AVALIAÇÃO DA CURVATURA INTRÍNSECA DE REGIÕES MARs, DETECTADAS IN SILICO, PERTENCENTES À REGIÃO AMPLIFICADA DO GENE BHC4-1

• Autor(a) principal: HAYASHI, Bruna
• Data de Publicação: 2007
• Outros Autores: HOFF, Márcia Marta, FERNADEZ, Maria Aparecida, FIORINI, Adriana
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Digital Unicesumar
• Texto Completo: http://rdu.unicesumar.edu.br/handle/123456789/6492
• topic: : Região de associação à Matriz Nuclear; DNA curvo; Gene BhC4-1

Domínios funcionais do DNA podem estar localizados em regiões denominadas alças ou loops, formados pela associação do DNA a uma estrutura nuclear protéica denominada matriz nuclear. Várias possíveis funções tem sido reportadas para as regiões de associação à matriz nuclear (MARs) como ativação da transcrição, replicação e reparo. MARs, ou seqüências adjacentes à essas regiões podem apresentar sítios intrínsecos de DNA curvo. Até agora não é conhecida nenhuma seqüência consenso que é característica de uma MAR, mas pesquisadores que identificaram fisicamente as MARs tentaram correlacionar sua presença com a ocorrência de vários motivos de seqüência, como DNA curvo. O objetivo deste trabalho é a análise do comportamento eletroforético de fragmentos de DNA à montante do gene BhC4-1 de Bradysia hygida amplificados pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), relativos a regiões putativas de associação à matriz nuclear, detectadas in silico. Inicialmente a seqüência do fragmento de 3990 pb, contendo a região em análise, será analisada para a predição computacional de regiões de associação à matriz nuclear, pelo software MAR-Wiz, disponível gratuitamente no site http://www.futuresoft.org/modules/MarFinder/index.html. Os gráficos serão gerados em diferentes janelas de análise. Para a reação de PCR será utilizado como template o DNA recombinante contendo o inserto de 3990 pb clonado no plasmídeo pT7T3. O DNA recombinante será quantificado por espectrofotometria de luz U.V. e por eletroforese em gel de agarose a 0,7%, para determinar a concentração ótima para a reação da PCR. As temperaturas ótimas de anelamento dos primers serão definidas utilizando o software FAST PCR, disponível online em http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/Programs/fastpcr.htm. Após a PCR, os amplicons serão analisados em géis de agarose a 1%, para a confirmação da positividade da reação. Para a análise do comportamento eletroforético, os amplicons serão analisados por eletroforese em géis de poliacrilamida a 6%, a uma temperatura de 4ºC. Para a confirmação da presença de curvatura intrínseca, estes fragmentos serão analisados por eletroforese em géis de poliacrilamida a 6%, na presença de brometo de etídio, em temperatura ambiente. As seqüências dos fragmentos amplificados serão submetidas à modelagem 3D, utilizando o programa 3D15m1, para o estudo da curvatura. Com os resultados obtidos será possível fazer uma análise preliminar da presença de sítios intrínsecos de curvatura em regiões do DNA escolhidas para se avaliar experimentalmente o potencial de associação à matriz nuclear, em diferentes estádios do desenvolvimento larval de do sciarídeo Bradysia hygida, projeto em andamento por nosso grupo de pesquisa.