Análise de enriquecimento de genes obtidos por RNA-seq de infectados por Vírus Zika e Chikungunya: uma abordagem acerca da assinatura biológica no hospedeiro

• Autor(a) principal: Araujo, Washington Candeia de
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/35773
• topic: Genética - Genética Humana e Médica; síndrome de Guillain-Barré; sequencimento de nova geração; transcriptoma; Next Generation Sequencing; Guillain-Barré syndrome; transcriptomics

Atualmente, diversas ferramentas computacionais têm sido utilizadas em análises biomédicas de dados genômicos provenientes de doenças complexas e infecciosas, com vistas ao incremento em velocidade e performance computacional, além de acurácia analítica, com vistas à resolutividade clínica. Neste sentido, os recentes surtos de infecção por vírus Zika (ZIKV) eleveram a importância do reconhecimento desta síndrome como um agudo caso de saúde pública, tendo seu estudo importância primordial para este fim. Desta forma, foram utilizados dados de infectados por ZIKV durante surto de 2015; Síndrome de Guillain-Barré, cujo processo inflamatório em nervos periféricos pode ser originado por infecções virais, incluindo ZIKV. Análises valeram-se de dados advindos de sequenciamento de alta performance (High Throughput Sequencing), em que transcriptômica utilizando NGS (RNA-seq) foram utilizados em indivíduos recuperados de infecção por ZIKV, aqueles que desenvolveram síndrome de Guillain-Barré devido à infecção por ZIKV, além de infectados por vírus chikungunya (CHIKV). Com vistas a identificar assinaturas biológicas em vias, genes e processos biológicos, além de diferenciar fenótipos do hospedeiro sob influência destas diferentes infecções, utilizou-se metodologia de enriquecimento funcional de genes conhecida por Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Os resultados indicam que vias de desenvolvimento (morfogênese do olho, movimento ciliar), vias ligadas à inflamação e sistema imune inato, além de vias de transmissão sináptica, estão sobrerreguladas (upregulated) recuperados de GBS. O mesmo é indicado para recuperados por ZIKV, 400 dias após infecção. Em relação à doentes GBS é possível observar vias de ciclo celular e neurogênese como sobrerreguladas, com mitofagia e maturação neuronal em nível menor (downregulated), indicando que os recuperados de GBS tendem a recuperar as funções normais diminuindo a expressão de genes destas vias. Em relação à CHIKV, vias ligas à regulação do sistema imune inato (principalmente ligados ao reconhecimento de RNA viral), ciclo celular, respostas de defesa do hospedeiro etc estão sobrerreguldas. Já aquelas vias ligadas à vias biossintéticas, produção de ribossomos, e sinalização celular durante processos inflamatórios estão com nível de expressão mais baixo (downregulated), indicando processos celulares que levam à normalidade e correção de processos modifição durante a infecção por estes vírus.