Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2012 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10773/10673 |
Resumo: | Uma das alterações fenótipicas mais comuns nos tumores são modificações no padrão de O-glicosilação na superfície da célula e nas glicoproteínas secretadas. Como consequência têm implicações nas suas funções biológicas. Em particular, tem sido descrito que algumas células tumorais sobreexpressam ou expressam de novo antigénios associados ao antigénio Thomsen-Friedenreich (TF), ou seja, sialil-Tn, sialil-T e disialyl-T. Estes epítopos resultam da paragem prematura do processo de O-glicosilação em proteínas e têm um impacto direto sobre a biologia do tumor. Assim sendo, a identificação destas modificações póstranslacionais anormais em proteínas é essencial para determinar as relações estrutura-função e descobrir novos alvos terapêuticos. Além disso, as proteínas que transportam estas alterações podem ser secretadas na corrente sanguínea, urina, e em outros fluidos corporais e, portanto, são explorados como biomarcadores em testes não invasivos. Atualmente a detecção de antigénios associados ao antigénio TF é baseado em métodos imunohistoquímicos em que, embora úteis para uma investigação de rotina, não conseguem descrever totalmente o padrão de glicosilação de uma dada proteína. Sendo assim, neste trabalho apresentamos uma abordagem analítica para determinar estes glicanos em quantidades minimas de glicoproteínas (picomole) isoladas a partir de géis SDS-PAGE. Resumidamente, as glicoproteínas são de-Oglicosiladas no gel por beta-eliminação redutiva, permetiladas e analisadas por nanoLC-MALDI-TOF/TOF. De seguida, os dados provenientes são sujeitos a uma seleção melhorada dos sinais analíticos relevantes, utilizando ferramentas de bioinformática. Esta abordagem foi, em seguida, aplicada com sucesso na validação do western blotting quanto à expressão de sialil-Tn numa glicoproteína isolada a partir da urina de ratos com tumores na bexiga induzidos quimicamente e no plasminogénio isolado a partir do soro de pacientes com lesões precursoras do cancro gástrico. |
id |
RCAP_ad15a0d504f1e5d7eb3d1430d01dd2d2 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:ria.ua.pt:10773/10673 |
network_acronym_str |
RCAP |
network_name_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository_id_str |
7160 |
spelling |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOFBioquímica clínicaGlicosilaçãoAntigenesUma das alterações fenótipicas mais comuns nos tumores são modificações no padrão de O-glicosilação na superfície da célula e nas glicoproteínas secretadas. Como consequência têm implicações nas suas funções biológicas. Em particular, tem sido descrito que algumas células tumorais sobreexpressam ou expressam de novo antigénios associados ao antigénio Thomsen-Friedenreich (TF), ou seja, sialil-Tn, sialil-T e disialyl-T. Estes epítopos resultam da paragem prematura do processo de O-glicosilação em proteínas e têm um impacto direto sobre a biologia do tumor. Assim sendo, a identificação destas modificações póstranslacionais anormais em proteínas é essencial para determinar as relações estrutura-função e descobrir novos alvos terapêuticos. Além disso, as proteínas que transportam estas alterações podem ser secretadas na corrente sanguínea, urina, e em outros fluidos corporais e, portanto, são explorados como biomarcadores em testes não invasivos. Atualmente a detecção de antigénios associados ao antigénio TF é baseado em métodos imunohistoquímicos em que, embora úteis para uma investigação de rotina, não conseguem descrever totalmente o padrão de glicosilação de uma dada proteína. Sendo assim, neste trabalho apresentamos uma abordagem analítica para determinar estes glicanos em quantidades minimas de glicoproteínas (picomole) isoladas a partir de géis SDS-PAGE. Resumidamente, as glicoproteínas são de-Oglicosiladas no gel por beta-eliminação redutiva, permetiladas e analisadas por nanoLC-MALDI-TOF/TOF. De seguida, os dados provenientes são sujeitos a uma seleção melhorada dos sinais analíticos relevantes, utilizando ferramentas de bioinformática. Esta abordagem foi, em seguida, aplicada com sucesso na validação do western blotting quanto à expressão de sialil-Tn numa glicoproteína isolada a partir da urina de ratos com tumores na bexiga induzidos quimicamente e no plasminogénio isolado a partir do soro de pacientes com lesões precursoras do cancro gástrico.A common phenotypic change in tumors comprises alterations in the O-glycosylation of cell-surface and secreted glycoproteins with implications in their biological functions. In particular, it has been described that some tumor cells overexpress or de novo express Thomsen-Friedenreich (TF)-related antigens, namely sialyl-Tn, sialyl-T and disialyl-T. These epitopes result from a premature stop in protein Oglycosylation and have direct impact on tumor biology. As a result, the identification of these abnormal post-translational modifications of proteins is essential to determine structure-function relationships and designs novel therapeutics. Moreover, the proteins carrying these alterations can ultimately be shed into the blood stream, urine and other body fluids and thus be explored as biomarkers in non invasive tests. Currently the detection of TF-related antigens relies on immuno-based methods that, even though useful in a routine basis, often fail to fully highlight the glycosylation pattern of a given protein. Herein, we have systematized a target-driven analytical approach to determine these glycans in minute amounts of glycoproteins (picomole) isolated from SDS-PAGE gels. Briefly, the glycoproteins are to be de-O-glycosylated in-gel by reductive beta-elimination, permethylated and analyzed by nanoLC-MALDI-TOF/TOF with enhanced selection of the relevant analytical signals using bioinformatics tools. This approach was then successfully applied to validate western blotting assignments regarding the expression of sialyl-Tn in a glycoprotein isolated from the urine of rats with chemically-induced bladder tumors and in plasminogen isolated from the serum of patients with gastric cancer precursor lesions.Universidade de Aveiro2013-06-28T09:55:25Z2012-06-29T00:00:00Z2012-06-29info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10773/10673engAlmeida,Andreia Filipa Ferreira de,info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-02-22T11:18:43Zoai:ria.ua.pt:10773/10673Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T02:47:11.832323Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
dc.title.none.fl_str_mv |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
title |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
spellingShingle |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF Almeida,Andreia Filipa Ferreira de, Bioquímica clínica Glicosilação Antigenes |
title_short |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
title_full |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
title_fullStr |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
title_full_unstemmed |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
title_sort |
Detection of tumor-associated sialylated O-glycans by MALDI-TOF/TOF |
author |
Almeida,Andreia Filipa Ferreira de, |
author_facet |
Almeida,Andreia Filipa Ferreira de, |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Almeida,Andreia Filipa Ferreira de, |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Bioquímica clínica Glicosilação Antigenes |
topic |
Bioquímica clínica Glicosilação Antigenes |
description |
Uma das alterações fenótipicas mais comuns nos tumores são modificações no padrão de O-glicosilação na superfície da célula e nas glicoproteínas secretadas. Como consequência têm implicações nas suas funções biológicas. Em particular, tem sido descrito que algumas células tumorais sobreexpressam ou expressam de novo antigénios associados ao antigénio Thomsen-Friedenreich (TF), ou seja, sialil-Tn, sialil-T e disialyl-T. Estes epítopos resultam da paragem prematura do processo de O-glicosilação em proteínas e têm um impacto direto sobre a biologia do tumor. Assim sendo, a identificação destas modificações póstranslacionais anormais em proteínas é essencial para determinar as relações estrutura-função e descobrir novos alvos terapêuticos. Além disso, as proteínas que transportam estas alterações podem ser secretadas na corrente sanguínea, urina, e em outros fluidos corporais e, portanto, são explorados como biomarcadores em testes não invasivos. Atualmente a detecção de antigénios associados ao antigénio TF é baseado em métodos imunohistoquímicos em que, embora úteis para uma investigação de rotina, não conseguem descrever totalmente o padrão de glicosilação de uma dada proteína. Sendo assim, neste trabalho apresentamos uma abordagem analítica para determinar estes glicanos em quantidades minimas de glicoproteínas (picomole) isoladas a partir de géis SDS-PAGE. Resumidamente, as glicoproteínas são de-Oglicosiladas no gel por beta-eliminação redutiva, permetiladas e analisadas por nanoLC-MALDI-TOF/TOF. De seguida, os dados provenientes são sujeitos a uma seleção melhorada dos sinais analíticos relevantes, utilizando ferramentas de bioinformática. Esta abordagem foi, em seguida, aplicada com sucesso na validação do western blotting quanto à expressão de sialil-Tn numa glicoproteína isolada a partir da urina de ratos com tumores na bexiga induzidos quimicamente e no plasminogénio isolado a partir do soro de pacientes com lesões precursoras do cancro gástrico. |
publishDate |
2012 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2012-06-29T00:00:00Z 2012-06-29 2013-06-28T09:55:25Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10773/10673 |
url |
http://hdl.handle.net/10773/10673 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de Aveiro |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de Aveiro |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação instacron:RCAAP |
instname_str |
Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
instacron_str |
RCAAP |
institution |
RCAAP |
reponame_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
collection |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1799137523151142912 |