Padronização de uma PCR-RFLP e comparação com métodos tradicionais para identificação das principais espécies de dermatófitos em amostras clínicas de cães e gatos
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Data de Publicação: | 2013 |
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Texto Completo: | http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/8593 |
Resumo: | The Objective of this study was to standardize a PCR-RFLP and compare it with traditional methods of identification of dermatophytes in clinical specimens from dogs and cats. We analyzed 150 clinical samples from animals with skin diseases. In samples of hair and / or crusts direct microscopic exams were performed with KOH (30%) as well as culture on Sabouraud dextrose agar supplemented with yeast extract, chloramphenicol and cycloheximide. DNA was extracted from the colonies, after the evaluation of macroscopic and microscopic features as well as of clinical specimens with the DNeasy Blood & Tissue extraction kit (QIAGEN ®). The primers used were ITS 1 and ITS 4. The amplicons were digested by restriction enzyme BseBI. To study the correlation between the tests we used the Kappa coefficient (K). After analyzing the results we observed patterns different that identify Microsporum canis, Microsporum gypseum and Trichophyton mentagrophytes. There was also excellent agreement between the results of culture and PCR-RFLP of 87,5% (7/8). Another observation made was that negative samples in traditional methods (direct examination and culture), but were contaminated with the agent, were identified by molecular technique, indicating a higher sensitivity of the same. It concluded, then, that the PCR-RFLP method is more sensitive and as specific as the routine methods, allowing it to be used for a fastest identification of these species of dermatophytes in clinical samples from dogs and cats. |
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SILVA, Leonildo Bento Galiza daMOTA, Rinaldo AparecidoPINHEIRO JÚNIOR, José WiltonMATA, Rita de Cássia CarvalhoFRANCO, Luciana de Oliveirahttp://lattes.cnpq.br/1857680999866183LEAL, Carlos Adriano de Santana2022-05-03T12:16:06Z2013-12-06LEAL, Carlos Adriano de Santana. Padronização de uma PCR-RFLP e comparação com métodos tradicionais para identificação das principais espécies de dermatófitos em amostras clínicas de cães e gatos. 2013. 65 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Ciência Veterinária) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife.http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/8593The Objective of this study was to standardize a PCR-RFLP and compare it with traditional methods of identification of dermatophytes in clinical specimens from dogs and cats. We analyzed 150 clinical samples from animals with skin diseases. In samples of hair and / or crusts direct microscopic exams were performed with KOH (30%) as well as culture on Sabouraud dextrose agar supplemented with yeast extract, chloramphenicol and cycloheximide. DNA was extracted from the colonies, after the evaluation of macroscopic and microscopic features as well as of clinical specimens with the DNeasy Blood & Tissue extraction kit (QIAGEN ®). The primers used were ITS 1 and ITS 4. The amplicons were digested by restriction enzyme BseBI. To study the correlation between the tests we used the Kappa coefficient (K). After analyzing the results we observed patterns different that identify Microsporum canis, Microsporum gypseum and Trichophyton mentagrophytes. There was also excellent agreement between the results of culture and PCR-RFLP of 87,5% (7/8). Another observation made was that negative samples in traditional methods (direct examination and culture), but were contaminated with the agent, were identified by molecular technique, indicating a higher sensitivity of the same. It concluded, then, that the PCR-RFLP method is more sensitive and as specific as the routine methods, allowing it to be used for a fastest identification of these species of dermatophytes in clinical samples from dogs and cats.Objetivou-se com este estudo padronizar uma técnica de PCR-RFLP e compará-la com métodos tradicionais de identificação de dermatófitos em amostras clínicas de cães e gatos. Foram analisadas 150 amostras clínicas de animais com dermatopatias. Nas amostras de pelos e/ou crostas foram realizados exames direto com KOH (30%) e cultura em ágar dextrose Sabouraud adicionado de extrato de levedura, cloranfenicol e ciclo-heximida. O DNA foi extraído das colônias, após a avaliação das características macro e microscópicas, bem como das amostras clínicas, com o kit de extração DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN®). Os Primers utilizados foram o ITS 1 e o ITS 4. Os Amplicons foram digeridos pela enzima de restrição BseBI. Para o estudo de concordância entre os testes utilizou-se o coeficiente de Kappa (K). Após a análise dos resultados observou-se padrões de bandas diferentes que identificam Microsporum canis, Microsporum gypseum e Trichophyton mentagrophytes. Observou-se também uma excelente concordância entre os resultados da cultura e da PCRRFLP de 87,5% (7/8). Outra observação feita foi a de que amostras negativas nos métodos tradicionais (exame direto e cultura), mas que estavam contaminadas com o agente, foram identificadas pela técnica molecular, indicando uma maior sensibilidade da mesma. Concluise, então, que a PCR-RFLP é mais sensível e tão específica quanto os métodos de rotina, o que permite que a mesma seja utilizada para a identificação mais rápida destas espécies de dermatófitos em amostras clínicas de cães e gatos.Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2022-05-03T12:16:06Z No. of bitstreams: 1 Carlos Adriano de Santana Leal.pdf: 1772560 bytes, checksum: bcea28b90cc00e1548c89aa9731be8f8 (MD5)Made available in DSpace on 2022-05-03T12:16:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos Adriano de Santana Leal.pdf: 1772560 bytes, checksum: bcea28b90cc00e1548c89aa9731be8f8 (MD5) Previous issue date: 2013-12-06Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESapplication/pdfporUniversidade Federal Rural de PernambucoPrograma de Pós-Graduação em Ciência VeterináriaUFRPEBrasilDepartamento de Medicina VeterináriaDermatofitoseZoonoseDiagnósticoCIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIAPadronização de uma PCR-RFLP e comparação com métodos tradicionais para identificação das principais espécies de dermatófitos em amostras clínicas de cães e gatosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis-3061482854177903105600600600600-30202105637636167804536702642350173192075167498588264571info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPEinstname:Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)instacron:UFRPEORIGINALCarlos Adriano de Santana Leal.pdfCarlos Adriano de Santana Leal.pdfapplication/pdf1772560http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/bitstream/tede2/8593/2/Carlos+Adriano+de+Santana+Leal.pdfbcea28b90cc00e1548c89aa9731be8f8MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82165http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/bitstream/tede2/8593/1/license.txtbd3efa91386c1718a7f26a329fdcb468MD51tede2/85932022-05-03 09:16:06.577oai:tede2: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Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede/PUBhttp://www.tede2.ufrpe.br:8080/oai/requestbdtd@ufrpe.br ||bdtd@ufrpe.bropendoar:2024-05-28T12:37:11.314822Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE - Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)false |
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