DNA barcode dos gêneros Schlotheimia Brid. e Macromitrium Brid. para o Brasil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Valente, Daiane Valente
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: https://repositorio.unb.br/handle/10482/38630
Resumo: Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2020.
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spelling Valente, Daiane ValenteStech, MichaelCâmara, Paulo Eduardo Aguiar Saraiva2020-07-01T14:59:29Z2020-07-01T14:59:29Z2020-07-012020-02-03VALENTE, Daiane Valente. DNA barcode dos gêneros Schlotheimia Brid. e Macromitrium Brid. para o Brasil. 2020. 116 f. Tese (Doutorado em Botânica)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.https://repositorio.unb.br/handle/10482/38630Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2020.DNA Barcoding é um método molecular utilizado para facilitar a identificação de espécies, que consiste em obter sequências curtas de DNA a partir de uma região padronizada do genoma, que atenda aos seguintes critérios: variabilidade genética suficiente a nível das espécies, sequência curta para facilitar a extração e amplificação de DNA e presença de regiões conservadas para o desenvolvimento de primers. Para elaborar uma estratégia de DNA Barcoding para musgos utilizamos dois gêneros da família Orthotrichaceae: (i) Schlotheimia, devido a identificação morfológica das espécies somente ser possível se a planta estiver fértil e (ii) Macromitrium, devido a sua complexidade morfológica, e a falta de conhecimento sobre a real diversidade brasileira desse grupo. Este trabalho teve como objetivo principal elaborar uma estratégia de DNA Barcoding ou ferramenta molecular para identificação das espécies dos gêneros Schlotheimia e Macromitrium, testando 3 marcadores moleculares (trnL-F, trnG-R e ITS) visando à solução de possíveis problemas taxonômicos, contribuindo com dados moleculares para o desenvolvimento futuro de trabalhos em larga escala de DNA Barcoding. Como objetivo secundário, verificar os 64 nomes de Macromitrium citados para o Brasil (20 nomes aceitos e 44 nomes excluídos da flora do Brasil) buscando esclarecer sua validade e identificação correta, contribuindo para o conhecimento da diversidade de espécies de Macromitrium ocorrentes no Brasil. Para DNA Barcoding foram utilizadas 87 sequências para Schlotheimia e 108 para Macromitrium. Para morfologia e filogenia de Macromitrium foram analisados o material typus para 64 espécies e utilizadas 111 sequências de 4 marcadores moleculares (trnL-F, rps4, nad5 e 26S), respectivamente. Foram realizadas análises de máxima parcimônia, máxima verossimilhança, inferência bayesiana, neighbour-joining, Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD) e variação intra e interespecífica. Nossos dados evidenciaram que o gênero Schlotheimia é monofilético. Já o gênero Macromitrium não é um grupo monofilético ocorrendo a formação de três grupos diferentes: MG1 (gênero Macromitrium verdadeiro), MG2 (novo gênero Pseudomacromitrium) e MG3 (novo gênero Aureomacromitrium). O melhor candidato a marcador de DNA Barcoding foi trnG-R devido à sua fácil amplificação, boa qualidade das sequências e capacidade de discriminação das espécies de ambos os gêneros. O marcador nuclear ITS foi fácil de amplificar e apresentou maior variação em relação aos marcadores plastidiais, porém foi difícil de alinhar e apresentou sequências de baixa qualidade devido a trechos de polinucleotídeos ou contaminação por fungos. TrnL-F teve a pior performance entre os marcadores testados, apresentando baixo potencial de discriminação para todos os grupos. Em contrapartida foi um marcador fácil de amplificar, com sequências de boa qualidade. Nossos dados contribuíram para re-circunscrição de Macromitrium, descrição de dois novos gêneros e conhecimento da real diversidade brasileira, onde das 64 espécies listadas para o Brasil, 22% são boas espécies, 53% são sinônimos de outras espécies, 16% são excluídos da flora brasileira e 9% não foram possíveis verificar. Com isso, ocorreu uma redução do número de espécies de 20 para 14, sendo que três dessas são conhecidas somente pelo typus, podendo ter sido extintas. Com relação á Schlotheimia ocorreu redução de 13 para 11 espécies e os dados serviram de base para a revisão taxonômica do gênero, além de ser uma importante ferramenta para a identificação das espécies.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).DNA Barcoding is a molecular method used to facilitate species identification, which consists of obtaining short DNA sequences from a standardized region of the genome that meets the following criteria: sufficient genetic variability at species level, short sequence to facilitate DNA extraction and amplification and presence of conserved regions for primer development. To elaborate a DNA barcoding strategy for mosses use two genera of Orthotrichaceae family: (i) Schlotheimia due to morphological identification of species only be possible if the plant is fertile and (ii) Macromitrium due to the complex morphology and lack of knowledge of the Brazilian real diversity. The main objective of this work was to elaborate a Dna Barcoding strategy or molecular tool for the identification of Schlotheimia and Macromitrium species, testing three molecular markers (trnL-F, trnG-R and ITS) aiming at solving possible taxonomic problems, contributing to molecular data for the future development work in large-scale DNA Barcoding. As a secondary objective, to verify the 64 names of Brazilian Macromitrium (20 accepted names and 44 names excluded from the Brazilian flora) in order to clarify their validity and correct identification, contributing to the knowledge of the diversity of Macromitrium species occurring in Brazil. For DNA barcoding, a sampling of 87 sequences for Schlotheimia and 108 for Macromitrium was used. For morphology and phylogeny of Macromitrium the typus material was analyzed for 64 species and 111 sequences of 4 molecular markers (trnL-F, rps4, nad5 and 26S) were used. Maximum parsimony, maximum likelihood, Bayesian inference, neighbor-joining, Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD) and intra and interspecific variation analyzes were performed. Our data showed that Schlotheimia is monophyletic and Macromitrium not monophyletic, occurred with the formation of three different groups: MG1 (true Macromitrium genus), MG2 (new genus, Pseudomacromitrium) and MG3 (Aureomacromitrium, new monospecific genus). The best candidate for DNA Barcoding marker was trnG-R due to its easy amplification, good sequence quality and species discrimination ability of both genera. The ITS nuclear marker was easy to amplify and showed greater variation than plastid markers, but was difficult to align and presented poor quality sequences due to polynucleotide stretches or fungal contamination. TrnL-F had the worst performance among the markers tested, presenting low discrimination potential for all groups. In contrast, it was an easy-to-amplify marker with good quality sequences. Our data contributed to Macromitrium re-circumscription, description of two new genera and knowledge of the real Brazilian diversity, where of the 64 species listed for Brazil, 22% are good species 53% are synonymous with other species; 16% are excluded from the Brazilian flora, and 9% could not be verified. Thus, there was a reduction in the number of species from 20 to 14, and three of these are known only by typus, and may have been extinct. Regarding to Schlotheimia there was a reduction from 13 to 11 species and the data served as the basis for the taxonomic revision of the genus, besides being an important tool for species identification.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Botânica (IB BOT)Programa de Pós-Graduação em BotânicaA concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessDNA barcode dos gêneros Schlotheimia Brid. e Macromitrium Brid. para o BrasilDNA Barcode of the Genera Schlotheimia Brid. and Macromitrium Brid. to Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisMarcadores molecularesTaxonomiaOrthotrichaceaeMusgosDNADNA - aspectos molecularesporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBORIGINAL2020_DaianeValenteValente.pdf2020_DaianeValenteValente.pdfapplication/pdf4495402http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/38630/1/2020_DaianeValenteValente.pdf9e2c95ead3bda62dc8c661775a7929e9MD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain671http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/38630/2/license.txtbacfee268cc5d4f6aaa2e6e0066d38f5MD52open access10482/386302024-02-06 15:11:37.818open accessoai:repositorio2.unb.br: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Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestopendoar:2024-02-06T18:11:37Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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