Caracterização do gene RB1 e da região cromossômica 13q14 em portadores de deleções em RB1, e estudo de associação de polimorfismos do gene CDKN1B em portadores de retinoblastoma

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Freitas, Renata Mendes de
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34578
Resumo: O retinoblastoma se inicia, na grande maioria dos casos, a partir de dois eventos mutacionais no gene RB1 nos retinoblastos. O rastreamento desse gene em portadores da doença e em seus familiares torna-se importante para caracterizar mutações germinativas causadoras da tumorigênese e promover o acompanhamento genético das famílias. Porém, a doença pode ser modulada pela presença de diversos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). No presente estudo foi realizado o rastreamento do gene RB1 em 11 probandos diagnosticados com retinoblastoma através de sequenciamento Sanger e a caracterização genômica, através de PCR em tempo real e array-CGH, de cinco portadores de retinoblastoma com deleção do gene RB1 previamente identificados por Sena (2013), sendo que dois probandos apresentam deleção parcial e três com deleção completa do gene RB1. Foram identificadas duas variantes em regiões exônicas e 18 em regiões intrônicas, sendo seis ainda não descritas (c.848 g>T; c.380+145 T>A; c.1216-28 C>T; c.1389+134 A>T; c.1389+143 C>T; c.1814+72 T>A). Três mutações germinativas identificadas no gene RB1 foram analisadas por modelagem comparativa, para verificar os domínios alterados pelas mutações e correlacioná-las com o comprometimento da funcionalidade da proteína retinoblastoma As mutações do tipo stop códon, que afetam o domínio pocket da proteína, são associadas com a forma bilateral da doença. Uma metodologia em PCR em tempo real foi desenvolvida para dosar o número de cópias gênicas do RB1, SUCLA2 e MED4, localizados na região 13q14, em 5 probandos diagnosticados com retinoblastoma investigados para deleções. Foi detectada a presença de deleções completas e intragênicas no RB1, SUCLA2 e MED4, de forma a validar os resultados obtidos previamente pela técnica de MLPA. Entre os probandos com deleção completa, o tamanho da deleção variou de 12 a 42 Mb. Foi realizada uma revisão sistemática da literatura para investigar associação entre tamanho da deleção do gene RB1 e lateralidade tumoral. Foram incluídos, além do presente estudo, outros 11 estudos, totalizando 112 probandos com deleção parcial ou completa do gene RB1 A forma bilateral da doença foi mais prevalente no grupo de probandos portadores de deleções parciais do gene RB1, quando comparado com probandos com deleção completa (p=0,00007). Em função do pequeno número de estudos disponíveis, não foi possível analisar a correlação entre tamanho da deleção, e a deleção concomitante dos genes adjacentes MED4 e SUCLA2. O polimorfismo rs2066827 no gene CDKN1B, importante regulador do ciclo celular, codificador da proteína p27, foi avaliado em 72 portadores do retinoblastoma como um possível modificador do fenótipo. Não se verificou associação desse SNP como agente de susceptibilidade ao desenvolvimento do retinoblastoma, nem efeito protetor. Observou-se maior proporção do genótipo heterozigótico entre os controles avaliados neste estudo, mas sem significância estatística. As frequências alélicas também não apresentaram associação estatística. Contudo, a comparação da distribuição de genótipos dos 72 probandos analisados com outro grupo controle retirado da população brasileira para o mesmo polimorfismo investigado por Longuini et al. (2014) mostrou diferença significativa (p=0,03).
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Porém, a doença pode ser modulada pela presença de diversos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). No presente estudo foi realizado o rastreamento do gene RB1 em 11 probandos diagnosticados com retinoblastoma através de sequenciamento Sanger e a caracterização genômica, através de PCR em tempo real e array-CGH, de cinco portadores de retinoblastoma com deleção do gene RB1 previamente identificados por Sena (2013), sendo que dois probandos apresentam deleção parcial e três com deleção completa do gene RB1. Foram identificadas duas variantes em regiões exônicas e 18 em regiões intrônicas, sendo seis ainda não descritas (c.848 g>T; c.380+145 T>A; c.1216-28 C>T; c.1389+134 A>T; c.1389+143 C>T; c.1814+72 T>A). Três mutações germinativas identificadas no gene RB1 foram analisadas por modelagem comparativa, para verificar os domínios alterados pelas mutações e correlacioná-las com o comprometimento da funcionalidade da proteína retinoblastoma As mutações do tipo stop códon, que afetam o domínio pocket da proteína, são associadas com a forma bilateral da doença. Uma metodologia em PCR em tempo real foi desenvolvida para dosar o número de cópias gênicas do RB1, SUCLA2 e MED4, localizados na região 13q14, em 5 probandos diagnosticados com retinoblastoma investigados para deleções. Foi detectada a presença de deleções completas e intragênicas no RB1, SUCLA2 e MED4, de forma a validar os resultados obtidos previamente pela técnica de MLPA. Entre os probandos com deleção completa, o tamanho da deleção variou de 12 a 42 Mb. Foi realizada uma revisão sistemática da literatura para investigar associação entre tamanho da deleção do gene RB1 e lateralidade tumoral. 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As frequências alélicas também não apresentaram associação estatística. Contudo, a comparação da distribuição de genótipos dos 72 probandos analisados com outro grupo controle retirado da população brasileira para o mesmo polimorfismo investigado por Longuini et al. (2014) mostrou diferença significativa (p=0,03).Retinoblastoma begins, in the vast majority of cases, from two mutational events in the RB1 gene in retinoblasts. The screening of this gene in patients with the disease and its relatives becomes important to characterize germ mutations that cause tumorigenesis and to promote the genetic follow-up of the families. However, the disease can be modulated by the presence of several single nucleotide polymorphisms (SNPs). In the present study, the RB1 gene was screened in 11 probands diagnosed with retinoblastoma through Sanger sequencing and the genomic characterization, through real-time PCR and array-CGH, of five RB1 deletion retinoblastoma carriers previously identified by Sena (2013), with two probands presenting partial deletion and three with complete deletion of the RB1 gene. Two variants were identified in exonic regions and 18 in intronic regions, of which six were not yet described (c.848 g> T; c.380 + 145 T> A; c.1216-28 C> T; c.1389 + 134 A > T; c.1389 + 143 C> T; c.1814 + 72 T> A). Three germline mutations identified in the RB1 gene were analyzed by comparative modeling to verify the domains altered by the mutations and to correlate them with the impairment of the functionality of the retinoblastoma protein. The stop codon mutations, which affect the pocket domain of the protein, are associated with the bilateral form of the disease A real-time PCR methodology was developed to measure the number of gene copies of RB1, SUCLA2 and MED4, located in the region 13q14, in 5 probands diagnosed with retinoblastoma investigated for deletions. The presence of complete and intragenic deletions was detected in RB1, SUCLA2 and MED4, in order to validate the results previously obtained by the MLPA technique. Among the fully deleted probands, the size of the deletion ranged from 12 to 42 Mb. A systematic review of the literature was conducted to investigate the association between size of the RB1 deletion and tumor laterality. In addition to the present study, 11 other studies were included, totaling 112 probands with partial or complete deletion of the RB1 gene The bilateral form of the disease was more prevalent in the group of probands with partial deletions of the RB1 gene when compared to probands with complete deletion (p = 0.00007). Due to the small number of available studies, it was not possible to analyze the correlation between size of the deletion, and the concomitant deletion of adjacent genes MED4 and SUCLA2. The polymorphism rs2066827 in the CDKN1B gene, an important cell cycle regulator, encoding the p27 protein, was evaluated in 72 retinoblastoma carriers as a possible phenotype modifier. There was no association of this SNP as an agent of susceptibility to the development of retinoblastoma, nor a protective effect. A higher proportion of the heterozygous genotype was observed among the controls evaluated in this study, but without statistical significance. Allele frequencies were also not statistically associated. However, the comparison of genotype distribution of the 72 probands analyzed with another control group from the Brazilian population for the same polymorphism investigated by Longuini et al. (2014) showed a significant difference (p = 0.03).Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porRetinoblastomaDeleção de GenesPolimorfismo GenéticoInibidor de Quinase Dependente de Ciclina p27MutaçãoCaracterização do gene RB1 e da região cromossômica 13q14 em portadores de deleções em RB1, e estudo de associação de polimorfismos do gene CDKN1B em portadores de retinoblastomainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2018Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo CruzRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34578/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALrenata_freitas_ioc_dout_2018(2).pdfapplication/pdf4197989https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34578/2/renata_freitas_ioc_dout_2018%282%29.pdffff0506426cd1b04feae1b02af783c82MD52TEXTrenata_freitas_ioc_dout_2018(2).pdf.txtrenata_freitas_ioc_dout_2018(2).pdf.txtExtracted texttext/plain220686https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34578/3/renata_freitas_ioc_dout_2018%282%29.pdf.txt6ec675a3d697f8d23ebb394f6ec17c6eMD53icict/345782019-08-02 21:15:09.192oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-08-03T00:15:09Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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