Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com fenótipos complexos

• Autor(a) principal: Souza, Camila Alves de
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29112022-121409/
• topic: Ancestralidade; Ancestry; Copy number variation; Copy number variation; Loss of heterozygosity; Loss of heterozygosity

Com o avanço das tecnologias citogenômicas, tornou-se possível a detecção confiável de diversas alterações genômicas e a determinação da ancestralidade dos indivíduos, uma importante ferramenta de entendimento da origem e da história das populações, bem como, fonte de decisões no contexto de saúde pública. Dentre os diferentes tipos de variação genética, existem as Copy Number Variation (CNV) que são ganhos ou perdas de segmentos de DNA. Diversos trabalhos associam as CNVs a diferentes tipos de fenótipos envolvidos com doenças monogênicas bem como multifatoriais. Outra variação genética importante é a Loss of heterozygosity (LOH), uma instabilidade cromossômica caracterizada pelo desequilíbrio alélico, onde uma região genômica heterozigota se torna homozigota através da perda de um dos alelos. As regiões homozigotas podem representar populações, determinar nível de consanguinidade e diversos estudos correlacionam as regiões LOH como uma das principais causas de tumorigênese. Neste trabalho, tendo em vista a importância da determinação da ancestralidade dos indivíduos e do impacto das variantes CNV e das LOHs ao contexto da saúde humana, o objetivo é construir bancos de dados de ancestralidade, CNVs e LOH a partir dos dados do projeto ISA-Nutrição, genotipados através da plataforma Axiom 2.0 (Affymetrix, Thermo Fisher). Tal informação permitirá correlacionar variações moleculares a fenótipos que sejam relevantes ao grupo de estudo, contribuindo assim para o melhor entendimento do perfil do brasileiro. O processamento dos dados envolvido neste trabalho não é tarefa simples pois exige a execução de diferentes pipelines que utilizam diferentes softwares como PLINK, além de softwares proprietários disponibilizados pela Affymetrix e bibliotecas das linguagens R e Python. Neste sentido, uma contribuição do presente trabalho é propor um pipeline customizado para análise de ancestralidade e identificação de regiões de CNV e de LOH a partir de dados de SNParray. Resultados: Como esperado, a amostra ISA-Nutrição permitiu caracterizar a alta miscigenação da população brasileira e alguns indivíduos apresentaram diferenças entre a raça autodeclarada e as proporções ancestrais das populações em comparação com o projeto 1000 genomas. Foram detectadas 34.824 CNVs para as 841 amostras do estudo, variando entre 49.3kb (CN=0) a 33.5Mb (CN=3). As LOHs tiveram média de 1,5% nos cromossomos autossômicos, foram detectadas 26.558 nas 841 amostras e variaram entre 1Mb e 108Mb.