Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Oliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-
Data de Publicação: 2001
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147
Resumo: Orientador: Iris Concepcion Linares de Torriani
id UNICAMP-30_2a064fe18a0c0692780065a1c1f25ec4
oai_identifier_str oai::207049
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resoluçãoRaios X - Espalhamento a baixo ânguloRaios X - Métodos de simulaçãoModelos e construção de modelosMacromoléculas - Métodos de simulaçãoMoléculas - Modelos - Simulação por computadorOrientador: Iris Concepcion Linares de TorrianiDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin"Resumo: Neste trabalho apresentamos um estudo sobre a potencialidade do método de espalhamento a baixos ângulos para a reconstrução da estrutura tridimensional de partículas em solução. Neste sentido muitas simulações foram realizadas para testar e avaliar os métodos utilizados. Inicialmente apresento a teoria geral de espalhamento a baixos ângulos por partículas. Posteriormente enfatizo a construção de modelos o que permite relacionarmos a forma da partícula a seu espalhamento e a sua curva de distribuição de distâncias (P(r)). Ao final utilizo estes modelos para avaliar métodos ab initio de reconstrução tridimensional de partículas. Com base nesta avaliação pudemos analisar os resultados de sistemas reais compostos por proteínas em solução. Como veremos pelos resultados, a técnica de SAXS é capaz de fornecer informações conclusivas sobre a forma, anisotropia, simetria e mudanças conformacionais das partículas espalhadoras. Dos métodos utilizados, a otimização por simulated annealing somada a utilização de vínculos adequados no algoritmo, forneceu resultados melhores na aproximação da forma das partículas estudadas do que os obtidos por otimização com algoritmo genético.Abstract: In this work we present a careful study about the potentiality of the small angle scattering technique and the inverse scattering problem ie., the reconstruction of the particle shape directly from the scattering profile. In this way, we made many simulations to test and analyzed various methods. First I show the general scattering theory, emphasizing the scattering from particles. Next I present a model building computing routine that shows the relationship between the scattering profile and the particle shape. Finally, I apply the three-dimensional reconstruction methods to several models in order to evaluate the power of these methods. This calculation served as a basis to analyze real problems like proteins in solution. As we show in the results, the SAXS technique furnishes interesting results like shape, anisotropy, symmetry and conformational changes of the scattering particles. From the ab initio reconstruction methods used, optimization by simulated annealing plus the introduction of adequate constraints gave the best shape approximation when compared to genetic algorithm results.MestradoFísicaMestre em Física[s.n.]Torriani, Iris Concepcion Linares de, 1934-Polikarpov, IgorCastro, Antonio Rubens Britto deUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de Física Gleb WataghinPrograma de Pós-Graduação em FísicaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASOliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-20012001-03-16T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf115 p. : il.(Broch.)https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147OLIVEIRA, Cristiano Luis Pinto de. Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução. 2001. 115 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin", Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147. Acesso em: 14 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/207049porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-11-22T16:31:48Zoai::207049Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-11-22T16:31:48Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
title Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
spellingShingle Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
Oliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-
Raios X - Espalhamento a baixo ângulo
Raios X - Métodos de simulação
Modelos e construção de modelos
Macromoléculas - Métodos de simulação
Moléculas - Modelos - Simulação por computador
title_short Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
title_full Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
title_fullStr Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
title_full_unstemmed Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
title_sort Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
author Oliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-
author_facet Oliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Torriani, Iris Concepcion Linares de, 1934-
Polikarpov, Igor
Castro, Antonio Rubens Britto de
Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Física Gleb Wataghin
Programa de Pós-Graduação em Física
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Oliveira, Cristiano Luis Pinto de, 1975-
dc.subject.por.fl_str_mv Raios X - Espalhamento a baixo ângulo
Raios X - Métodos de simulação
Modelos e construção de modelos
Macromoléculas - Métodos de simulação
Moléculas - Modelos - Simulação por computador
topic Raios X - Espalhamento a baixo ângulo
Raios X - Métodos de simulação
Modelos e construção de modelos
Macromoléculas - Métodos de simulação
Moléculas - Modelos - Simulação por computador
description Orientador: Iris Concepcion Linares de Torriani
publishDate 2001
dc.date.none.fl_str_mv 2001
2001-03-16T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv (Broch.)
https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147
OLIVEIRA, Cristiano Luis Pinto de. Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução. 2001. 115 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin", Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147. Acesso em: 14 mai. 2024.
identifier_str_mv (Broch.)
OLIVEIRA, Cristiano Luis Pinto de. Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução. 2001. 115 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin", Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147. Acesso em: 14 mai. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1590147
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/207049
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
115 p. : il.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1799138356136771584

Registros relacionados