Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Borges, Caroline Rigotto
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/93008
Resumo: Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009.
id UFSC_42eff1cf62b37b777c6cd93ff6b52032
oai_identifier_str oai:repositorio.ufsc.br:123456789/93008
network_acronym_str UFSC
network_name_str Repositório Institucional da UFSC
repository_id_str 2373
spelling Universidade Federal de Santa CatarinaBorges, Caroline RigottoBarardi, Celia Regina MonteSimões, Cláudia Maria Oliveira2012-10-24T15:09:53Z2012-10-24T15:09:53Z2012-10-24T15:09:53Z274094http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/93008Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009.Os vírus entéricos humanos são importantes causas de enfermidades veiculadas através da água. Atualmente, em termos de legislação brasileira, apenas a contagem do número de coliformes é utilizada para determinar a segurança microbiológica de águas tratadas e não tratadas. Os vírus presentes no meio ambiente são, na sua maioria, não adaptados ao cultivo in vitro, tornando-se necessário o desenvolvimento e implementação de métodos que possibilitem a adoção de medidas preventivas para controle de contaminação viral. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram (I) padronizar e estabelecer metodologias de concentração, detecção, quantificação e viabilidade viral no ambiente aquático; (II) realizar a pesquisa de adenovírus humanos (HAdV), norovírus (NoV) genogrupos GI e GII, rotavírus humanos genogrupo A (RV-A) e vírus da hepatite A (HAV) em águas ambientais e ostras de cultivo durante o período de um ano e (III) avaliar por ensaio de placa de lise a sobrevivência de HAdV infecciosos sorotipos 2 e 41 em águas de superfície e subterrâneas. No estudo de padronização dos métodos foram utilizados como modelos os HAdV e HAV inoculados em águas: destilada, de esgoto tratado, do mar e da lagoa. A melhor eficiência de recuperação viral (100%) foi obtida quando as matrizes de água destilada e de esgoto tratado foram utilizadas. A menor eficiência (10%) foi encontrada para a água do mar. No estudo de campo, águas foram coletadas de 8 locais de Florianópolis, Santa Catarina e ostras (Crassostrea gigas) de duas fazendas de cultivo (norte e sul da Ilha) foram também avaliadas no mesmo período. Os resultados de detecção de genomas virais foram HAdV: 75% (esgoto tratado); 64,2% (águas ambientais); 87,5% (ostras); RV-A: 41,6% (esgoto tratado); 19% (águas ambientais); 8,3% (ostras); HAV: 25% (esgoto tratado); 8,3% (águas ambientais); ausência nas ostras; NoV: 50% (esgoto tratado); 19% (águas ambientais); ausência nas ostras. No estudo de viabilidade viral por PCR integrado a cultura celular (ICC-PCR), confirmou-se positividade de HAdV em: 66,6% (esgoto tratado); 83,8% (águas ambientais); de RV-A: ausência em esgoto tratado e 12,5% (águas ambientais); de HAV: 66,6% (esgoto tratado) e ausência nas águas ambientais. Por PCR quantitativo o número de genomas (gc) de NoV nas águas foram médias de 1,8 x 102 (GI) e 1,0 x 103 gc/L (GII) em esgoto tratado e de 1,1 x 102 (GI) e 8,1 x 103 gc/L (GII) nas águas ambientais. Para HAdV obteve-se médias de: 9,8 x 104 (esgoto tratado); 9,8 x 106 gc/L (águas ambientais) e de 9,1 x 104 (ostras sul da ilha) e 1,5 x 105 gc/g (ostras norte da ilha). Os resultados obtidos indicam uma maior prevalência de HAdV no ambiente aquático, seguido de NoV, RV-A e HAV. No estudo de decaimento de infectividade de HAdV em amostras de água houve uma significativa inativação viral somente ao final das 23 semanas a 19°C para os dois sorotipos de adenovírus testados. Estes resultados demonstram a longa taxa de sobrevivência destes vírus em águas ambientais.Enteric viruses are important cause of gastroenteritis outbreaks transmitted through contaminated water sources. Nowadays, the Brazilian legislation only requires the coliforms counting to determine the microbiologic safety in treated and non treated water. Most viruses present in the aquatic environment are not adaptable to in vitro cultures, becoming necessary to develop and implement methods that could be used in the monitoring and prevention of viral contamination. Therefore, the objectives of this thesis were (I) to standardize and establish methodologies of concentration, detection, quantification and viral viability in the aquatic environment; (II) to access the contamination of human adenovirus (HAdV), norovirus (NoV) genogrups GI e GII, human rotavirus genogrup A (RV-A) and Hepatitis Virus A (HAV) in environmental waters and oysters during one year; (III) to study the survival of infectious HAdV type 2 and 41 in surface and ground waters measured by plaque assay. In the standardization study, HAdV and HAV were used as models and were inoculated in distilled water, treated wastewater, seawater and lagoon water, showing better virus recovery (100%) in distilled water and treated wastewater, and lower recovery (10%) in seawater. In the field study, water samples were collected from 8 sites in Florianopolis, Santa Catarina and oyster samples (Crassostrea gigas) from two oysters' farms (north and south of the Island) were also collected in the same period. The detection results of virus genomes were HAdV: 75% (treated wastewater); 64.2% (environmental waters); 87.5% (oysters); RV-A: 41.6% (treated wastewater); 19% (environmental waters); 8.3% (oysters); HAV: 25% (treated wastewater); 8.3% (environmental waters); absence in oysters; NoV: 50% (treated wastewater); 19% (environmental waters); absence in oysters. In the viability study by integrated cell culture PCR (ICC-PCR), the results confirmed viable HAdV: 66.6% (treated wastewater); 83.3% (environmental waters); RV-A: absence in treated wastewater and 12.5% (environmental waters); HAV: 66.6% (treated wastewater) and absence in environmental waters. By quantitative PCR assays the number of genomes (g.c.) for NoV in waters were averages of 1.8 x 102 (GI) and 1.0 x 103 gc/L (GII) in treated wastewater and 1.1 x 102 (GI) and 8.1 x 103 gc/L (GII) in environmental waters. For HAdV the averages were: 9.8 x 104 (treated wastewater); 9.8 x 106 gc/L (environmental waters) and 9.1 x 104 (oyster farm South) e 1.5 x 105 gc/g (oyster farm North). The surveillance results have shown a higher prevalence of HAdV in the aquatic environment, followed by NoV, RV-A and HAV. In the study of HAdV infectivity decay in water under different temperatures, results showed a significant inactivation only after 23 weeks at 19°C for both HAdV tested. These results have shown a long-term survival of adenoviruses in environmental waters.vii, 125 f.| il., grafs., tabs.porBiotecnologiaReacao em cadeia de polimeraseAgua -QualidadeAdenovirusRotavirusVirusAgua poluida por virusAplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquáticoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSCinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINAL274094.pdfapplication/pdf2621155https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/1/274094.pdfed1393da62ea71d2d47ccd38ff064440MD51TEXT274094.pdf.txt274094.pdf.txtExtracted Texttext/plain221633https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/2/274094.pdf.txtbdecdfe7d48ba7271fa4dd69f3bc0089MD52THUMBNAIL274094.pdf.jpg274094.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg707https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/3/274094.pdf.jpg14a10af8ae324da16cbe97aa1bb8b33aMD53123456789/930082013-04-30 22:45:20.319oai:repositorio.ufsc.br:123456789/93008Repositório de PublicaçõesPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732013-05-01T01:45:20Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
title Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
spellingShingle Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
Borges, Caroline Rigotto
Biotecnologia
Reacao em cadeia de polimerase
Agua -
Qualidade
Adenovirus
Rotavirus
Virus
Agua poluida por virus
title_short Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
title_full Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
title_fullStr Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
title_full_unstemmed Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
title_sort Aplicação de métodos moleculares e de cultivo celular no monitoramento de vírus entéricos no ambiente aquático
author Borges, Caroline Rigotto
author_facet Borges, Caroline Rigotto
author_role author
dc.contributor.pt_BR.fl_str_mv Universidade Federal de Santa Catarina
dc.contributor.author.fl_str_mv Borges, Caroline Rigotto
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Barardi, Celia Regina Monte
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Simões, Cláudia Maria Oliveira
contributor_str_mv Barardi, Celia Regina Monte
Simões, Cláudia Maria Oliveira
dc.subject.classification.pt_BR.fl_str_mv Biotecnologia
Reacao em cadeia de polimerase
Agua -
Qualidade
Adenovirus
Rotavirus
Virus
Agua poluida por virus
topic Biotecnologia
Reacao em cadeia de polimerase
Agua -
Qualidade
Adenovirus
Rotavirus
Virus
Agua poluida por virus
description Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009.
publishDate 2012
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2012-10-24T15:09:53Z
dc.date.available.fl_str_mv 2012-10-24T15:09:53Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2012-10-24T15:09:53Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/93008
dc.identifier.other.pt_BR.fl_str_mv 274094
identifier_str_mv 274094
url http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/93008
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv vii, 125 f.| il., grafs., tabs.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFSC
instname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron:UFSC
instname_str Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron_str UFSC
institution UFSC
reponame_str Repositório Institucional da UFSC
collection Repositório Institucional da UFSC
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/1/274094.pdf
https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/2/274094.pdf.txt
https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/93008/3/274094.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv ed1393da62ea71d2d47ccd38ff064440
bdecdfe7d48ba7271fa4dd69f3bc0089
14a10af8ae324da16cbe97aa1bb8b33a
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1766805410935734272

Registros relacionados