Análise de expressão gênica diferencial entre diversas bibliotecas de soja

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Nascimento, Leandro Costa do
Data de Publicação: 2010
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1615073
Resumo: Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
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spelling Análise de expressão gênica diferencial entre diversas bibliotecas de sojaAnalysis of differential gene expression between different libraries of soybeanSojaTranscriptomaBanco de dadosIntegração de dadosSoybeanTranscriptomeDatabaseData integrationOrientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A soja é uma das principais commodities da economia internacional, sendo sua produção mundial de cerca de 220 milhões de toneladas por safra. Além de ser um alimento rico em proteínas e usado para a fabricação de óleo vegetal, a planta vem ganhando visibilidade devido a possibilidade de ser usada na fabricação de biocombustíveis, principalmente o biodiesel. Para o Brasil, a soja tem grande importância na balança comercial, sendo o país o segundo maior produtor do mundo. Neste contexto, no ano de 2007, o governo brasileiro estabeleceu um consórcio de pesquisas em soja - denominado GENOSOJA - com o objetivo de identificar características genéticas que possam facilitar o processo produtivo da planta, com foco nos diversos estresses que acometem a produção nacional, como a ocorrência de secas, o ataque de pragas e a doença da ferrugem asiática, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi. Este trabalho está inserido no escopo do GENOSOJA, propondo a construção de bancos de dados contendo informações disponíveis nos diversos bancos públicos (sequências genômicas, ESTs e cDNA full-lenght), integrando-as com as informações geradas no decorrer do projeto (tags de SuperSAGE, bibliotecas subtrativas de cDNA e microRNAs). Além disso, foram construídas diversas interfaces web que oferecem aos usuários diversas funcionalidades, incluindo: comparações estatísticas, consultas por palavras-chave, dados sobre anotação e expressão dos genes nas diversas condições e experimentos estudados. Dessa forma, o ferramental de bioinformática aqui apresentado pode facilitar a compreensão de como as diferenças de expressão gênica da planta podem afetar características de importância agronômicaAbstract: Soybean is one of the main commodities in the international economy, with a world production of about 220 millions of tons per harvest. Besides being a protein rich food and used for vegetable oil production, the plant has been gaining visibility due to the possibility of being to make biofuels, especially biodiesel. The soybean culture is of great importance in the Brazilian economy, being the country the second largest producer in the world. In this context, in 2007, the Brazilian government established a research consortium in soybean - called GENOSOJA - aiming to identify genetic traits that may facilitate the production process of the plant, focusing on the different stresses that affect the national production, as the occurrence of drought, pests' attacks and the asian rust disease, caused by the Phakopsora pachyrhizi fungus. This work is inserted in the GENOSOJA, proposing to build a set of databases containing information available in several public databases (genomic sequences, ESTs and full-length cDNA), integrating them with information generated during the project (SuperSAGE tags, cDNA subtractive libraries and miRNAs). Additionally, several web interfaces were built. They offer to users many features, including: statics comparisons, keyword searches, data about annotation and gene expression in different experiments and conditions. Thus, the bioinformatics tools presented here may facilitate the understanding of how the differences in gene expression can affect plant traits with agronomic importanceMestradoBioinformáticaMestre em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães, 1964-Yamagishi, Michel Eduardo BelezaBinneck, EliseuUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASNascimento, Leandro Costa do20102010-09-12T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf78 f. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1615073NASCIMENTO, Leandro Costa do. Análise de expressão gênica diferencial entre diversas bibliotecas de soja. 2010. 78 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1615073. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/789813porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T06:13:26Zoai::789813Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T06:13:26Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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