Caracterização molecular do genoma completo do vírus da hepatite D e genotipagem de estirpes circulantes no Brasil
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRJ |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11422/18205 |
Resumo: | O vírus da hepatite D (HDV) é um vírus defectivo dependente do vírus da hepatite B (HBV) para realizar seu ciclo replicativo. A infecção HBV-HDV pode ocorrer simultaneamente (coinfecção), ou quando um portador crônico do HBV é infectado posteriormente com o HDV (superinfecção). A superinfecção é a forma mais grave de hepatite viral crônica, devido a sua rápida progressão para cirrose e hepatocarcinoma e, consequentemente, ao alto risco de óbito. A divisão genotípica do HDV ainda não é um consenso entre os pesquisadores e novas propostas de classificação vêm surgindo à medida que novos dados genômicos são disponibilizados na literatura. Atualmente, o HDV é dividido em 8 genótipos, que possuem distintas distribuições geográficas ao redor do mundo. No Brasil prevalecem os genótipos 1 e 3, porém, estudos que abordam o genoma completo de variantes circulantes no Brasil são escassos, o que gera dificuldades na vigilância epidemiológica do HDV no país. Dessa forma, o presente estudo busca compreender a variabilidade genética viral e contribuir com novos dados de epidemiologia molecular do HDV no Brasil. Para isso, foram selecionadas 40 amostras de soro reagentes para o anticorpo anti-HDV, obtidas no Brasil entre 2013 e 2015. Dessas 40 amostras, 11 tiveram o RNA do HDV detectado e extraído para a amplificação por RT-PCR de dois fragmentos sobrepostos, a fim de cobrir o genoma viral completo. Os produtos amplificados foram submetidos ao sequenciamento nucleotídico pelo método de Sanger, seguido de análise filogenética. As análises filogenéticas indicaram a presença de 3 genótipos do HDV, sendo o HDV-3, considerado endêmico na região Norte do país, encontrado na maioria das amostras (9/11; 81,8%). As outras duas amostras foram classificadas nos genótipos 5 (1/11; 9,1%) e 8 (1/11; 9,1%), geralmente de circulação restrita ao continente africano. Tais genótipos, tendo sido raramente reportados no Brasil, demonstram a importância da contínua vigilância epidemiológica para o monitoramento das variantes virais e o alto potencial de disseminação do HDV pelo país. |
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Para isso, foram selecionadas 40 amostras de soro reagentes para o anticorpo anti-HDV, obtidas no Brasil entre 2013 e 2015. Dessas 40 amostras, 11 tiveram o RNA do HDV detectado e extraído para a amplificação por RT-PCR de dois fragmentos sobrepostos, a fim de cobrir o genoma viral completo. Os produtos amplificados foram submetidos ao sequenciamento nucleotídico pelo método de Sanger, seguido de análise filogenética. As análises filogenéticas indicaram a presença de 3 genótipos do HDV, sendo o HDV-3, considerado endêmico na região Norte do país, encontrado na maioria das amostras (9/11; 81,8%). As outras duas amostras foram classificadas nos genótipos 5 (1/11; 9,1%) e 8 (1/11; 9,1%), geralmente de circulação restrita ao continente africano. Tais genótipos, tendo sido raramente reportados no Brasil, demonstram a importância da contínua vigilância epidemiológica para o monitoramento das variantes virais e o alto potencial de disseminação do HDV pelo país.porUniversidade Federal do Rio de JaneiroUFRJBrasilInstituto de Microbiologia Paulo de GóesCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIAVírus delta da hepatiteMonitoramento epidemiológicoSequenciamento completo do genomaHepatitis delta virusEpidemiological monitoringWhole genome sequencingCaracterização molecular do genoma completo do vírus da hepatite D e genotipagem de estirpes circulantes no Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisabertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRJinstname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)instacron:UFRJLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81853http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/18205/2/license.txtdd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255MD52ORIGINALGVSantos.pdfGVSantos.pdfapplication/pdf1270612http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/18205/1/GVSantos.pdfbf9344230099c839aabd57274bba90feMD5111422/182052023-11-30 00:05:07.499oai:pantheon.ufrj.br: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Repositório de PublicaçõesPUBhttp://www.pantheon.ufrj.br/oai/requestopendoar:2023-11-30T03:05:07Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)false |
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