Sequenciação aplicada à microbiologia clínica moderna: pesquisa e identificação de espécies bacterianas multirresistentes de Escherichia coli e Enterococcus spp

• Autor(a) principal: Sabença, Ana Carolina Felisberto
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10348/9688
• topic: Escherichia coli; Enterococcus spp

O intenso uso de antibióticos tanto na medicina humana como na medicina veterinária, contribui para o desenvolvimento e para a disseminação da resistência em distintos grupos de bactérias. Este é um problema de saúde pública global que requer uma abordagem multidisciplinar e holística, pois a resistência bacteriana aos antibióticos está a disseminar-se e a evoluir de forma semelhante em humanos, animais e no meio ambiente. A Organização Mundial de Saúde considera os Enterococcus spp. e Escherichia coli essenciais para monitorizar o nível de resistência aos antibióticos. Estas bactérias podem atuar como reservatório de genes de resistência a antibióticos que podem ser transferidos para outras bactérias patogénicas representando um problema mundial. Alguns genes de resistência estão localizados em plasmídeos sendo rapidamente disseminados para outras espécies bacterianas, incluindo isolados de populações de animais selvagens. Assim, embora os animais selvagens não estejam em contacto direto com antibióticos, são indiretamente afetados pelo uso geral excessivo de antibióticos noutros contextos. Um total de 21 estirpes de Enterococcus spp., isoladas em carne picada, almôndegas e hambúrgueres, assim como um total de 45 estirpes de Enterobacteriaceae, isoladas em animais selvagens, em animais para consumo e em carne, foram selecionadas da nossa coleção de estirpes bacterianas. Estas foram identificadas usando espetrometria de massa tendo sido identificadas 3 espécies diferentes de Enterococcus spp. [E. faecium (n=16), E. gallinarum (n=3) e E. durans (n=2)] e 45 E. coli. Através do método da difusão em agar pela técnica de Kirby-Bauer, interpretado segundo as normas do EUCAST encontraram-se 19 enterococos resistentes à vancomicina (VREs) e estes isolados apresentaram resistência à teicoplanina (84,2%), eritromicina (84,2%) e ampicilina (68,4%). Através da sequenciação do genoma, usando a tecnologia Illumina, foram detetados, mais frequentemente, os genes vanA, erm(B) e aac(6')-Ii. Por outro lado, em E. coli foram detetados 28 isolados produtores de ESBLs que eram resistentes à ampicilina (100%), ticarcilina (100%), piperacilina (100%), cefuroxima (96,4%) e cefotaxima (96,4%). Relativamente aos genes que codificam para ESBLs o mais frequente foi o blaCTX-M-1 que estava, maioritariamente associado ao plasmídeo IncI1. Outros genes foram detetados, contudo aqueles com maior frequência foram os genes tet(A) (64,3%), tetR (64,3%) e sul2 (53,6%). No que respeita o estudo do background genético, foram detetados 17 tipos de MLST diferentes e um total de 41761 SNP. A informação obtida com a sequenciação do genoma completo das bactérias no decorrer deste trabalho foi essencial para melhorar o conhecimento sobre a disseminação de estirpes resistentes nos animais selvagens, nos animais para consumo, assim como, na carne que deles deriva e as possíveis implicações envolvidas na transferência para outros animais ou humanos. Futuramente, e tendo em conta o conceito One Health, podem ser realizados estudos no sentido de investigar a prevalência de bactérias resistentes a antibióticos tanto em seres humanos como em amostras do meio ambiente, possibilitando a identificação das vias de transmissão de bactérias resistentes a antibióticos e dos seus genes de resistência.