Sistematização do processo de criação de definições formais em ontologias biomédicas: uma investigação no domínio das leucemias mieloides agudas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Amanda Damasceno de Souza
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUBD-AANE6D
Resumo: Os domínios do conhecimento, como o câncer e correlatos, exigem soluções tecnológicas que possibilitem organizar e manipular o volume de dados que aumenta exponencialmente, à medida que se desenvolvem pesquisas para tratamento da doença. Uma das alternativas para a criação de modelos da realidade na Biomedicina são as ontologias. Neste contexto, o presente estudo aborda as teorias da ontologia aplicada na construção de um sistema de organização do conhecimento biomédico. Um dos problemas nesse contexto é a falta de uma forma sistemática de criar definições em ontologias biomédicas. O objetivo geral da pesquisa é propor um método para estabelecer princípios genéricos para sistematização do processo de criação de definições adequadas ao uso em ontologias formais. Para tal, estabelecem-se como objetivos específicos: desenvolver uma parte de uma ontologia no domínio do sangue humano; criar uma lista de princípios básicos que vão operacionalizar a criação sistemática de definições e testar a lista de princípios básicos em entidades biomédicas reais sobre câncer do sangue, mais especificamente sobre as leucemias. Os resultados mostram que as definições de entidades biomédicas são definidas por uma variedade de critérios, que nem sempre atendem aos requisitos das ontologias. Após o teste da lista de princípios básicos em entidades biomédicas, verificou-se a necessidade de rever alguns passos para que seja possível sua aplicação em outros tipos de ontologias biomédicas e também ontologias específicas no domínio do câncer. Os principais problemas que dificultaram a busca pela essência para cada classe foram: a circularidade, intangibilidade e a complexidade em diagnosticar as leucemias. Definir o domínio das leucemias demonstrou ser uma tarefa árdua, complexa, necessita da ajuda do especialista e que consome tempo. Espera-se com este estudo contribuir para preencher lacunas em campos de pesquisa e disciplinas tão distintos como a Biomedicina, Web Semântica, Biblioteconomia e Ciência da Informação.
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O objetivo geral da pesquisa é propor um método para estabelecer princípios genéricos para sistematização do processo de criação de definições adequadas ao uso em ontologias formais. Para tal, estabelecem-se como objetivos específicos: desenvolver uma parte de uma ontologia no domínio do sangue humano; criar uma lista de princípios básicos que vão operacionalizar a criação sistemática de definições e testar a lista de princípios básicos em entidades biomédicas reais sobre câncer do sangue, mais especificamente sobre as leucemias. Os resultados mostram que as definições de entidades biomédicas são definidas por uma variedade de critérios, que nem sempre atendem aos requisitos das ontologias. Após o teste da lista de princípios básicos em entidades biomédicas, verificou-se a necessidade de rever alguns passos para que seja possível sua aplicação em outros tipos de ontologias biomédicas e também ontologias específicas no domínio do câncer. Os principais problemas que dificultaram a busca pela essência para cada classe foram: a circularidade, intangibilidade e a complexidade em diagnosticar as leucemias. Definir o domínio das leucemias demonstrou ser uma tarefa árdua, complexa, necessita da ajuda do especialista e que consome tempo. Espera-se com este estudo contribuir para preencher lacunas em campos de pesquisa e disciplinas tão distintos como a Biomedicina, Web Semântica, Biblioteconomia e Ciência da Informação.Knowledge domains like cancer require technological solutions that make possible to organize and to deal with the volume of data, which exponentially increases insofar as research about the disease are developed. Ontologies are an alternative to the creation of models of reality in Biomedicine. The present work approaches the ontological theories applied to the construction of knowledge organization systems in biomedicine. In this context, a relevant issue is the lack of a methodic way of creating definitions for formal ontologies. The goal of this work is to established general principles to systematize the process of creating definitions suitable to be used in biomedical ontologies. In order to accomplish this, we developed part of an ontology in the domain of human blood; we created a list of basic principles that make possible a methodic creation of definitions; and, finally, we tested our basic principles in defining real biomedical entities related to human blood, specifically about leukemia. Our findings suggest that definitions for biomedical entities are generally created using a myriad criteria, which not always meet the good practices of building ontologies. After the test of our list of principles in real biomedical entities, we realized that some principles should be reviewed and improved in order that they can be properly applied in other sorts of biomedical ontologies, as well as other ontologies of the cancer domain. The main issues found in defining leukemia were circularity and lack of tangibility. The inherent complexity in diagnosing leukemia hampered the seek for the essence of classes. Creating definitions within the leukemia domain proved to be a hard and time-consuming task, which needs the participation of domain experts. We hope we can contribute in approaching open issues found in research fields so different as Biomedicine, Semantic Web, Librarianship, and Information Science.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGCiência da InformaçãoOntologias (Recuperação da informação)BiomedicinaLeucemiaDefinições formaisOntologias BiomédicasSistemas de Organização do ConhecimentoLeucemiaSistematização do processo de criação de definições formais em ontologias biomédicas: uma investigação no domínio das leucemias mieloides agudasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALamanda.pdfapplication/pdf2793747https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-AANE6D/1/amanda.pdfb0bd48d2e7a4d955343f90d4ef35be3aMD51TEXTamanda.pdf.txtamanda.pdf.txtExtracted texttext/plain469637https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-AANE6D/2/amanda.pdf.txtaf0d238e8b3da007c245fdabbb803fe8MD521843/BUBD-AANE6D2019-11-14 07:12:53.473oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUBD-AANE6DRepositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2019-11-14T10:12:53Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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