Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers
Main Author: | |
---|---|
Publication Date: | 2013 |
Other Authors: | , , , , |
Format: | Article |
Language: | eng |
Source: | Repositório Institucional da UFPA |
Download full: | http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319 http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008 |
Summary: | Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos. |
id |
UFPA_d8059594e0fced308a8816e34234b6f8 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufpa.br:2011/6319 |
network_acronym_str |
UFPA |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFPA |
repository_id_str |
2123 |
spelling |
2015-02-20T12:30:32Z2015-02-20T12:30:32Z2013-12MOURA, Elisa Ferreira et al. Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers. Acta Amazonica, Manaus, v. 43, n. 4, p. 461-467, dez. 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008. Disponível em: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319. Acesso em:.1809-4392http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.Duplicates are common in germplasm banks and their identification is needed to facilitate germplasm bank management and to reduce maintenance costs. The aim of this work was to identify duplicates of cassava from a germplasm bank in Eastern Amazon, which had been previously characterized both morphological and agronomically. In order to be genotyped with 15 microsatellite loci, 36 accessions were selected. These accessions were classified into 13 groups of similar morpho-agronomical characteristics. All loci were polymorphic, and 75 alleles were identified, with an average of five alleles per loci and HE = 0.66. There were determined 34 pairs of genotypes with identical multiloci profiles and the probability of genetic identity was 1.1x10-12 with probability of exclusion of 99.9999%. Among these duplicates, there are accessions sampled on different years and places, but with different names and accessions with the same name sampled in different places and years. The study identified genotypes that are grown in different places and that have been maintained over the years by local farmers.FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e PesquisasCNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoEMBRAPA - Empresa Brasileira de Pesquisa AgropecuáriaSILVA, D. T. Universidade Federal do ParáengInstituto Nacional de Pesquisas da AmazôniaINPABrasilActa Amazonicahttp://ref.scielo.org/vxsd5yreponame:Repositório Institucional da UFPAinstname:Universidade Federal do Pará (UFPA)instacron:UFPAManihot esculentaGermoplasmaMarcadores molecularesGermplasmMolecular markersIdentification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markersIdentificação de duplicatas em acessos de mandioca coletados na Região Norte do Brasil por meio de marcadores microssatélitesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article434461467http://lattes.cnpq.br/3333132054799190http://lattes.cnpq.br/3837868873609532http://lattes.cnpq.br/6304141157764577http://lattes.cnpq.br/0935726511720448http://lattes.cnpq.br/3925234807037308MOURA, Elisa FerreiraFARIAS NETO, João Tomé deSAMPAIO, José EdsonSILVA, Diehgo Tuloza daRAMALHO, Girena Fernandeshttps://orcid.org/0000-0002-4295-4676info:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdfArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdfapplication/pdf464520http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/1/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf95f62da1ddb3ac71c36793ade995e078MD51CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/2/license_url4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52license_textlicense_texttext/html; charset=utf-822376http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/3/license_textd4b12fbc55dda86e4a445686ff8a56f3MD53license_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-822190http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/4/license_rdf19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97dMD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81703http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/5/license.txta12ee01655d4f43dacf016d5e6168febMD55TEXTArtigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtArtigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtExtracted texttext/plain29503http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/6/Artigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628cMD56Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtArticle_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txtExtracted texttext/plain29503http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/7/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628cMD572011/63192020-02-22 02:25:07.228oai:repositorio.ufpa.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpa.br/oai/requestriufpabc@ufpa.bropendoar:21232020-02-22T05:25:07Repositório Institucional da UFPA - Universidade Federal do Pará (UFPA)false |
dc.title.en.fl_str_mv |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
dc.title.alternative.pt_BR.fl_str_mv |
Identificação de duplicatas em acessos de mandioca coletados na Região Norte do Brasil por meio de marcadores microssatélites |
title |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
spellingShingle |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers MOURA, Elisa Ferreira Manihot esculenta Germoplasma Marcadores moleculares Germplasm Molecular markers |
title_short |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
title_full |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
title_fullStr |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
title_full_unstemmed |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
title_sort |
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers |
author |
MOURA, Elisa Ferreira |
author_facet |
MOURA, Elisa Ferreira FARIAS NETO, João Tomé de SAMPAIO, José Edson SILVA, Diehgo Tuloza da RAMALHO, Girena Fernandes https://orcid.org/0000-0002-4295-4676 |
author_role |
author |
author2 |
FARIAS NETO, João Tomé de SAMPAIO, José Edson SILVA, Diehgo Tuloza da RAMALHO, Girena Fernandes https://orcid.org/0000-0002-4295-4676 |
author2_role |
author author author author author |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/3333132054799190 http://lattes.cnpq.br/3837868873609532 http://lattes.cnpq.br/6304141157764577 http://lattes.cnpq.br/0935726511720448 http://lattes.cnpq.br/3925234807037308 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
MOURA, Elisa Ferreira FARIAS NETO, João Tomé de SAMPAIO, José Edson SILVA, Diehgo Tuloza da RAMALHO, Girena Fernandes https://orcid.org/0000-0002-4295-4676 |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Manihot esculenta Germoplasma Marcadores moleculares |
topic |
Manihot esculenta Germoplasma Marcadores moleculares Germplasm Molecular markers |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Germplasm Molecular markers |
description |
Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos. |
publishDate |
2013 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2013-12 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2015-02-20T12:30:32Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2015-02-20T12:30:32Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
MOURA, Elisa Ferreira et al. Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers. Acta Amazonica, Manaus, v. 43, n. 4, p. 461-467, dez. 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008. Disponível em: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319. Acesso em:. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319 |
dc.identifier.issn.none.fl_str_mv |
1809-4392 |
dc.identifier.doi.none.fl_str_mv |
http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008 |
identifier_str_mv |
MOURA, Elisa Ferreira et al. Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers. Acta Amazonica, Manaus, v. 43, n. 4, p. 461-467, dez. 2013. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008. Disponível em: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319. Acesso em:. 1809-4392 |
url |
http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6319 http://dx.doi.org/10.1590/S0044-59672013000400008 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.ispartof.none.fl_str_mv |
Acta Amazonica |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
INPA |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
publisher.none.fl_str_mv |
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFPA instname:Universidade Federal do Pará (UFPA) instacron:UFPA |
instname_str |
Universidade Federal do Pará (UFPA) |
instacron_str |
UFPA |
institution |
UFPA |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFPA |
collection |
Repositório Institucional da UFPA |
dc.source.uri.none.fl_str_mv |
http://ref.scielo.org/vxsd5y |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/1/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/2/license_url http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/3/license_text http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/4/license_rdf http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/5/license.txt http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/6/Artigo_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/6319/7/Article_IdentificationDuplicatesCassava.pdf.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
95f62da1ddb3ac71c36793ade995e078 4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2f d4b12fbc55dda86e4a445686ff8a56f3 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d a12ee01655d4f43dacf016d5e6168feb 5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628c 5a8f3cac9e4a00f641ec7be0cbe0628c |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFPA - Universidade Federal do Pará (UFPA) |
repository.mail.fl_str_mv |
riufpabc@ufpa.br |
_version_ |
1797787918175043584 |