Remontagem de Genomas: uma Avaliação das Técnicas de novo e por Comparação

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Sousa Júnior, Sérgio Ronaldo Alves de
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMS
Texto Completo: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/1660
Resumo: As técnicas de sequenciamento de nova geração são alternativas ao método Sanger de sequenciamento. Essas técnicas produzem um grande volume de reads por ciclo de execução. Muitas vezes, esses reads precisam ser remontados seguindo alguma técnica de remontagem a m de se obter um genoma completo. Abordamos neste trabalho as técnicas de remontagem de novo e remontagem por comparação, avaliando os resultados produzidos por ambas. Como a anotação de um genoma e um processo que depende da remontagem do genoma, deve ser criteriosa a escolha de uma ferramenta para tal m.
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spelling 2012-11-16T11:42:41Z2021-09-30T19:56:23Z2012https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/1660As técnicas de sequenciamento de nova geração são alternativas ao método Sanger de sequenciamento. Essas técnicas produzem um grande volume de reads por ciclo de execução. Muitas vezes, esses reads precisam ser remontados seguindo alguma técnica de remontagem a m de se obter um genoma completo. Abordamos neste trabalho as técnicas de remontagem de novo e remontagem por comparação, avaliando os resultados produzidos por ambas. Como a anotação de um genoma e um processo que depende da remontagem do genoma, deve ser criteriosa a escolha de uma ferramenta para tal m.The Next-Generation Sequencing techniques are an approach for reads assembly and differs from Sanger method. Those techniques produces a big amount of reads per execution. In many occasions, those reads must be assembled to form a whole genome. We give an approach about Comparative-Assembling and de novo Assembling in this project. Besides, we compare the results from both assembly techniques. Its important to follow some rules on choosing a software to assembly reads, giving the important of this step to determine a whole genome.porGenoma - processamento de dadosGenomes - data processingSequenciamento de NucleotídeoNucleotide SequenceCódigo GenéticoGenetic CodeBioinformáticaBioinformaticsBiologia Molecular - processamento de dadosMolecular Biology - data processingRemontagem de Genomas: uma Avaliação das Técnicas de novo e por Comparaçãoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisCheung, Luciana MonteraSousa Júnior, Sérgio Ronaldo Alves deinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMSinstname:Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)instacron:UFMSTHUMBNAILSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdf.jpgSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg957https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1660/4/Sergio%20Ronaldo%20Alves%20de%20Sousa%20Junior.pdf.jpg5236f38619ae77f31ba8d1a45e2e1cb7MD54ORIGINALSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdfSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdfapplication/pdf2872402https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1660/1/Sergio%20Ronaldo%20Alves%20de%20Sousa%20Junior.pdf2b5bc3cdc2d6056d1deb63e239e01cd0MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1660/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdf.txtSergio Ronaldo Alves de Sousa Junior.pdf.txtExtracted texttext/plain0https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1660/3/Sergio%20Ronaldo%20Alves%20de%20Sousa%20Junior.pdf.txtd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53123456789/16602021-09-30 15:56:23.606oai:repositorio.ufms.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufms.br/oai/requestri.prograd@ufms.bropendoar:21242021-09-30T19:56:23Repositório Institucional da UFMS - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)false
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