Caracterização do viroma de soro de suínos, equinos e bovinos

• Autor(a) principal: Paim, Willian Pinto
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/223992
• topic: Vírus; Suínos; Equinos; Bovinos; Genoma viral; Metagenômica; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Metagenomics; High-throughput sequencing; Cressdnaviricota

Os suínos, equinos e bovinos possuem uma histórica importância econômica e social. A criação de suínos de exposição para participar em eventos agrícolas é uma atividade relevante na região Centro-Oeste dos Estados Unidos. Os equinos são utilizados para o lazer, esporte, equoterapia e força de tração no trabalho rural. Os bovinos apresentam um papel essencial na indústria de carne e leite. Além disso, equinos e bovinos são fontes de soro, um produto biológico utilizado na pesquisa e para à fabricação de vacinas. Dessa forma, o conhecimento do status sanitário de suínos, equinos e bovinos é um ponto estratégico para à epidemiologia molecular de agentes virais que causam prejuízos econômicos à saúde animal. O conhecimento limitado da comunidade viral presente no soro desses animais dificulta o esclarecimento das possíveis causas de doenças de etiologia infecciosa. O emprego do sequenciamento de alto desempenho (high-throughput sequencing, HTS) tem permitido a detecção de agentes virais em amostras biológicas de muitas espécies animais. Porém, os soros de suínos de exposição, e lotes de soros equinos e bovinos comerciais de diferentes países ainda carecem de investigação da presença de vírus adventícios através da metagenômica viral. Nesse sentido, o presente estudo visa ampliar o conhecimento sobre a diversidade do viroma do soros desses animais utilizando o HTS. No Capítulo 1, foram analisadas 400 amostras de soros de suínos, divididas em dois pools de 200 amostras cada. Foram obtidas sequências de genomas das famílias Arteriviridae, Circoviridae, Flaviviridae, Herpesviridae, Parvoviridae e Retroviridae. Vinte e três espécies virais foram detectadas, incluindo o primeiro bufavírus suíno nos Estados Unidos. Assim como, o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva suína, pestivírus atípico de suíno e circovírus suíno. Além disso, 17 genomas completos foram recuperados e os dois primeiros bocaparvovirus ungulado 3 dos Estados Unidos. No Capítulo 2, foram investigados cinco lotes de soros comerciais de equinos com origem na Nova Zelândia (três lotes), Brasil e dos Estados Unidos (um lote cada). Nestes soros foram detectadas sequências genomicas das famílias Flaviviridae, Herpesviridae e Parvoviridae. Particularmente, hepacivírus e pegivírus equinos foram os mais frequentes. No Capítulo 3, foram sequenciados sete lotes de soros comerciais de bovinos com origem na Nova Zelândia (dois lotes), México (um lote) e dos Estados Unidos (quatro lotes). Os soros de bovinos apresentaram genomas das famílias Adenoviridae, Flaviviridae, Parvoviridae, Picornaviridae, Pneumoviridae, Polyomaviridae, Poxviridae, Reoviridae, Retroviridae e vírus circulares DNA fita simples codificantes de replicase (circular rep-encoding single-stranded, CRESS) (Genomoviridae, Circoviridae e Smacoviridae). Doze genomas completos de parvovírus bovino 2 e 3, bosavírus, hokovírus bovino e poliomavírus bovino 1 foram recuperados. Além disso, foram detectadas sequências relacionadas à crAssphage, um bacteriófago associado a contaminação fecal humana. Portanto, o estudo ilustra os agentes virais presentes nos soros de suínos, equinos e bovinos, buscando contribuir para o conhecimento do viroma presente nos soros desses animias e auxiliar no esclarecimento de possíveis causas de doenças de etiologia infecciosa.