Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Almeida, Vanessa Simão de, 1987-
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874
Resumo: Orientadores: Íscia Teresinha Lopes Cendes, Fabio Rossi Torres
id UNICAMP-30_89f0f6e43f2d97cf31e6555668425180
oai_identifier_str oai::1236389
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicasSearching for mutations associated with Focal Cortical Dysplasia using genomic strategiesEpilepsiaMalformações do desenvolvimento corticalSequenciamento de nova geraçãoMosaicismo somáticoVias metabólicasEpilepsyMalformations of cortical developmentNext generation sequecingSomatic mosaicismMetabolic networks and pathwaysOrientadores: Íscia Teresinha Lopes Cendes, Fabio Rossi TorresTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências MédicasResumo: As epilepsias constituem um dos grupos de doenças neurológicas graves que afetam de 1,5 - 2% da população mundial. Diversos tipos de malformações do desenvolvimento cortical (MDC) estão frequentemente associados à ocorrência de crises refratárias, incluindo a Displasia Cortical Focal (DCF) que se caracteriza por alterações citoarquiteturais também observadas em outras MDC, como a Esclerose Tuberosa (ET) e a Hemimegaencefalia (HME). Uma forte associação entre ET, HME e mutações em mosaicismo tem sido demonstrada, e a identificação desse tipo de mutação pode contribuir para o entendimento dessas doenças. Portanto, o principal objetivo deste trabalho foi investigar variantes genéticas relacionadas à etiologia das DCF. Para tal, foi utilizado como estratégia o Deep Sequencing por NGS. Sequenciamos o DNA genômico de tecido cerebral proveniente de ressecção cirúrgica e do sangue periférico de pacientes com DCF. Realizamos o sequenciamento de um painel customizado de genes da via mTOR/GATOR e validamos com a técnica de PCR digital. Encontramos duas variantes em mosaico no tecido cerebral, localizadas no gene MTOR (p.Leu1460Pro e p.Ala1459Pro) em dois pacientes distintos e não aparentados com DCF do tipo IIb, correspondendo a 16,6% dos pacientes testados (2/12). A porcentagem de mosaicismo no tecido cerebral foi de 0,75% e 3,98% respectivamente nos dois pacientes. Além disso, para compararmos o perfil genético da DCF com outra MDC, realizamos o sequenciamento do mesmo painel customizado em DNA extraído do sangue de 24 pacientes com o diagnóstico clínico de ET, e encontramos mutações germinativas nos genes TSC1 e TSC2 em 54,5% dos pacientes analisados (12/22), e uma variante potencialmente patogênica no gene IRS1 em um único paciente. Completamos nosso estudo dos pacientes com DCF pesquisado também alterações cromossômicas estruturais (CNVs), utilizamos array cromossômico de citogenética molecular e validamos por qPCR. Encontramos com potencial patogênico uma CNV com deleção envolvendo o gene NOTCH2 no mesmo paciente que encontramos mutação em mosaico no gene MTOR, podendo se tratar de um caso de segundo-evento mutacional. Desse modo concluímos que 16.6% dos pacientes com DCF apresenta mutações em mosaico no tecido cerebral em genes da via mTOR/GATOR. Assim especulamos que se mutações em mosaico são realmente uma causa frequente de DCF é possível que exista o acometimento de outras vias, além da via mTOR/GATOR investigada nesse trabalho. Encontramos mutações germinativas predominantemente nos genes TSC1 e TSC2 na maioria dos pacientes com ET, o que indicaria uma etiologia genética nesses pacientes fundamentalmente diferente daquela encontrada nos pacientes com DCF. Ao encontramos alterações estruturais cromossômicas em um paciente com DCF, mostramos a importância da investigação desse tipo de mutação nesses pacientes. Desse modo, concluímos que nosso trabalho contribuiu para um melhor entendimento da etiologia genética das DCFsAbstract: Epilepsies constitute one of the groups of serious neurological diseases that affect 1.5 - 2% of the world population. Several types of malformations of cortical development (MDC) are frequently associated with the occurrence of refractory crises, including Focal Cortical Dysplasia (FCD) which is characterized by cytoarchitectural changes also observed in other MDC, such as Tuberous Sclerosis (TS) and Hemimegaencephaly (HME). A strong association between TS, HME and mosaicism mutations has been demonstrated, and the identification of this type of mutation can contribute to the understanding of these diseases. Therefore, the main goal of this work was to investigate genetic variants related to the etiology of FCD. To this end, Deep Sequencing by NGS was used as a strategy. We sequenced genomic DNA from brain tissue from surgical resection and from peripheral blood of patients with FCD. We performed the sequencing of a customized panel of genes from the mTOR/GATOR pathway and validated it with the digital PCR technique. We found two mosaic variants in brain tissue, located in the MTOR gene (p.Leu1460Pro and p..Ala1459Pro) in two distinct and unrelated patients with FCD type IIb, corresponding to 16.6% of the patients tested (2/12). The percentage of mosaicism in brain tissue was 0.75% and 3.98% respectively in the two patients. Furthermore, to compare the genetic profile of FCD with another MDC, we performed sequencing of the same customized panel on DNA extracted from the blood of 24 patients with the clinical diagnosis of TS, and we found germline mutations in the TSC1 and TSC2 genes in 54.5% of the analyzed patients (12/22), and a potentially pathogenic variant in the IRS1 gene in a single patient. We completed our study of patients with FCD, also researched structural chromosomal alterations (CNVs), used a chromosomal array of molecular cytogenetics and validated by qPCR. We found a CNV with a deletion involving the NOTCH2 gene with pathogenic potential in the same patient that we found a mosaic mutation in the MTOR gene, it may be a case of a two-hit event. Thus, we conclude that 16.6% of patients with FCD have mosaic mutations in brain tissue in genes of the mTOR/GATOR pathway. Thus, we speculate that if mosaic mutations are indeed a frequent cause of FCD, it is possible that other pathways are involved, in addition to the mTOR/GATOR pathway investigated in this work. We found germline mutations predominantly in the TSC1 and TSC2 genes in most patients with TS, which would indicate a genetic etiology in these patients fundamentally different from that found in patients with FCD. When we found chromosomal structural alterations in a patient with FCD, we showed the importance of investigating this type of mutation in these patients. Thus, we conclude that our work contributed to a better understanding of the genetic etiology of FCDsDoutoradoFisiopatologia MédicaDoutora em CiênciasFAPESP2015/19768-1[s.n.]Lopes-Cendes, Íscia Teresinha, 1964-Torres, Fábio Rossi, 1977-Maurer-Morelli, Cláudia ViannaYasuda, Clarissa LinWalz, RogerBianchin, Marino MuxfeldtUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências MédicasPrograma de Pós-Graduação em Fisiopatologia MédicaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASAlmeida, Vanessa Simão de, 1987-20212021-12-13T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (78 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874ALMEIDA, Vanessa Simão de. Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas. 2021. 1 recurso online (78 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1236389Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2022-02-21T10:21:36Zoai::1236389Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2022-02-21T10:21:36Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
Searching for mutations associated with Focal Cortical Dysplasia using genomic strategies
title Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
spellingShingle Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
Almeida, Vanessa Simão de, 1987-
Epilepsia
Malformações do desenvolvimento cortical
Sequenciamento de nova geração
Mosaicismo somático
Vias metabólicas
Epilepsy
Malformations of cortical development
Next generation sequecing
Somatic mosaicism
Metabolic networks and pathways
title_short Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
title_full Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
title_fullStr Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
title_full_unstemmed Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
title_sort Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas
author Almeida, Vanessa Simão de, 1987-
author_facet Almeida, Vanessa Simão de, 1987-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Lopes-Cendes, Íscia Teresinha, 1964-
Torres, Fábio Rossi, 1977-
Maurer-Morelli, Cláudia Vianna
Yasuda, Clarissa Lin
Walz, Roger
Bianchin, Marino Muxfeldt
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências Médicas
Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia Médica
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Almeida, Vanessa Simão de, 1987-
dc.subject.por.fl_str_mv Epilepsia
Malformações do desenvolvimento cortical
Sequenciamento de nova geração
Mosaicismo somático
Vias metabólicas
Epilepsy
Malformations of cortical development
Next generation sequecing
Somatic mosaicism
Metabolic networks and pathways
topic Epilepsia
Malformações do desenvolvimento cortical
Sequenciamento de nova geração
Mosaicismo somático
Vias metabólicas
Epilepsy
Malformations of cortical development
Next generation sequecing
Somatic mosaicism
Metabolic networks and pathways
description Orientadores: Íscia Teresinha Lopes Cendes, Fabio Rossi Torres
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021
2021-12-13T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874
ALMEIDA, Vanessa Simão de. Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas. 2021. 1 recurso online (78 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874. Acesso em: 3 set. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874
identifier_str_mv ALMEIDA, Vanessa Simão de. Identificação de mutações associadas às Displasias Corticais Focais utilizando abordagens genômicas. 2021. 1 recurso online (78 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2874. Acesso em: 3 set. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1236389
Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
1 recurso online (78 p.) : il., digital, arquivo PDF.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1809189179936997376

Registros relacionados