VeterináriasUFRRJBrasilInstituto de VeterináriamastiteStaphylococcus aureustipagem molecularMastitis,Staphylococcus aureustyping molecularCiências AgráriasAplicação de Técnicas de REP-PCR na Análise de Isolados de Staphylococcus aureus em amostras de Mastite Bovina.Use of REP-PCR for genetic diversity analyses of Staphylococcus aureus isolated from mastitis bovine.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisAARESTRUP F. M. Antimicrobial Resistance in Bacteria of Animal Origin. ASM Press, Washington, D.C., 2006. AKINEDEN, O.; ANNEMULLER, C.; HASSAN, A.A.; LAMMLER, C.; WOLTER, W.; ZSCHOCK, M. 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Coelho, Shana de Mattos de Oliveira |
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Coelho, Irene da Silva |
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Pereira, Ingrid Annes |
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Souza, Miliane Moreira Soares de Coelho, Shana de Mattos de Oliveira Coelho, Irene da Silva Pereira, Ingrid Annes |
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mastite Staphylococcus aureus tipagem molecular |
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mastite Staphylococcus aureus tipagem molecular Mastitis, Staphylococcus aureus typing molecular Ciências Agrárias |
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Mastitis, Staphylococcus aureus typing molecular |
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Ciências Agrárias |
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O Staphylococcus aureus é um importante agente causador de mastite bovina. Está espécie bacteriana possui heterogeneidade genética e uma população caracterizada por estirpes geneticamente diversas. A análise da variação genética é uma importante ferramenta para fins de estudos epidemiológicos. No presente estudo, foi avaliada a diversidade genética de 56 Staphylococcus aureus isolados de leite bovino mastítico em sete propriedades da região Sul- Fluminense do Rio de Janeiro através das técnicas de ERIC e (GTG)5-PCR. Foram testados 12 protocolos de ERIC-PCR, sendo selecionados três com maior poder discriminatório. Com o protocolo 01, obteve-se 6 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,863. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes dentro da mesma propriedade e em propriedades de municípios diferentes. O protocolo 02 foi gerado afim de melhorar a performance da técnica e propiciou a obtenção de15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,961, onde foi observada grande diversidade gênica e variabilidade entre os isolados. No entanto, o protocolo 02 não apresentou reprodutibilidade. Desse modo, foi testado um terceiro protocolo, obtendo-se 16 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,96. A partir deste, também observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Para a execução da técnica de (GTG)5- PCR foram testados oito protocolos,elegendo-se apenas um de maior poder discriminatório.Este protocolo gerou 15 agrupamentos com um poder discriminatório de 0,957. Observou-se a dispersão de isolados com similaridade genética em diferentes propriedades e presença de cepas clonais circulantes em propriedades de municípios diferentes. Porém as tentativas subsequentes de execução da técnica não foram bem sucedidas o que indica a necessidade de ajustes em sua padronização em nosso laboratório de maneira a garantir que, uma vez otimizada, possa gerar resultados confiáveis e reprodutíveis. Os resultados obtidos foram comparados com uma tipagem molecular prévia através do PFGE que gerou 6 perfis genéticos distintos em 19 isolados testados. Apesar de produzirem um número elevado de perfis genéticos e um bom poder discriminatório, estas técnicas apresentaram pouca reprodutibilidade, especialmente quando comparadas com a técnica de PFGE. |
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2013 |
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SOARES, Bianca da Silva. Aplicação de Técnicas de REP-PCR na Análise de Isolados de Staphylococcus aureus em amostras de Mastite Bovina.. 2013. 46 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica. |
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SOARES, Bianca da Silva. Aplicação de Técnicas de REP-PCR na Análise de Isolados de Staphylococcus aureus em amostras de Mastite Bovina.. 2013. 46 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica. |
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