Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10400.26/37610 |
Resumo: | A avaliação da segurança de fármacos, quer durante a fase clínica quer durante as fases iniciais do desenvolvimento de novos fármacos, é um processo fundamental para o despiste de potenciais efeitos tóxicos. Os fármacos pertencem ao grupo dos xenobióticos - compostos estranhos ao organismo que serão extensivamente metabolizados a fim de diminuir sua toxicidade para o organismo humano. O metabolismo de fármacos envolve vários sistemas enzimáticos, e dois dos mais importantes são os citocromos P450 (CYP), uma família de oxidorredutases hémicas que catalisam vários tipos de reações, e as sulfotransferases (SULT), uma família de enzimas capazes de catalisar a sulfonação de grupos hidroxilo. Uma das abordagens para prever o metabolismo de fármacos é o desenvolvimento de reatores enzimáticos que permitem replicar o metabolismo in vivo. Com esta abordagem em mente, várias proteínas da família dos CYPs e das SULTs humanas foram subclonadas num vetor de expressão estável para permitir a sobreprodução em Escherichia coli competente para expressão. O objetivo foi obter as proteínas purificadas para serem utilizadas numa linha de investigação que visa co-imobilizar essas proteínas e desenvolver um reator enzimático in vitro. A isoforma SULT1A1 e as isoformas CYP 2D6 e 3A4 foram clonadas no vetor pET28a (+) por amplificação por PCR dos cDNAs presentes em vetores disponíveis comercialmente usando primers desenvolvidos para introduzir locais de corte para enzimas de restrição. A isoforma CYP2C8 foi subclonada a partir do vetor disponível por excisão com enzimas de restrição adequadas e transferida para o vetor pET28a (+). A isoforma SULT1B1 já estava disponível no vetor desejado. Todas as proteínas foram expressas como proteínas de fusão apresentando uma cauda His6 N-terminal para facilitar a purificação e, a jusante, a imobilização das proteínas. Todas as proteínas, com exceção do CYP 3A4, foram sobre-expressas com sucesso em E. coli, com bandas de absorvância nos cromatogramas de purificação indicando a existência de proteínas marcadas com histidina. No entanto, em alguns casos, a quantidade de proteína produzida era muito baixa. Não foi possível obter um plasmídeo estável com o CYP 3A4, provavelmente porque a baixa especificidade de substrato deste enzima, associada ao comportamento leaky característico do promotor T7 presente no vetor pET28a (+), leva a um ambiente tóxico nas células. |
id |
RCAP_2807751c23a4238e7bdeb7a765b4f09a |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:comum.rcaap.pt:10400.26/37610 |
network_acronym_str |
RCAP |
network_name_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository_id_str |
7160 |
spelling |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolismProteínas recombinantesClonagem de cDNAExpressão de proteínasPurificação de proteínasBiologia molecularRecombinant proteinscDNA cloningProtein expressionProtein purificationMolecular biologyA avaliação da segurança de fármacos, quer durante a fase clínica quer durante as fases iniciais do desenvolvimento de novos fármacos, é um processo fundamental para o despiste de potenciais efeitos tóxicos. Os fármacos pertencem ao grupo dos xenobióticos - compostos estranhos ao organismo que serão extensivamente metabolizados a fim de diminuir sua toxicidade para o organismo humano. O metabolismo de fármacos envolve vários sistemas enzimáticos, e dois dos mais importantes são os citocromos P450 (CYP), uma família de oxidorredutases hémicas que catalisam vários tipos de reações, e as sulfotransferases (SULT), uma família de enzimas capazes de catalisar a sulfonação de grupos hidroxilo. Uma das abordagens para prever o metabolismo de fármacos é o desenvolvimento de reatores enzimáticos que permitem replicar o metabolismo in vivo. Com esta abordagem em mente, várias proteínas da família dos CYPs e das SULTs humanas foram subclonadas num vetor de expressão estável para permitir a sobreprodução em Escherichia coli competente para expressão. O objetivo foi obter as proteínas purificadas para serem utilizadas numa linha de investigação que visa co-imobilizar essas proteínas e desenvolver um reator enzimático in vitro. A isoforma SULT1A1 e as isoformas CYP 2D6 e 3A4 foram clonadas no vetor pET28a (+) por amplificação por PCR dos cDNAs presentes em vetores disponíveis comercialmente usando primers desenvolvidos para introduzir locais de corte para enzimas de restrição. A isoforma CYP2C8 foi subclonada a partir do vetor disponível por excisão com enzimas de restrição adequadas e transferida para o vetor pET28a (+). A isoforma SULT1B1 já estava disponível no vetor desejado. Todas as proteínas foram expressas como proteínas de fusão apresentando uma cauda His6 N-terminal para facilitar a purificação e, a jusante, a imobilização das proteínas. Todas as proteínas, com exceção do CYP 3A4, foram sobre-expressas com sucesso em E. coli, com bandas de absorvância nos cromatogramas de purificação indicando a existência de proteínas marcadas com histidina. No entanto, em alguns casos, a quantidade de proteína produzida era muito baixa. Não foi possível obter um plasmídeo estável com o CYP 3A4, provavelmente porque a baixa especificidade de substrato deste enzima, associada ao comportamento leaky característico do promotor T7 presente no vetor pET28a (+), leva a um ambiente tóxico nas células.Testing drugs to assess drug safety is a key process not only during drug monitoring but also during the initial stages of drugs design. Clinical drugs belong to the group of xenobiotics – foreign compounds that will be extensively metabolized in order to decrease their toxicity to the human organism. Drug metabolism involves various enzymatic systems, and two of the more important ones are cytochromes P450 (CYP), a family of heme oxidoreductases that catalyse various types of reactions, and sulfotransferases (SULT), a family of enzymes able to catalyse the sulfonylation of hydroxyl groups in drugs. One of the approaches to predict drug metabolism is the development of in vitro enzymatic reactors that allow mimicking the in vivo metabolism. With this in mind, a set of human CYP and SULT enzymes were sub-cloned into a stable expression vector to allow over-production in expression- competent Escherichia coli cells. The goal was to obtain the purified proteins to be used in a research line that aims at co-immobilizing these proteins and develop an in vitro enzymatic reactor. SULT isoform 1A1 and CYP isoforms 2D6 and 3A4 were cloned into pET28a(+) vector by PCR amplification of the cDNAs from commercially available vectors using primers designed to introduce restriction sites for enzymatic digestion. CYP isoform 2C8 was subcloned from the available vector by excision with adequate restriction enzymes and transferred into the pET28a(+) vector. SULT isoform 1B1 was already available in the desired vector. All proteins were expressed as fusion proteins bearing an N-terminal His6-tag in order to assist in both purification and, downstream, protein immobilization. All proteins, except for CYP isoform 3A4, were successfully overexpressed in E. coli, with absorbance bands in the purification chromatograms indicating the existence of His-tagged proteins. However,insomecases,theamountofproducedproteinwastoolowandcouldnotbefurtherused. A stable plasmid with the CYP3A4 could not be obtained, probably because the low substrate specificity of this enzyme, coupled with the characteristic leaky behaviour of the T7 promoter present in the pET28a(+) vector, leads to a toxic environment in the cells.Justino, MartaJustino, GonçaloRepositório ComumCruz, Josimar Pires da2021-09-29T13:33:27Z2021-072021-07-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.26/37610TID:203248929porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-21T09:56:17Zoai:comum.rcaap.pt:10400.26/37610Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T23:11:54.048328Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
dc.title.none.fl_str_mv |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
title |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
spellingShingle |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism Cruz, Josimar Pires da Proteínas recombinantes Clonagem de cDNA Expressão de proteínas Purificação de proteínas Biologia molecular Recombinant proteins cDNA cloning Protein expression Protein purification Molecular biology |
title_short |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
title_full |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
title_fullStr |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
title_full_unstemmed |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
title_sort |
Development of a bacterial biomimetic system for liver drug metabolism |
author |
Cruz, Josimar Pires da |
author_facet |
Cruz, Josimar Pires da |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Justino, Marta Justino, Gonçalo Repositório Comum |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Cruz, Josimar Pires da |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Proteínas recombinantes Clonagem de cDNA Expressão de proteínas Purificação de proteínas Biologia molecular Recombinant proteins cDNA cloning Protein expression Protein purification Molecular biology |
topic |
Proteínas recombinantes Clonagem de cDNA Expressão de proteínas Purificação de proteínas Biologia molecular Recombinant proteins cDNA cloning Protein expression Protein purification Molecular biology |
description |
A avaliação da segurança de fármacos, quer durante a fase clínica quer durante as fases iniciais do desenvolvimento de novos fármacos, é um processo fundamental para o despiste de potenciais efeitos tóxicos. Os fármacos pertencem ao grupo dos xenobióticos - compostos estranhos ao organismo que serão extensivamente metabolizados a fim de diminuir sua toxicidade para o organismo humano. O metabolismo de fármacos envolve vários sistemas enzimáticos, e dois dos mais importantes são os citocromos P450 (CYP), uma família de oxidorredutases hémicas que catalisam vários tipos de reações, e as sulfotransferases (SULT), uma família de enzimas capazes de catalisar a sulfonação de grupos hidroxilo. Uma das abordagens para prever o metabolismo de fármacos é o desenvolvimento de reatores enzimáticos que permitem replicar o metabolismo in vivo. Com esta abordagem em mente, várias proteínas da família dos CYPs e das SULTs humanas foram subclonadas num vetor de expressão estável para permitir a sobreprodução em Escherichia coli competente para expressão. O objetivo foi obter as proteínas purificadas para serem utilizadas numa linha de investigação que visa co-imobilizar essas proteínas e desenvolver um reator enzimático in vitro. A isoforma SULT1A1 e as isoformas CYP 2D6 e 3A4 foram clonadas no vetor pET28a (+) por amplificação por PCR dos cDNAs presentes em vetores disponíveis comercialmente usando primers desenvolvidos para introduzir locais de corte para enzimas de restrição. A isoforma CYP2C8 foi subclonada a partir do vetor disponível por excisão com enzimas de restrição adequadas e transferida para o vetor pET28a (+). A isoforma SULT1B1 já estava disponível no vetor desejado. Todas as proteínas foram expressas como proteínas de fusão apresentando uma cauda His6 N-terminal para facilitar a purificação e, a jusante, a imobilização das proteínas. Todas as proteínas, com exceção do CYP 3A4, foram sobre-expressas com sucesso em E. coli, com bandas de absorvância nos cromatogramas de purificação indicando a existência de proteínas marcadas com histidina. No entanto, em alguns casos, a quantidade de proteína produzida era muito baixa. Não foi possível obter um plasmídeo estável com o CYP 3A4, provavelmente porque a baixa especificidade de substrato deste enzima, associada ao comportamento leaky característico do promotor T7 presente no vetor pET28a (+), leva a um ambiente tóxico nas células. |
publishDate |
2021 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2021-09-29T13:33:27Z 2021-07 2021-07-01T00:00:00Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10400.26/37610 TID:203248929 |
url |
http://hdl.handle.net/10400.26/37610 |
identifier_str_mv |
TID:203248929 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação instacron:RCAAP |
instname_str |
Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
instacron_str |
RCAAP |
institution |
RCAAP |
reponame_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
collection |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1799135389449977856 |