Pedigree reconstruction, relationship and population structure using SNP markers in Gir cattle

• Autor(a) principal: Garcia, Arielly Oliveira
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/30254
• topic: Gir (bovino); Funções Verossimilhança; Paternidade; Animais - População; Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos

Ao longo do tempo, estimativas de valores genéticos e estudos de estrutura e diversidade genética das populações animais têm sido realizadas por métodos tradicionais. Utilizando apenas os registros de pedigree era possível obter informações valiosas sobre o potencial produtivo, a história da população e a diversidade genética. Consequentemente, informações de pedigree incorretas ou incompletas podiam reduzir consideravelmente a acurácia das análises. Atualmente, o uso de marcadores tem permitido a correção de informações contidas no pedigree, além de estimar o parentesco entre os animais de forma mais acurada, inclusive na ausência de pedigree. Estimativas mais acuradas de parâmetros populacionais, como endogamia, desequilíbrio de ligação e tamanho efetivo também são possíveis. Com esses parâmetros podemos avaliar a estrutura populacional e a diversidade genética, orientando estratégias de manejo e acasalamento nos rebanhos e na população como um todo. Nesse contexto, nossos objetivos gerais foram: i. Identificar um conjunto de pelo menos 1000 marcadores SNP, presentes nos principais chips comerciais, que permitam com precisão a atribuição de paternidade na raça Gir; ii. Estimar coeficientes de relacionamento em gado Gir com base em marcadores SNP; iii. Estimar coeficientes de endogamia em animais Gir por meio de corridas de homozigose; 4. Estimar tamanho efetivo da população com base no desequilíbrio de ligação em gado Gir. Nós utilizamos a abordagem da razão de verossimilhança para reconstruir o pedigree do gado Gir, a fim de corrigir eventuais erros de anotação e aprofundar as informações contidas nos registros de pedigree. A abordagem provou ser satisfatória, melhorando a profundidade do pedigree e mostrando que ele é bem estabelecido quanto à informações recentes. Os coeficientes de parentesco nos permitiram avaliar a distribuição dos valores para cada categoria do pedigree reconstruído. A estrutura populacional da raça Gir foi analisada por meio do tamanho efetivo, desequilíbrio de ligação e endogamia baseada em corridas de homozigose (ROH). Em que detectamos uma diminuição no tamanho efetivo, e níveis de endogamia, especialmente aqueles baseados em segmentos curtos de ROH, com valores moderados a altos, sugerindo a presença de gargalos no desenvolvimento da população de gado Gir no Brasil. Por outro lado, uma menor porcentagem de ROH residia nas classes de ROH mais longas. O presente estudo fornece informações importantes que podem ser agregadas ao Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro (PNMGL) para aumentar a acurácia e o volume dos registros, além de auxiliar no desenvolvimento de estratégias de manejo de acasalamento. Palavras-chave: Abordagem de verossimilhança. Análise de paternidade. Parâmetros populacionais. Probabilidade.