Análise da filogeografia e história demográfica da forma recombinante CRF31_BC do HIV-1 no Brasil

• Autor(a) principal: Fritsch, Hegger Machado
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/149605
• topic: HIV; Dispersão; Vírus; Recombinacao genetica; Epidemiologia

A situação epidemiológica da epidemia de HIV-1 da região Sul do Brasil é peculiar: além de apresentar as maiores taxas de incidência e mortalidade, no sul do país, há alta frequência de subtipo C co-circulando com o subtipo B, o que por sua vez levou a origem da forma recombinante CRF31_BC. Recentemente, essa forma recombinante, antes descrita apenas em Porto Alegre, foi identificada em cidades do interior e em outros estados brasileiros, sugerindo um processo de expansão. Em vista destes novos dados, investigações que visem descrever cidade de origem, rotas de dispersão e história demográfica da epidemia da CRF31_BC fazem-se necessários. O dataset analisado aqui foi composto de sequencias disponíveis em bancos de dados públicos e de sequências novas geradas a partir de uma amostragem em cidades do interior do RS e SC. O padrão de recombinação analisado por Bootscanning e confirmado por inferência filogenética. Árvores em escala de tempo foram inferidas por análise Bayesiana, no programa BEAST, utilizando-se os modelos Bayesian Skyline, GTR+G4+I e relógio molecular relaxado não correlacionado. Para realizar as análises demográficas foi testado o melhor modelo de crescimento populacional e as análises filogeográficas foram executadas utilizando-se o modelo de transição assimétrico com BSSVS. Nossas análises reconstruíram a origem da CRF31_BC para o ano de 1985 (1978-1989 95%HPD), muito provavelmente na cidade de Porto Alegre. As análises filogeográficas indicaram Porto Alegre como centro de dispersão da CRF31_BC para o interior do estado, bem como para outros estados brasileiros. Foi possível observar também que algumas cidades já apresentam epidemias autossustentadas. Esta forma recombinante tem seu crescimento descrito pelo modelo logístico, com um aumento exponencial nos primeiros 7,5 anos de epidemia e estabilização do crescimento a partir de 1992. O presente estudo destaca o papel de Porto Alegre como local de origem da forma recombinante CRF31_BC e no processo de disseminação dessa variante do HIV-1 pelo Brasil. Estudos anteriores já haviam reportado Porto Alegre como centro de dispersão do subtipo C pelo Brasil, o que juntamente com nossos resultados destaca a importância do monitoramento da epidemia do HIV-1 nesta cidade e do desenvolvimento de políticas de saúde pública para diminuir a incidência de Aids.