Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Perles, João Vitor Santos
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/250619
Resumo: Esta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.
id UNSP_b74dfc6874bcd77ecac86346136cd307
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/250619
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteínaSolution methods of the Fokker-Planck equation applied to the protein folding problemFokker-PlanckHierarquia de hamiltonianosGram-SchmidtPotencial biestávelEnovelamento de proteínaFokker-PlanckHamiltonian hierarchyGram-SchmidtBistable potentialProtein foldingEsta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.This dissertation explores the use of Hamiltonian hierarchy and the Gram-Schmidt orthogonalization process, combined with the factorization method, to solve the Fokker-Planck equation. The goal is to obtain probability distributions, transition times between states, and relaxation constants for potentials called bistable potentials. In this work, the potentials are modeled by polynomial functions. Firstly, the solution to the Fokker-Planck equation is presented for a polynomial bistable potential, which is asymmetric and generic, aiming to demonstrate the application of the two distinct formalisms. Then, the same equation is solved for a free energy profile, which describes the protein folding dynamics states in a one-dimensional manner, obtained from computational simulation.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)88887.641424/2021-00Universidade Estadual Paulista (Unesp)Drigo Filho, Elso [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Perles, João Vitor Santos2023-09-06T19:21:06Z2023-09-06T19:21:06Z2023-08-08info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11449/25061933004153068P9porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESP2023-12-09T06:17:48Zoai:repositorio.unesp.br:11449/250619Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T19:49:36.341614Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
Solution methods of the Fokker-Planck equation applied to the protein folding problem
title Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
spellingShingle Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
Perles, João Vitor Santos
Fokker-Planck
Hierarquia de hamiltonianos
Gram-Schmidt
Potencial biestável
Enovelamento de proteína
Fokker-Planck
Hamiltonian hierarchy
Gram-Schmidt
Bistable potential
Protein folding
title_short Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
title_full Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
title_fullStr Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
title_full_unstemmed Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
title_sort Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína
author Perles, João Vitor Santos
author_facet Perles, João Vitor Santos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Drigo Filho, Elso [UNESP]
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Perles, João Vitor Santos
dc.subject.por.fl_str_mv Fokker-Planck
Hierarquia de hamiltonianos
Gram-Schmidt
Potencial biestável
Enovelamento de proteína
Fokker-Planck
Hamiltonian hierarchy
Gram-Schmidt
Bistable potential
Protein folding
topic Fokker-Planck
Hierarquia de hamiltonianos
Gram-Schmidt
Potencial biestável
Enovelamento de proteína
Fokker-Planck
Hamiltonian hierarchy
Gram-Schmidt
Bistable potential
Protein folding
description Esta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023-09-06T19:21:06Z
2023-09-06T19:21:06Z
2023-08-08
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11449/250619
33004153068P9
url http://hdl.handle.net/11449/250619
identifier_str_mv 33004153068P9
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808129125441863680

Registros relacionados