Investigation of polymorphisms in the genome of Dengue virus
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2007 |
Outros Autores: | , , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | por eng |
Título da fonte: | RECIIS (Online) |
Texto Completo: | https://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/927 |
Resumo: | In the present study, we investigated the nucleotide polymorphisms among the four genotypes of the Dengue virus - DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 - by qualitative and quantitative characterization. We studied the Nucleotide Substitution Density (NSD) along each genome identifying the regions with higher degree of mutation and/or conservation. Then, we calculated the Average Nucleotide Substitution Density (ANSD) for each serotype. We observed that the ANSD of DENV-2 is larger than for DENV-1 by 44.21%, DENV-3 by 85%, and DENV-4 by 163.31%. In contrast to DENV-2 and DENV-4, DENV-1 and DENV-3 showed a similar mutational behavior. The NS5 domain from DENV-2 that corresponds to the RNA-dependent RNA polymerase also has a higher mutation rate compared to that of the other DENVs. This suggests that the polymorphism and the virulence can be correlated in DENV-2, which could contribute to the understanding of the disease evolution. |
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Investigation of polymorphisms in the genome of Dengue virusInvestigação de polimorfismos no genoma do vírus da DengueDengueNS5polymerasevirulencepolymorphismDengueNS5polimerasevirulênciapolimorfismoIn the present study, we investigated the nucleotide polymorphisms among the four genotypes of the Dengue virus - DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 - by qualitative and quantitative characterization. We studied the Nucleotide Substitution Density (NSD) along each genome identifying the regions with higher degree of mutation and/or conservation. Then, we calculated the Average Nucleotide Substitution Density (ANSD) for each serotype. We observed that the ANSD of DENV-2 is larger than for DENV-1 by 44.21%, DENV-3 by 85%, and DENV-4 by 163.31%. In contrast to DENV-2 and DENV-4, DENV-1 and DENV-3 showed a similar mutational behavior. The NS5 domain from DENV-2 that corresponds to the RNA-dependent RNA polymerase also has a higher mutation rate compared to that of the other DENVs. This suggests that the polymorphism and the virulence can be correlated in DENV-2, which could contribute to the understanding of the disease evolution.O presente estudo teve como objetivo caracterizar qualitativamente e quantitativamente o polimorfismo entre os quatro genótipos do vírus da Dengue - DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4. Estudou-se a Densidade de Substituição Nucleotídica (NSD - Nucleotide Substitution Density) ao longo de cada genoma, identificando as regiões com maior taxa de mutação e/ou conservação. Posteriormente calculou-se a Densidade Média de Substituição Nucleotídica (ANSD - Average Nucleotide Substitution Density) para cada sorotipo. Observou-se que a ANSD do DENV-2 é 44,21% maior que a do DENV-1, 85% maior que a do DENV-3 e 163,31% maior que a do DENV-4. Observou-se que, contrariamente a DENV-2 e DENV-4, DENV-1 e DENV-3 têm padrões de comportamento mutacional similar entre eles. O domínio do gene da NS5 correspondente à RNA polimerase RNA-dependente do DENV-2 também tem taxa de mutação superior aos outros DENV. Isto sugere que a taxa de polimorfismo e a virulência podem estar correlacionados no DENV-2, o que poderia contribuir para o estudo da evolução da doença.Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (Icict/Fiocruz)2007-12-31info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionAvaliado pelos paresapplication/pdfapplication/pdfhttps://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/92710.3395/reciis.v1i2.927Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde; Vol. 1 No. 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e SaúdeRevista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde; Vol. 1 Núm. 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e SaúdeRevue de la Communication, de l'Information et de l'Innovation en santé; Vol. 1 No 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e SaúdeRevista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde; v. 1 n. 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e Saúde1981-6278reponame:RECIIS (Online)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZporenghttps://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/927/1572https://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/927/1625Copyright (c) 2018 Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúdeinfo:eu-repo/semantics/openAccessAraújo, Roberto Fabian Santos deCarels, Nicolasde Melo, Paulo Roberto SantanaFrias Suárez, Diego Gervásio2022-08-11T14:24:57Zoai:www.reciis.icict.fiocruz.br:article/927Revistahttps://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciishttps://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/oaireciis@icict.fiocruz.br1981-62781981-6278opendoar:2022-08-11T14:24:57RECIIS (Online) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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In the present study, we investigated the nucleotide polymorphisms among the four genotypes of the Dengue virus - DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 - by qualitative and quantitative characterization. We studied the Nucleotide Substitution Density (NSD) along each genome identifying the regions with higher degree of mutation and/or conservation. Then, we calculated the Average Nucleotide Substitution Density (ANSD) for each serotype. We observed that the ANSD of DENV-2 is larger than for DENV-1 by 44.21%, DENV-3 by 85%, and DENV-4 by 163.31%. In contrast to DENV-2 and DENV-4, DENV-1 and DENV-3 showed a similar mutational behavior. The NS5 domain from DENV-2 that corresponds to the RNA-dependent RNA polymerase also has a higher mutation rate compared to that of the other DENVs. This suggests that the polymorphism and the virulence can be correlated in DENV-2, which could contribute to the understanding of the disease evolution. |
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