DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Bellafronte, Elisangela
Data de Publicação: 2013
Outros Autores: Mariguela, Tatiane Casagrande, Pereira, Luiz Henrique Garcia, Oliveira, Claudio, Moreira-filho, Orlando
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S1679-62252013000300003
http://hdl.handle.net/11449/109650
Resumo: Nos últimos anos o DNA barcoding surgiu como uma ferramenta rápida, precisa e eficiente para identificar espécies. Considerando a dificuldade na identificação de algumas espécies de Parodontidae da bacia do rio da Prata e da ausência de dados moleculares para o grupo, testamos a eficácia do código de barras de DNA e discutimos a importância do uso de diferentes abordagens para resolver problemas taxonômicos. Oito espécies foram analisadas com sequencias parciais do gene citocromo c oxidase I. A distância genética média K2P intraespecífica foi de 0,04% comparado com 4,2% para distância genética média K2P interespecífica. As análises de distância mostraram dois pares de espécies com divergência genética K2P inferior a 2%, mas o suficiente para separar estas espécies. Apareiodon sp. e A. ibitiensis, consideradas a mesma espécie por alguns autores, mostraram 4,2% de divergência genética, confirmando serem espécies diferentes. Amostras de A. affinis dos rios Uruguai e Paraguai apresentaram 0,3% de divergência genética, indicando um maior grau de relação entre elas, no entanto, esses exemplares divergiram em 6,1% em relação aos exemplares do alto rio Paraná, o que indica que estes últimos representam uma espécie potencialmente nova. Os resultados mostraram a eficácia do método de DNA barcoding na identificação das espécies analisadas, os quais, em conjunto com os dados morfológicos e citogenéticos disponíveis auxiliam na identificação inequívoca das espécies.
id UNSP_0eb18d14186909a55951110b30101d38
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/109650
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problemsApareiodonCOI geneCytogeneticsFish identificationMorphologyNos últimos anos o DNA barcoding surgiu como uma ferramenta rápida, precisa e eficiente para identificar espécies. Considerando a dificuldade na identificação de algumas espécies de Parodontidae da bacia do rio da Prata e da ausência de dados moleculares para o grupo, testamos a eficácia do código de barras de DNA e discutimos a importância do uso de diferentes abordagens para resolver problemas taxonômicos. Oito espécies foram analisadas com sequencias parciais do gene citocromo c oxidase I. A distância genética média K2P intraespecífica foi de 0,04% comparado com 4,2% para distância genética média K2P interespecífica. As análises de distância mostraram dois pares de espécies com divergência genética K2P inferior a 2%, mas o suficiente para separar estas espécies. Apareiodon sp. e A. ibitiensis, consideradas a mesma espécie por alguns autores, mostraram 4,2% de divergência genética, confirmando serem espécies diferentes. Amostras de A. affinis dos rios Uruguai e Paraguai apresentaram 0,3% de divergência genética, indicando um maior grau de relação entre elas, no entanto, esses exemplares divergiram em 6,1% em relação aos exemplares do alto rio Paraná, o que indica que estes últimos representam uma espécie potencialmente nova. Os resultados mostraram a eficácia do método de DNA barcoding na identificação das espécies analisadas, os quais, em conjunto com os dados morfológicos e citogenéticos disponíveis auxiliam na identificação inequívoca das espécies.In the past years, DNA barcoding has emerged as a quick, accurate and efficient tool to identify species. Considering the difficulty in identifying some Parodontidae species from the La Plata basin and the absence of molecular data for the group, we aimed to test the effectiveness of DNA barcoding and discuss the importance of using different approaches to solve taxonomic problems. Eight species were analyzed with partial sequences of Cytochrome c oxidase I. The mean intraspecific K2P genetic distance was 0.04% compared to 4.2% for mean interspecific K2P genetic distance. The analyses of distance showed two pairs of species with K2P genetic divergence lower than 2%, but enough to separate these species. Apareiodon sp. and A. ibitiensis, considered as the same species by some authors, showed 4.2% genetic divergence, reinforcing their are different species. Samples of A. affinis from the Uruguay and Paraguay rivers presented 0.3% genetic divergence, indicating a close relationship between them. However, these samples diverged 6.1% from the samples of the upper Paraná River, indicating that the latter represents a potentially new species. The results showed the effectiveness of the DNA barcoding method in identifying the analyzed species, which, together with the morphological and cytogenetic available data, help species identification.Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renovaveis (IBAMA)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Fundacao Araucaria (Fundacao Araucaria de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico do Estadodo Parana)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Federal de Sao Carlos Departamento de Genetica e EvolucaoUniversidade Estadual Paulista Instituto de Biociencias Departamento de MorfologiaUniversidade Estadual Paulista Instituto de Biociencias Departamento de MorfologiaInstituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renovaveis (IBAMA)10538-1Sociedade Brasileira de IctiologiaUniversidade Federal de São Carlos (UFSCar)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Bellafronte, ElisangelaMariguela, Tatiane CasagrandePereira, Luiz Henrique GarciaOliveira, ClaudioMoreira-filho, Orlando2014-09-30T18:18:32Z2014-09-30T18:18:32Z2013-09-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article497-506application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S1679-62252013000300003Neotropical Ichthyology. Sociedade Brasileira de Ictiologia, v. 11, n. 3, p. 497-506, 2013.1679-6225http://hdl.handle.net/11449/10965010.1590/S1679-62252013000300003S1679-62252013000300497WOS:000326973700003S1679-62252013000300497.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPengNeotropical Ichthyology1.2160,559info:eu-repo/semantics/openAccess2023-11-25T06:13:07Zoai:repositorio.unesp.br:11449/109650Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462023-11-25T06:13:07Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
title DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
spellingShingle DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
Bellafronte, Elisangela
Apareiodon
COI gene
Cytogenetics
Fish identification
Morphology
title_short DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
title_full DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
title_fullStr DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
title_full_unstemmed DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
title_sort DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems
author Bellafronte, Elisangela
author_facet Bellafronte, Elisangela
Mariguela, Tatiane Casagrande
Pereira, Luiz Henrique Garcia
Oliveira, Claudio
Moreira-filho, Orlando
author_role author
author2 Mariguela, Tatiane Casagrande
Pereira, Luiz Henrique Garcia
Oliveira, Claudio
Moreira-filho, Orlando
author2_role author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Carlos (UFSCar)
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Bellafronte, Elisangela
Mariguela, Tatiane Casagrande
Pereira, Luiz Henrique Garcia
Oliveira, Claudio
Moreira-filho, Orlando
dc.subject.por.fl_str_mv Apareiodon
COI gene
Cytogenetics
Fish identification
Morphology
topic Apareiodon
COI gene
Cytogenetics
Fish identification
Morphology
description Nos últimos anos o DNA barcoding surgiu como uma ferramenta rápida, precisa e eficiente para identificar espécies. Considerando a dificuldade na identificação de algumas espécies de Parodontidae da bacia do rio da Prata e da ausência de dados moleculares para o grupo, testamos a eficácia do código de barras de DNA e discutimos a importância do uso de diferentes abordagens para resolver problemas taxonômicos. Oito espécies foram analisadas com sequencias parciais do gene citocromo c oxidase I. A distância genética média K2P intraespecífica foi de 0,04% comparado com 4,2% para distância genética média K2P interespecífica. As análises de distância mostraram dois pares de espécies com divergência genética K2P inferior a 2%, mas o suficiente para separar estas espécies. Apareiodon sp. e A. ibitiensis, consideradas a mesma espécie por alguns autores, mostraram 4,2% de divergência genética, confirmando serem espécies diferentes. Amostras de A. affinis dos rios Uruguai e Paraguai apresentaram 0,3% de divergência genética, indicando um maior grau de relação entre elas, no entanto, esses exemplares divergiram em 6,1% em relação aos exemplares do alto rio Paraná, o que indica que estes últimos representam uma espécie potencialmente nova. Os resultados mostraram a eficácia do método de DNA barcoding na identificação das espécies analisadas, os quais, em conjunto com os dados morfológicos e citogenéticos disponíveis auxiliam na identificação inequívoca das espécies.
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013-09-01
2014-09-30T18:18:32Z
2014-09-30T18:18:32Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://dx.doi.org/10.1590/S1679-62252013000300003
Neotropical Ichthyology. Sociedade Brasileira de Ictiologia, v. 11, n. 3, p. 497-506, 2013.
1679-6225
http://hdl.handle.net/11449/109650
10.1590/S1679-62252013000300003
S1679-62252013000300497
WOS:000326973700003
S1679-62252013000300497.pdf
url http://dx.doi.org/10.1590/S1679-62252013000300003
http://hdl.handle.net/11449/109650
identifier_str_mv Neotropical Ichthyology. Sociedade Brasileira de Ictiologia, v. 11, n. 3, p. 497-506, 2013.
1679-6225
10.1590/S1679-62252013000300003
S1679-62252013000300497
WOS:000326973700003
S1679-62252013000300497.pdf
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv Neotropical Ichthyology
1.216
0,559
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 497-506
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Ictiologia
publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Ictiologia
dc.source.none.fl_str_mv SciELO
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799965061453709312