Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers

Bibliographic Details
Main Author: MOURA, Elisa Ferreira
Publication Date: 2013
Other Authors: FARIAS NETO, João Tomé de, SAMPAIO, José Edson, SILVA, Diehgo Tuloza da, RAMALHO, Girena Fernandes, https://orcid.org/0000-0002-4295-4676
Format: Article
Language: eng
Source: Repositório Institucional da UFPA
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http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008
Summary: Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.
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spelling 2015-02-20T12:30:32Z2015-02-20T12:30:32Z2013-12MOURA, Elisa Ferreira et al. Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers. Acta Amazonica, Manaus, v. 43, n. 4, p. 461-467, dez. 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008. Disponível em: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319. Acesso em:.1809-4392http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.Duplicates are common in germplasm banks and their identification is needed to facilitate germplasm bank management and to reduce maintenance costs. The aim of this work was to identify duplicates of cassava from a germplasm bank in Eastern Amazon, which had been previously characterized both morphological and agronomically. In order to be genotyped with 15 microsatellite loci, 36 accessions were selected. These accessions were classified into 13 groups of similar morpho-agronomical characteristics. All loci were polymorphic, and 75 alleles were identified, with an average of five alleles per loci and HE = 0.66. There were determined 34 pairs of genotypes with identical multiloci profiles and the probability of genetic identity was 1.1x10-12 with probability of exclusion of 99.9999%. Among these duplicates, there are accessions sampled on different years and places, but with different names and accessions with the same name sampled in different places and years. The study identified genotypes that are grown in different places and that have been maintained over the years by local farmers.FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e PesquisasCNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoEMBRAPA - Empresa Brasileira de Pesquisa AgropecuáriaSILVA, D. T. Universidade Federal do ParáengInstituto Nacional de Pesquisas da AmazôniaINPABrasilActa Amazonicahttp://ref.scielo.org/vxsd5yreponame:Repositório Institucional da UFPAinstname:Universidade Federal do Pará (UFPA)instacron:UFPAManihot esculentaGermoplasmaMarcadores molecularesGermplasmMolecular markersIdentification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markersIdentificação de duplicatas em acessos de mandioca coletados na Região Norte do Brasil por meio de marcadores microssatélitesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article434461467http://lattes.cnpq.br/3333132054799190http://lattes.cnpq.br/3837868873609532http://lattes.cnpq.br/6304141157764577http://lattes.cnpq.br/0935726511720448http://lattes.cnpq.br/3925234807037308MOURA, Elisa FerreiraFARIAS NETO, João Tomé deSAMPAIO, José EdsonSILVA, Diehgo Tuloza daRAMALHO, Girena Fernandeshttps://orcid.org/0000-0002-4295-4676info:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdfArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdfapplication/pdf464520http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/1/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf95f62da1ddb3ac71c36793ade995e078MD51CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/2/license_url4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52license_textlicense_texttext/html; charset=utf-822376http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/3/license_textd4b12fbc55dda86e4a445686ff8a56f3MD53license_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-822190http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/4/license_rdf19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97dMD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81703http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/5/license.txta12ee01655d4f43dacf016d5e6168febMD55TEXTArtigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtArtigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtExtracted texttext/plain29503http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/6/Artigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628cMD56Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtExtracted texttext/plain29503http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/7/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628cMD572011/63192020-02-22 02:25:07.228oai:repositorio.ufpa.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpa.br/oai/requestriufpabc@ufpa.bropendoar:21232020-02-22T05:25:07Repositório Institucional da UFPA - Universidade Federal do Pará (UFPA)false
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