Desenvolvimento de marcadores SNP para triagem de produtividade de grãos de cultivares brasileiras de arroz

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pantalião, Gabriel Feresin
Data de Publicação: 2020
Outros Autores: Vianello, Rosana Pereira, Bueno, Luíce Gomes, Mendonça, João Antônio, Coelho, Alexandre Siqueira Guedes, Cordeiro, Antônio Carlos Centeno, Valdisser, Paula Arielle, Vieira, Ariadna Faria, Brondani, Claudio
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online)
Texto Completo: https://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26692
Resumo: O objetivo deste trabalho foi identificar e validar marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) relacionados à produtividade de grãos em coleção nuclear de arroz (Oryza sativa). A metodologia de estudos de associação genômica ampla (GWAS) foi aplicada à genotipagem de 541 genótipos por 167.470 SNPs. A produtividade de grãos desses acessos foi estimada por meio da análise conjunta de nove experimentos de campo, realizados em seis estados brasileiros. Quinze SNPs foram significativamente associados à produtividade de grãos e, dos dez SNPs que foram convertidos em ensaios TaqMan, quatro discriminaram os acessos com maior produtividade. Esses marcadores foram utilizados para identificar aceessos de arroz com os alelos favoráveis. Em seguida, os acessos selecionados foram avaliados em experimentos de campo, em ambientes-alvo, para identificar os mais produtivos. Essa triagem reduz o número de acessos avaliados experimentalmente, pois torna possível priorizar aqueles com maior potencial produtivo, o que permite aumentar o número de repetições e, consequentemente, a precisão experimental.
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spelling Desenvolvimento de marcadores SNP para triagem de produtividade de grãos de cultivares brasileiras de arrozDevelopment of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivarsOryza sativa; GWAS; seleção assistida por marcadores; produtividadeOryza sativa; GWAS; marker-assisted selection; productivityO objetivo deste trabalho foi identificar e validar marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) relacionados à produtividade de grãos em coleção nuclear de arroz (Oryza sativa). A metodologia de estudos de associação genômica ampla (GWAS) foi aplicada à genotipagem de 541 genótipos por 167.470 SNPs. A produtividade de grãos desses acessos foi estimada por meio da análise conjunta de nove experimentos de campo, realizados em seis estados brasileiros. Quinze SNPs foram significativamente associados à produtividade de grãos e, dos dez SNPs que foram convertidos em ensaios TaqMan, quatro discriminaram os acessos com maior produtividade. Esses marcadores foram utilizados para identificar aceessos de arroz com os alelos favoráveis. Em seguida, os acessos selecionados foram avaliados em experimentos de campo, em ambientes-alvo, para identificar os mais produtivos. Essa triagem reduz o número de acessos avaliados experimentalmente, pois torna possível priorizar aqueles com maior potencial produtivo, o que permite aumentar o número de repetições e, consequentemente, a precisão experimental.The objective of this work was to identify and validate single-nucleotide polymorphism (SNP) markers related to grain yield in rice (Oryza sativa) core collection. The genome-wide association studies (GWAS) methodology was applied for genotyping of 541 rice accessions by 167,470 SNPs. The grain yield of these accessions was estimated through the joint analysis of nine field experiments carried out in six Brazilian states. Fifteen SNPs were significantly associated with grain yield, and out of the ten SNPs converted to TaqMan assays, four discriminated the most productive accessions. These markers were used for the screening of rice accessions with favorable alleles. The selected accessions were, then, evaluated in field experiments in target environments, in order to select the most productive ones. This screening reduces the number of accessions evaluated experimentally, making it possible to prioritize those with higher productive potential, which allows of the increase of the number of replicates and, consequently, of the experimental accuracy.Pesquisa Agropecuaria BrasileiraPesquisa Agropecuária BrasileiraConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes)Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)Pantalião, Gabriel FeresinVianello, Rosana PereiraBueno, Luíce GomesMendonça, João AntônioCoelho, Alexandre Siqueira GuedesCordeiro, Antônio Carlos CentenoValdisser, Paula ArielleVieira, Ariadna FariaBrondani, Claudio2020-07-02info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26692Pesquisa Agropecuaria Brasileira; V.55, Jan./Dec., 2020: Publicação contínua em volume anual; e01643Pesquisa Agropecuária Brasileira; V.55, Jan./Dec., 2020: Publicação contínua em volume anual; e016431678-39210100-104xreponame:Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online)instname:Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)instacron:EMBRAPAenghttps://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26692/14710https://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/downloadSuppFile/26692/18304Direitos autorais 2020 Pesquisa Agropecuária Brasileirainfo:eu-repo/semantics/openAccess2022-05-18T18:26:38Zoai:ojs.seer.sct.embrapa.br:article/26692Revistahttp://seer.sct.embrapa.br/index.php/pabPRIhttps://old.scielo.br/oai/scielo-oai.phppab@sct.embrapa.br || sct.pab@embrapa.br1678-39210100-204Xopendoar:2022-05-18T18:26:38Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online) - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)false
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