Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2007 |
Outros Autores: | , , , , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRGS |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10183/20551 |
Resumo: | Salmonella (S.) Enteritidis tem sido uma das bactérias mais implicadas em casos de infecções alimentares, sendo a investigação de sua epidemiologia realizada por diferentes métodos fenotípicos e genotípicos. Dentre as técnicas de tipificação de bactérias, a técnica de single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SE-AFLP) é um dos métodos mais recentemente descritos, apresentando boa confiabilidade e fácil aplicação. No presente trabalho, a SE-AFLP foi comparada com as técnicas fenotípicas de fagotipificação (PT) e determinação da sensibilidade a antimicrobianos (DSA) e genotípicas de rep-PCR (seqüências repetitivas REP, ERIC e BOX) e detecção de genes de virulência (genes spvR e spvC). Foram analisadas 20 amostras de S. Enteritidis, sendo onze isoladas de suínos da Região Sul do Brasil e nove amostras oriundas de outros países. A caracterização destas amostras pelas técnicas de PT, DSA, presença de genes de virulência e rep-PCR foi descrita em um trabalho anterior. O poder discriminatório obtido pelas técnicas foi calculado pelo índice de diversidade de Simpson (D). A SE-AFLP encontrou um número maior de perfis e obteve uma maior capacidade discriminatória do que as outras técnicas genotípicas, embora seu D tenha sido menor do que o das técnicas fenotípicas. Desta forma, ficou demonstrada a importância da utilização conjunta de técnicas fenotípicas e genotípicas na caracterização de amostras de S. Enteritidis. |
id |
UFRGS-2_f540f1996cd8add35a9e87506f4369be |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.lume.ufrgs.br:10183/20551 |
network_acronym_str |
UFRGS-2 |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFRGS |
repository_id_str |
|
spelling |
Streck, André FelipeVaz, Clarissa Silveira LuizMarks, Fernanda SimoneOliveira, Sílvia Dias deCardoso, Marisa Ribeiro de ItapemaCanal, Cláudio Wageck2010-04-16T09:15:26Z20071678-0345http://hdl.handle.net/10183/20551000632643Salmonella (S.) Enteritidis tem sido uma das bactérias mais implicadas em casos de infecções alimentares, sendo a investigação de sua epidemiologia realizada por diferentes métodos fenotípicos e genotípicos. Dentre as técnicas de tipificação de bactérias, a técnica de single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SE-AFLP) é um dos métodos mais recentemente descritos, apresentando boa confiabilidade e fácil aplicação. No presente trabalho, a SE-AFLP foi comparada com as técnicas fenotípicas de fagotipificação (PT) e determinação da sensibilidade a antimicrobianos (DSA) e genotípicas de rep-PCR (seqüências repetitivas REP, ERIC e BOX) e detecção de genes de virulência (genes spvR e spvC). Foram analisadas 20 amostras de S. Enteritidis, sendo onze isoladas de suínos da Região Sul do Brasil e nove amostras oriundas de outros países. A caracterização destas amostras pelas técnicas de PT, DSA, presença de genes de virulência e rep-PCR foi descrita em um trabalho anterior. O poder discriminatório obtido pelas técnicas foi calculado pelo índice de diversidade de Simpson (D). A SE-AFLP encontrou um número maior de perfis e obteve uma maior capacidade discriminatória do que as outras técnicas genotípicas, embora seu D tenha sido menor do que o das técnicas fenotípicas. Desta forma, ficou demonstrada a importância da utilização conjunta de técnicas fenotípicas e genotípicas na caracterização de amostras de S. Enteritidis.Salmonella (S.) Enteritidis is one of the most reported bacteria in outbreaks of food borne disease and its epidemiology has been investigated by different phenotyping and genotyping based methods. Fingerprinting by SE-AFLP is one of the most recent methods, presenting easy application and reproducibility. In the present study, the SE-AFLP method was compared with two phenotyping techniques; phage typing (PT) and antimicrobial susceptibility (DSA) and two genotyping techniques; rep- PCR (repetitive sequences REP, ERIC and BOX) and detection of virulence genes (genes spvR and spvC). For these, 20 samples were analyzed, being eleven of swine origin from the Southern Region of Brazil and nine samples from other countries. The techniques of phage typing, DSA, presence of virulence genes and rep-PCR were performed in a previous study. For the accomplishment of the SE-AFLP, the technique was performed using the restriction enzyme Hind III. The discriminatory power obtained by the techniques was calculated by the Simpson’s index of diversity (D). Between the genotypic based techniques, the SEAFLP evidenced a higher number of profiles and obtained a best discriminatory capacity. However, the D was lower than both phenotypic based techniques. The results evidenced the importance of the combined use of phenotypic and genotypic techniques for Salmonella Enteritidis typing.application/pdfporActa scientiae veterinariae. Porto Alegre, RS. Vol. 35, n. 1 (2007), p. 73-78Salmonella enteritidisSuínos : Rio Grande do SulGenotiposFenótipoSE-AFLPGenotypingSwineEpidemiologyAnálise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicasComparison of the discriminatory power of SE-AFLP for Salmonella Enteritidis with other phenotypic and genotypic techniques info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/otherinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000632643.pdf000632643.pdfTexto completoapplication/pdf75065http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/1/000632643.pdf1be9ed91182530adbfe285533cc9301eMD51TEXT000632643.pdf.txt000632643.pdf.txtExtracted Texttext/plain27661http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/2/000632643.pdf.txt05a8d1975e38a7c9af8ad21b840c3568MD52THUMBNAIL000632643.pdf.jpg000632643.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1864http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/3/000632643.pdf.jpg37a729bd4fd619236f68f614dfe3c20bMD5310183/205512018-10-11 09:23:01.654oai:www.lume.ufrgs.br:10183/20551Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2018-10-11T12:23:01Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
dc.title.alternative.en.fl_str_mv |
Comparison of the discriminatory power of SE-AFLP for Salmonella Enteritidis with other phenotypic and genotypic techniques |
title |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
spellingShingle |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas Streck, André Felipe Salmonella enteritidis Suínos : Rio Grande do Sul Genotipos Fenótipo SE-AFLP Genotyping Swine Epidemiology |
title_short |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
title_full |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
title_fullStr |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
title_full_unstemmed |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
title_sort |
Análise do poder discriminatório da SE-AFLP para Salmonella enteritidis frente a outras técnicas fenotípicas e genotípicas |
author |
Streck, André Felipe |
author_facet |
Streck, André Felipe Vaz, Clarissa Silveira Luiz Marks, Fernanda Simone Oliveira, Sílvia Dias de Cardoso, Marisa Ribeiro de Itapema Canal, Cláudio Wageck |
author_role |
author |
author2 |
Vaz, Clarissa Silveira Luiz Marks, Fernanda Simone Oliveira, Sílvia Dias de Cardoso, Marisa Ribeiro de Itapema Canal, Cláudio Wageck |
author2_role |
author author author author author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Streck, André Felipe Vaz, Clarissa Silveira Luiz Marks, Fernanda Simone Oliveira, Sílvia Dias de Cardoso, Marisa Ribeiro de Itapema Canal, Cláudio Wageck |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Salmonella enteritidis Suínos : Rio Grande do Sul Genotipos Fenótipo |
topic |
Salmonella enteritidis Suínos : Rio Grande do Sul Genotipos Fenótipo SE-AFLP Genotyping Swine Epidemiology |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
SE-AFLP Genotyping Swine Epidemiology |
description |
Salmonella (S.) Enteritidis tem sido uma das bactérias mais implicadas em casos de infecções alimentares, sendo a investigação de sua epidemiologia realizada por diferentes métodos fenotípicos e genotípicos. Dentre as técnicas de tipificação de bactérias, a técnica de single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SE-AFLP) é um dos métodos mais recentemente descritos, apresentando boa confiabilidade e fácil aplicação. No presente trabalho, a SE-AFLP foi comparada com as técnicas fenotípicas de fagotipificação (PT) e determinação da sensibilidade a antimicrobianos (DSA) e genotípicas de rep-PCR (seqüências repetitivas REP, ERIC e BOX) e detecção de genes de virulência (genes spvR e spvC). Foram analisadas 20 amostras de S. Enteritidis, sendo onze isoladas de suínos da Região Sul do Brasil e nove amostras oriundas de outros países. A caracterização destas amostras pelas técnicas de PT, DSA, presença de genes de virulência e rep-PCR foi descrita em um trabalho anterior. O poder discriminatório obtido pelas técnicas foi calculado pelo índice de diversidade de Simpson (D). A SE-AFLP encontrou um número maior de perfis e obteve uma maior capacidade discriminatória do que as outras técnicas genotípicas, embora seu D tenha sido menor do que o das técnicas fenotípicas. Desta forma, ficou demonstrada a importância da utilização conjunta de técnicas fenotípicas e genotípicas na caracterização de amostras de S. Enteritidis. |
publishDate |
2007 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2007 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2010-04-16T09:15:26Z |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/other |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10183/20551 |
dc.identifier.issn.pt_BR.fl_str_mv |
1678-0345 |
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv |
000632643 |
identifier_str_mv |
1678-0345 000632643 |
url |
http://hdl.handle.net/10183/20551 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.ispartof.pt_BR.fl_str_mv |
Acta scientiae veterinariae. Porto Alegre, RS. Vol. 35, n. 1 (2007), p. 73-78 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFRGS instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) instacron:UFRGS |
instname_str |
Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
instacron_str |
UFRGS |
institution |
UFRGS |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFRGS |
collection |
Repositório Institucional da UFRGS |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/1/000632643.pdf http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/2/000632643.pdf.txt http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/20551/3/000632643.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
1be9ed91182530adbfe285533cc9301e 05a8d1975e38a7c9af8ad21b840c3568 37a729bd4fd619236f68f614dfe3c20b |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1792790149891883008 |