Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínas
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Data de Publicação: | 2012 |
Outros Autores: | , |
Tipo de documento: | Artigo |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UNIFESP |
Texto Completo: | http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/6943 http://dx.doi.org/10.1590/S0103-17592012000100003 |
Resumo: | Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto. |
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Gabriel, Paulo H. R.Melo, Vinicius Veloso de [UNIFESP]Delbem, Alexandre C. B.Universidade de São Paulo (USP)Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)2015-06-14T13:43:35Z2015-06-14T13:43:35Z2012-02-01Sba: Controle & Automação Sociedade Brasileira de Automatica. Sociedade Brasileira de Automática, v. 23, n. 1, p. 25-37, 2012.0103-1759http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/6943http://dx.doi.org/10.1590/S0103-17592012000100003S0103-17592012000100003.pdfS0103-1759201200010000310.1590/S0103-17592012000100003Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto.Protein structures prediction (PSP) is a computationally complex problem. Simplified models of the protein molecule (such as the HP Model) and the use of evolutionary algorithms (EAs) are among the most investigated techniques for PSP. However, the evaluation of a structure represented by the HP model considers only the number of hydrophobic contacts, which doesn't enable the EA to distinguish between structures with the same number of contacts. This paper presents a new multi-objective formulation for PSP in HP Model. Two metrics are evaluated: the number of hydrophobic contacts and the distance between the hydrophobic amino acids. Both metrics are used by the Multi-objective EA in Tables. We showed that the algorithm is fast and robust.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade de São Paulo Instituto de Ciências Matemáticas e de ComputaçãoUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Departamento de Ciência e TecnologiaUNIFESP, Depto. de Ciência e TecnologiaSciELO25-37porSociedade Brasileira de AutomáticaSba: Controle & Automação Sociedade Brasileira de AutomaticaPredição de estrutura de proteínasAlgoritmos evolutivosOtimização multiobjetivoModelo HPProtein structure predictionEvolutionary algorithmsMulti-objective optimizationHP ModelAlgoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínasEvolutionary algorithms and HP Model for protein structure predictioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESPORIGINALS0103-17592012000100003.pdfapplication/pdf176355${dspace.ui.url}/bitstream/11600/6943/1/S0103-17592012000100003.pdfa104636ca3bc4bd516a4a60c9fb21c43MD51open accessTEXTS0103-17592012000100003.pdf.txtS0103-17592012000100003.pdf.txtExtracted texttext/plain60228${dspace.ui.url}/bitstream/11600/6943/9/S0103-17592012000100003.pdf.txtdb2b75ee4f55a5ec80259b8b202a243fMD59open accessTHUMBNAILS0103-17592012000100003.pdf.jpgS0103-17592012000100003.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5475${dspace.ui.url}/bitstream/11600/6943/11/S0103-17592012000100003.pdf.jpg4a7892096cf0f55425523df248a1c4c5MD511open access11600/69432023-06-05 19:09:47.88open accessoai:repositorio.unifesp.br:11600/6943Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestopendoar:34652023-06-05T22:09:47Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false |
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