Evaluation of software to construct genetic linkage maps in plants
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
Texto Completo: | http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-28082019-142400/ |
Resumo: | Genetic maps are useful tools in breeding programs and evolutionary studies. Since the publication of the first map, several concepts have been proposed and implemented in various mapping software. Each software presents different characteristics for the construction of maps. For example, aspects such as availability of source code, licenses, tutorials, and operating system need to be considered. There are also important points related to the statistical methods employed. In this context, the users\' choice can often be a complicated task. The objectives here were: i) to present the main software with free licenses developed in recent years; ii) construct linkage maps using these software and, iii) evaluate them from the point of view of users. The software considered were: OneMap, Lep-MAP, HighMap, Lep-MAP2, Flipper, Lep-MAP3, ASMap, and GUSMap. This work can guide researchers about the free tools available to construct genetic maps. |
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Evaluation of software to construct genetic linkage maps in plantsAvaliação de softwares para construção de mapas genéticos em plantasComputer packagesConstrução de mapas genéticosConstruction of genetic mapsDiploid speciesEspécies diploidesLep-MAP3Lep-MAP3OneMapOneMapPacotes computacionaisGenetic maps are useful tools in breeding programs and evolutionary studies. Since the publication of the first map, several concepts have been proposed and implemented in various mapping software. Each software presents different characteristics for the construction of maps. For example, aspects such as availability of source code, licenses, tutorials, and operating system need to be considered. There are also important points related to the statistical methods employed. In this context, the users\' choice can often be a complicated task. The objectives here were: i) to present the main software with free licenses developed in recent years; ii) construct linkage maps using these software and, iii) evaluate them from the point of view of users. The software considered were: OneMap, Lep-MAP, HighMap, Lep-MAP2, Flipper, Lep-MAP3, ASMap, and GUSMap. This work can guide researchers about the free tools available to construct genetic maps.Mapas genéticos são ferramentas úteis em programas de melhoramento e em estudos evolutivos. Desde a publicação do primeiro mapa, vários conceitos foram propostos e implementados em vários softwares de mapeamento. Cada software apresenta diferentes características para construção de mapas. Por exemplo, aspectos como disponibilidade do código fonte, licenças, tutoriais e sistema operacional precisam ser considerados. Há ainda pontos importantes relacionados aos métodos estatísticos empregados. Assim sendo, nem sempre a escolha pelos usuários é uma tarefa simples. Os objetivos aqui foram: i) apresentar os principais softwares com licenças gratuitas desenvolvidos nos últimos anos; ii) construir mapas de ligação utilizando esses programas e iii) avaliá-los do ponto de vista dos usuários. Os softwares considerados foram: OneMap, Lep-MAP, HighMap, Lep-MAP2, Flipper, Lep-MAP3, ASMap e GUSMap. Este trabalho poderá orientar os pesquisadores quanto às ferramentas gratuitas disponíveis para construção de mapas genéticos.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPGarcia, Antonio Augusto FrancoSantos, Jenifer Camila Godoy dos2019-07-04info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-28082019-142400/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesseng2021-08-27T12:57:41Zoai:teses.usp.br:tde-28082019-142400Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212021-08-27T12:57:41Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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