Análise do transcriptoma da Vieira pata-de-leão Nodipecten nodosus (Linnaeus, 1758): montagem, anotação dos transcritos e caracterização estrutural do CYP30E1

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Wendt, Nestor Cubas
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: https://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/176807
Resumo: Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica, Florianópolis, 2017.
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spelling Análise do transcriptoma da Vieira pata-de-leão Nodipecten nodosus (Linnaeus, 1758): montagem, anotação dos transcritos e caracterização estrutural do CYP30E1BioquímicaPectinidaeCitocromoDissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica, Florianópolis, 2017.Os ecossistemas costeiros fornecem bens e serviços valiosos. Entretanto, a maioria destes ecossistemas já apresentam impactos antropogênicos. Historicamente os ecossistemas costeiros são alvo do descarte de resíduos industriais, agrícolas e de efluentes urbanos. Esta contaminação, além de gerar riscos à saúde humana, modifica a ecologia dos ecossistemas marinhos. Esta dissertação está dividida em dois capítulos. O primeiro trata do sequenciamento e caracterização do transcriptoma de glândula digestiva de vieiras da espécie Nodipecten nodosus. As leituras passaram por verificação de qualidade e foram montadas através de três diferentes métodos. A montagem de melhor qualidade (Velvet k = 45) apresentou um tamanho de contig N50 de 2.301 pares de base (pb), compreendendo 76.861 transcritos. Destes,33,72% foram anotados em bancos de dados públicos. Diversos transcritos de genes envolvidos na biotransformação de xenobióticos e com atividade antioxidante foram identificados. No segundo capítulo foram apresentados os resultados da classificação dos 33 transcritos citocromos P450 (CYP) buscados no transcriptoma de glândula digestiva da vieira N. nodosus. Seis novas famílias CYP foram identificadas. Além disso, a proteína CYP30E1 foi caracterizada estruturalmente, através de métodos computacionais. As sequências analisadas apresentaram, em geral, os motivos característicos desta superfamília conservados. A caracterização do CYP30E1 revela uma altas emelhança com o CYP3A4 humano, indicando funções semelhantes no metabolismo de alguns xenobióticos. Esta dissertação apresenta importantes contribuições na caracterização do transcriptoma da vieira N. nodosus e de seus transcritos CYP.<br>Abstract : Coastal ecosystems provide valuable goods and services. However, most of these ecosystems already show anthropogenic impacts. Historically, coastal ecosystems have been subject to the disposal of industrial, agricultural and urban wastes. This contamination, in addition to producing risks to human health, modifies the marine ecosystem's ecology. This work is divided into two chapters. The first deals with the sequencing and characterization of the transcriptome of the digestive gland of scallops from the species N. nodosus. High-throughput sequencing reads went through quality checking and were assembled through three different methods. The assembly with the highest quality (Velvet k = 45) had a N50 contig size of 2,301 base pairs, comprising 76,861 transcripts. Of these, 33.72% were annotated in public databases. Several transcripts from genes involved in xenobiotic transformation or that had antioxidant activity were identified. In the second chapter, the results of the classification of 33 cytochrome P450 transcritos, searched in the digestive gland transcriptome of the scallop N. nodosus, were presented. Six new CYP families were identified. In addition, the protein CYP30E1 was characterized structurally, by computational methods. The analyzed sequences presented, in general, well conserved motifs from this superfamily. The characterization of the CYP30E1 revealed a high similarity with the human CYP3A4, indicating similar function in the metabolism of xenobiotics. This dissertation produced important contributions in the transcriptome characterization of the scallop N.nodosus and its CYP transcripts.Bainy, Afonso Celso DiasSilva, Guilherme de Toledo eUniversidade Federal de Santa CatarinaWendt, Nestor Cubas2017-06-27T04:23:30Z2017-06-27T04:23:30Z2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis114 p.| il., gráfs., tabs.application/pdf345983https://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/176807porreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-06-27T04:23:30Zoai:repositorio.ufsc.br:123456789/176807Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732017-06-27T04:23:30Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
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