Estudo do mecanismo de associação e dissociação dos ligantes netropsina e hoechst 33258 frente a diferentes sequências de DNA

• Autor(a) principal: Santos, Luis Andre Baptista dos
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/117620
• topic: Metadinâmica; Netropsina; DNA; Hoechst 33258

Atualmente, grande parte dos fármacos desenvolvidos com propriedades antitumorais tem como alvo molecular o DNA. Estas moléculas são desenvolvidas na maioria das vezes para, a despeito da grande variedade de sequências e conformações possíveis para uma molécula de DNA, interagirem específicamente com uma dada região e/ou sequência do DNA. Um dos objetivos mais desafiadores para o desenvolvimento destes fármacos é compreender como estas moléculas interagem especificamente com seu alvo biológico. Uma vez que estes processos ocorrem em escalas de tempo que ainda não podem ser alcançadas por técnicas de simulação clássicas, como a dinâmica molecular, novas metodologias foram propostas. Um destes métodos foi o proposto por Laio e Parrinello, em 2002, e denominado metadinâmica. A metadinâmica usa um potencial adaptativo em função de uma coordenada relevante ao sistema, permitindo que o sistema evolua para regiões diferentes do mínimo local da superfície de energia livre. Com isso, este trabalho teve como objetivo verificar se a metadinâmica descreveria de forma satisfatória o processo de dissociação e associação da Netropsina, usando como variável coletiva a distância entre o centro de massas destes ligantes ao eixo principal formado pelo DNA. Objetivou-se também verificar se a metadinâmica é capaz de fornecer a variação de energia livre de dissociação do Hoechst 33258 para diferentes sequências de DNA. Os resultados obtidos neste trabalho para a dissociação e associação da Netropsina revelaram uma boa concordancia entre os dados de energia livre experimentais com os obtidos pelo emprego da metadinâmica. O mecanismo de dissociação e associação da Netropsina obtido por metadinâmica revelou grande coerência com o modelo mecanistico proposto na literatura. Uma vez que não foi possível encontrarmos um conjunto de parâmetros adequados para a as simulações de metadinâmica para a dissociação da molécula do Hoechst 33258, não foi possível verificarmos o comportamento da metadinâmica em relação à variação da sequência do DNA.