Identificação de grupos e genotipos de rotavirus em amostras fecais de humanos obtidas nos surtos de rotavirose nos anos de 2003 e 2004 na cidade de Campinas, SP

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Martini, Izabel Julien
Data de Publicação: 2007
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607301
Resumo: Orientador: Maria Silvia Viccari Gatti
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spelling Identificação de grupos e genotipos de rotavirus em amostras fecais de humanos obtidas nos surtos de rotavirose nos anos de 2003 e 2004 na cidade de Campinas, SPRotavirus genotypes of group A rotavirus strains circulating in humans in humans in Campinas city, São Paulo, Brazil, 2003-2004RotavírusGenótipoDiarreiaRotavirusesGenotypeDiarrheaOrientador: Maria Silvia Viccari GattiDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: Gastroenterites e diarréias, doenças comuns em humanos, são responsáveis por altas taxas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. Os rotavírus são um dos principais agentes dessas doenças, acometendo principalmente crianças com idade inferior a três anos. Esses vírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, não envelopados e de simetria icosaédrica. Seu genoma é composto por 11 segmentos de RNA dupla fita que podem separar os rotavírus em sete grupos (RV-A a RV-G), dada a migração desses segmentos em eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA). Os RV-A estão mais frequentemente associados a infecções no homem e em outros animais. Os rotavírus apresentam três camadas protéicas concêntricas, com o capsídeo externo contendo a proteína VP4 e a glicoproteína VP7, indutoras de anticorpos neutralizantes. Variações nas seqüências de nucleotídeos dos segmentos genômicos que codificam para essas proteínas diferenciam os rotavírus em genotipos G (VP7) e [P] (VP4). A distribuição desses genótipos é variável nos diferentes países e a utilização da técnica de semi-nested RT-PCR permite a caracterização dos genotipos circulantes, o que é importante para a definição de estratégias vacinais contra esses vírus. O uso de diferentes vacinas contra a rotavirose vem sendo implementado, inclusive no Brasil. Nesse trabalho o objetivo foi caracterizar os genotipos de rotavírus associados a surtos de diarréia em humanos, ocorridos na cidade de Campinas, SP, Brasil, nos anos de 2003 e 2004. Das 328 amostras de fezes estudadas, 98 foram positivas para rotavírus em EGPA, sendo 96 delas RV-A e duas RV-C. Todas as amostras positivas em EGPA para RV-A e outras 96 amostras negativas nesse teste foram submetidas à genotipagem G (G1 a G6 e G8 a G10) e P (P[4] e P[8]). Com os resultados obtidos concluiu-se que a técnica de seminested RT-PCR foi mais sensível na detecção de rotavírus (73,9%) que a EGPA (50,0%) (?2=67,06, valor-p= 0,000 e Kappa= 0,52).Os genotipos de rotavírus mais freqüentes nas amostras coletadas no ano de 2003 (n=38) foram: G1P[8] (38,4%), G3P[8] (15,4%), G5P[8], G9P[8] (7,8%) e G2P[4] (3,9%). Para as amostras enviadas em 2004 (n=290) os genotipos mais freqüentes foram: G3P[8] (18,7%), G9P[8] (13,9%), G1P[8] (8,4%), G5P[8] (6,0%) e G4P[8] (5,4%). A proporção de identificação do genotipo G1P[8] no ano de 2004 foi significativamente maior no ano de 2004 (Z= 3,07; valor-p=0,002). O genotipo emergente G9 foi identificado em 13,5% (n= 26) das amostras estudadas. Infecções mistas com os genotipos G1 e G2, G1 e G8, G2 e G3, G3 e G5 e G5 e G8 foram identificadas em oito amostras de fezes (4,1%). Nas regiões Sul e Sudoeste de Campinas, consideradas como menos favorecidas socio-economicamente, foi verificada maior variabilidade de genotipos circulantes nos dois anos de análise. Os dados obtidos poderão contribuir para a verificação da eficácia da vacina em uso no Brasil contra a rotaviroseAbstract: Gastroenteritis and diarrhea are a important cause of morbidity and mortality worldwide. Rotavirus is the most important etiologic agent of these disorders in infants and young children. These viruses, which form a genus of the Reoviridae family, are icosahedral, non-enveloped and their genome consists of 11 segments of double stranded RNA. When submitted to electrophoresis in polyacrylamide gels the RNAds of rotaviruses classify these viruses into seven groups (RV¿A to RV-G). Group A rotaviruses have been established as the most common cause of severe infections in human and other animals worldwide. The genome of rotaviruses is surrounded by three concentric protein layers. The outer capsid consists of VP4 and VP7 that carry neutralization and protective antigens and allow classification into P and G genotypes, respectively. The VP7 serotype is designated as G serotype (VP7 is a glycoprotein), whereas the VP4 serotype is designated as [P], from protease-sensitive. Many studies have been showed fluctuations in the distribution of rotavirus G-P combinations in many countries, using the seminested RT-PCR. These data, in relation of the circulation of different rotavirus genotypes, are important to establish rotavirus vaccine programs. Since a universal immunization of infants with rotavirus vaccine was introduced in Brazil, it becomes important to characterize rotavirus genotypes associated with diarrhea in humans from Campinas, SP, Brazil, in the years of 2003 and 2004. From 328 faecal samples, 98 were positive to rotavirus in polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE), being 96 of them belonging to group A and two to RV-C. All the positive samples in PAGE for RV-A and another 96 negative samples to this test were submitted to semi-nested RT-PCR for G (G1 to G6 and G8 to G10) and P (P[4] and P[8]) genotypes determination. The results obtained showed that that semi-nested RT-PCR was more sensitive to the detection of rotavirus (73.9%) than the PAGE (50.0%) (?2=67.06, p= 0,000 and Kappa= 0,52). In 2003, in 38 faecal samples analyzed were identified as the genotypes G1P[8] (38.4%), G3P[8] (15.4%), G5P[8] (7.8%), G9P[8] (7.8%) and G2P 4] (3.9%). For the samples sent in 2004 (n=290), the genotypes G3P[8] (18.7%), G9P[8] (13.9%), G1P[8] (8.4%), G5P[8] (6.0%) and G4P[8] (5.4%) were identified. The genotype G1P[8] was identified in a higher proportion in 2004 than in 2003 (Z=3.07; p=0.002). The emergent genotype G9 was detected in 13.5% of the samples studied. Mixed infections, with G1 and G2, G1 and G8, G2 and G3, G3 and G5 and G5 and G8 were identified in eight faecal samples (4.1%). In the regions of South and Southwestern of Campinas, both of them considered as less socio-economically favored, a high variability of genotypes circulating in the two years of the study was verified. With these data will be able to contribute to the verification of the effectiveness of vaccines in use in Brazil against rotavirusesMestradoMicrobiologiaMestre em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Gatti, Maria Silvia Viccari, 1954-Yano, TomomasaGilioli, RovilsonUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASMartini, Izabel Julien2007info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf70f. : il.(Broch.)https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607301MARTINI, Izabel Julien. Identificação de grupos e genotipos de rotavirus em amostras fecais de humanos obtidas nos surtos de rotavirose nos anos de 2003 e 2004 na cidade de Campinas, SP. 2007. 70f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607301. Acesso em: 8 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/427046porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:13:36Zoai::427046Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:13:36Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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