Nucleocapsid (N) GeneMutations of SARS-CoV-2 Can Affect Real-Time RT-PCR Diagnostic and Impact False-Negative Results

Lesbon, Jéssika Cristina Chagas; Poleti, Mirele Daiana; Oliveira, Elisângela Chicaroni de Mattos; Patané, José Salvatore Leister; Clemente, Luan Gaspar; Viala, Vincent Louis; Ribeiro, Gabriela; Giovanetti, Marta; Alcantara, Luiz Carlos Junior de; Lima, Loyze Paola Oliveira de; Martins, Antomio Jorge; Barros, Claudia Renata dos Santos; Marqueze, Elaine Cristina; Bernardino, Jardelina de Souza Todão; Moretti, Debora Botequio; Brassaloti, Ricardo Augusto; Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos; Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa; Slavov, Svetoslav Nanev; Santos, Rafael Bezerra dos; Rodrigues, Evandra Strazza; Santos, Elaine Vieira; Borges, Josiane Serrano; la Roque, Debora Glenda Lima de; Kitajima, João Paulo; Santos, Bibiana; Assato, Patricia Akemi; Costa, Felipe Allan da Silva da; Banho, Cecilia Artico; Sacchetto, Livia; Moraes, Marilia Mazzi; Palmieri, Melissa; Silva, Fabiana Erica Vilanova da; Grotto, Rejane Maria Tommasini; Souza Neto, Jayme A.; Nogueira, Mauricio Lacerda; Coutinho, Luiz Lehman; Calado, Rodrigo Tocantins; Machado Neto, Raul; Covas, Dimas Tadeu; Kashima, Simone; Elias, Maria Carolina; Sampaio, Sandra Coccuzzo; Fukumasu, Heidge

Nucleocapsid (N) GeneMutations of SARS-CoV-2 Can Affect Real-Time RT-PCR Diagnostic and Impact False-Negative Results

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal:	Lesbon, Jéssika Cristina Chagas
Data de Publicação:	2021
Outros Autores:	Poleti, Mirele Daiana, Oliveira, Elisângela Chicaroni de Mattos, Patané, José Salvatore Leister, Clemente, Luan Gaspar, Viala, Vincent Louis, Ribeiro, Gabriela, Giovanetti, Marta, Alcantara, Luiz Carlos Junior de, Lima, Loyze Paola Oliveira de, Martins, Antomio Jorge, Barros, Claudia Renata dos Santos, Marqueze, Elaine Cristina, Bernardino, Jardelina de Souza Todão, Moretti, Debora Botequio, Brassaloti, Ricardo Augusto, Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos, Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa, Slavov, Svetoslav Nanev, Santos, Rafael Bezerra dos, Rodrigues, Evandra Strazza, Santos, Elaine Vieira, Borges, Josiane Serrano, la Roque, Debora Glenda Lima de, Kitajima, João Paulo, Santos, Bibiana, Assato, Patricia Akemi, Costa, Felipe Allan da Silva da, Banho, Cecilia Artico, Sacchetto, Livia, Moraes, Marilia Mazzi, Palmieri, Melissa, Silva, Fabiana Erica Vilanova da, Grotto, Rejane Maria Tommasini, Souza Neto, Jayme A., Nogueira, Mauricio Lacerda, Coutinho, Luiz Lehman, Calado, Rodrigo Tocantins, Machado Neto, Raul, Covas, Dimas Tadeu, Kashima, Simone, Elias, Maria Carolina, Sampaio, Sandra Coccuzzo, Fukumasu, Heidge
Tipo de documento:	Artigo
Idioma:	eng
Título da fonte:	Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo:	https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/50763
Resumo:	Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Laboratório de Oncologia Comparada e Translacional. PIrassununga, SP, Brasil.

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Nucleocapsid (N) GeneMutations of SARS-CoV-2 Can Affect Real-Time RT-PCR Diagnostic and Impact False-Negative Results. Viruses, v. 13, 2474, p. 1-9, Dec. 2021.1999-4915https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/5076310.3390/v13122474engMDPICOVID-19RT-PCRGene NMutaçãoLocalizador de genesCOVID-19RT-PCRN geneGeneFinderMutationNucleocapsid (N) GeneMutations of SARS-CoV-2 Can Affect Real-Time RT-PCR Diagnostic and Impact False-Negative Resultsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleUniversidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Laboratório de Oncologia Comparada e Translacional. PIrassununga, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Laboratório de Oncologia Comparada e Translacional. PIrassununga, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Laboratório de Oncologia Comparada e Translacional. PIrassununga, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Agricultura Luiz de Queiroz. Departamento de Ciência Animal. Centro Genômico Funcional. Piracicaba, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Mnas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Agricultura Luiz de Queiroz. Departamento de Ciência Animal. Centro Genômico Funcional. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Agricultura Luiz de Queiroz. Departamento de Ciência Animal. Centro Genômico Funcional. Piracicaba, SP, Brasil.NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Mendelics Genomic Analysis. São Paulo, SP, Brasil.Mendelics Genomic Analysis. São Paulo, SP, Brasil.Universidade Estadual de São Paulo. Escola de Ciências Agrárias. Botucatu, SP, Brasil.Universidade Estadual de São Paulo. Escola de Ciências Agrárias. Botucatu, SP, Brasil.Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Secretaria Municipal da Saúde. Coordenação de Vigilância em Saúde. São Paulo, SP, Brasil.Secretaria Municipal de Saúde São Paulo. Coordenação de Atenção Básica. Assistência Laboratorial. São Paulo, SP, Brasil.Universidade Estadual de São Paulo. Escola de Ciências Agrárias. Botucatu, SP, Brasil.Universidade Estadual de São Paulo. Escola de Ciências Agrárias. Botucatu, SP, Brasil.Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Agricultura Luiz de Queiroz. Departamento de Ciência Animal. Centro Genômico Funcional. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Laboratório de Oncologia Comparada e Translacional. PIrassununga, SP, Brasil.The current COVID-19 pandemic demands massive testing by Real-time RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction), which is considered the gold standard diagnostic test for the detection of the SARS-CoV-2 virus. However, the virus continues to evolve with mutations that lead to phenotypic alterations as higher transmissibility, pathogenicity or vaccine evasion. Another big issue are mutations in the annealing sites of primers and probes of RT-PCR diagnostic kits leading to false-negative results. Therefore, here we identify mutations in the N (Nucleocapsid) gene that affects the use of the GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit. We sequenced SARS-CoV-2 genomes from 17 positive samples with no N gene detection but with RDRP (RNA-dependent RNA polymerase) and E (Envelope) genes detection, and observed a set of three different mutations affecting the N detection: a deletion of 18 nucleotides (Del28877-28894), a substitution of GGG to AAC (28881-28883) and a frameshift mutation caused by deletion (Del28877-28878). The last one cause a deletion of six AAs (amino acids) located in the central intrinsic disorder region at protein level. We also found this mutation in 99 of the 14,346 sequenced samples by the Sao Paulo state Network for Pandemic Alert of Emerging SARS-CoV-2 variants, demonstrating the circulation of the mutation in Sao Paulo, Brazil. Continuous monitoring and characterization of mutations affecting the annealing sites of primers and probes by genomic surveillance programs are necessary to maintain the effectiveness of the diagnosis of COVID-19.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82991https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/50763/1/license.txt5a560609d32a3863062d77ff32785d58MD51ORIGINALLuizCarlosAlcanta_MartaGiovenetti_etal_IOC_2021.pdfLuizCarlosAlcanta_MartaGiovenetti_etal_IOC_2021.pdfapplication/pdf875185https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/50763/2/LuizCarlosAlcanta_MartaGiovenetti_etal_IOC_2021.pdf520683031171e3911c9be64866435edeMD52icict/507632022-07-18 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Nucleocapsid (N) GeneMutations of SARS-CoV-2 Can Affect Real-Time RT-PCR Diagnostic and Impact False-Negative Results

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