Fatores genéticos e epigenéticos associados ao surgimento do carcinoma hepatocelular (HCC)
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53390 |
Resumo: | Em contraste com a maioria das outras neoplasias malignas, o carcinoma hepatocelular (CHC), responsável por aproximadamente 90% dos cânceres primários do fígado, surge quase exclusivamente no contexto de inflamação crônica. Independentemente da etiologia, uma sequência típica de necroinflamação crônica, regeneração hepática compensatória, indução de fibrose hepática e cirrose subsequente muitas vezes precede a hepatocarcinogênese. Tais eventos são fortemente influenciados por fatores de modulação genética e epigenética, por exemplo, presença de polimorfismos e expressão diferencial de microRNAs, respectivamente, deste modo, esta pesquisa teve como objetivo identificar o perfil de expressão de microRNA’s, assim como, criar um classificador baseado em inteligência artificial a partir de polimorfismos associados ao surgimento do Carcinoma Hepatocelular. Para isso amostras de sangue, tecidos tumorais e não tumorais do fígado foram selecionados para análise de polimorfismos genéticos e sequenciamento de nova geração, e posterior, validação por RT-qPCR. Comparamos expressões de microRNA entre áreas hepáticas de CHC e não-neoplásicas. Encontramos que os polimorfismos rs1840680 e rs2305619 no gene PTX3, o -221 no MBL2, rs1800629 no TNF-α e rs2333227 no gene MPO estão associados ao risco de aparecimento de CHC. Além disso, foram construídos algoritmos computacionais de predição do surgimento do CHC, utilizando aprendizado de máquina com acurácia média de 70%. Os microRNAs hsa-miR-26a/b, hsa-let-7a/c e hsa-miR-125a-5p foram encontrados com níveis de expressão maior em CHC, tais microRNAs atuam desregulando vias de controle de ciclo celular, possivelmente potencializando o aparecimento do câncer primário de células hepáticas. Deste modo, propõe-se que genes PTX3, MBL2, TNFα e MPO podem desempenhar funções significativas na evolução do processo fibrótico em pacientes acometidos por esta hepatopatia. No entanto, mais amostras devem ser investigadas para confirmar e compreender seu papel durante o desenvolvimento do carcinoma hepatocelular. |
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Lima, Raul Emídio de.Vasconcelos, Luydson Richardson SilvaSilva, Norma Lucena Cavalcanti Licínio daPaiva, Marcelo Henrique SantosOliveira, Pablo Rafael SilveiraCarmo, Rodrigo Feliciano doVasconcelos, Luydson Richardson SilvaMorais, Clarice Neuenschwander Lins de2022-06-21T16:14:00Z2022-06-21T16:14:00Z2022LIMA, Raul Emídio de.. Fatores genéticos e epigenéticos associados ao surgimento do carcinoma hepatocelular (HCC). 2022. 133 p. Tese, (doutorado)-Instituto Aggeu Magalhães, Fundação Oswaldo Cruz, Recife[sn], 2022.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53390Em contraste com a maioria das outras neoplasias malignas, o carcinoma hepatocelular (CHC), responsável por aproximadamente 90% dos cânceres primários do fígado, surge quase exclusivamente no contexto de inflamação crônica. Independentemente da etiologia, uma sequência típica de necroinflamação crônica, regeneração hepática compensatória, indução de fibrose hepática e cirrose subsequente muitas vezes precede a hepatocarcinogênese. Tais eventos são fortemente influenciados por fatores de modulação genética e epigenética, por exemplo, presença de polimorfismos e expressão diferencial de microRNAs, respectivamente, deste modo, esta pesquisa teve como objetivo identificar o perfil de expressão de microRNA’s, assim como, criar um classificador baseado em inteligência artificial a partir de polimorfismos associados ao surgimento do Carcinoma Hepatocelular. Para isso amostras de sangue, tecidos tumorais e não tumorais do fígado foram selecionados para análise de polimorfismos genéticos e sequenciamento de nova geração, e posterior, validação por RT-qPCR. Comparamos expressões de microRNA entre áreas hepáticas de CHC e não-neoplásicas. Encontramos que os polimorfismos rs1840680 e rs2305619 no gene PTX3, o -221 no MBL2, rs1800629 no TNF-α e rs2333227 no gene MPO estão associados ao risco de aparecimento de CHC. Além disso, foram construídos algoritmos computacionais de predição do surgimento do CHC, utilizando aprendizado de máquina com acurácia média de 70%. Os microRNAs hsa-miR-26a/b, hsa-let-7a/c e hsa-miR-125a-5p foram encontrados com níveis de expressão maior em CHC, tais microRNAs atuam desregulando vias de controle de ciclo celular, possivelmente potencializando o aparecimento do câncer primário de células hepáticas. Deste modo, propõe-se que genes PTX3, MBL2, TNFα e MPO podem desempenhar funções significativas na evolução do processo fibrótico em pacientes acometidos por esta hepatopatia. No entanto, mais amostras devem ser investigadas para confirmar e compreender seu papel durante o desenvolvimento do carcinoma hepatocelular.In contrast to most other malignancies, hepatocellular carcinoma (CHC), responsible for approximately 90% of primary liver cancers, appears almost exclusively in the context of chronic inflammation. Regardless of the etiology, a typical sequence of chronic necroinflammation, compensatory liver regeneration, induction of liver fibrosis, and subsequent cirrhosis often precede hepatocarcinogenesis. Such events are strongly influenced by factors of genetic and epigenetic modulation, for example, the presence of polymorphisms and differential expression of microRNAs, respectively. Thus, this research aimed to identify the expression profile of microRNA's, as well as to create a classifier based on artificial intelligence from polymorphisms associated with the appearance of Hepatocellular Carcinoma. For this, blood, tumor, and non-tumor tissues of the liver were selected for analysis of genetic polymorphisms and sequencing of new generation, and later, validation by RT-qPCR. We compared microRNA expressions between liver areas of CHC and non-neoplastic. We found that the rs1840680 and rs2305619 polymorphisms in the PTX3 gene, the -221 in MBL2, rs1800629 in TNF-α, and rs2333227 in the MPO gene are associated with the risk of developing CHC. In addition, computational algorithms were built to predict the onset of CHC, using the machine with an average accuracy of 70%. The microRNAs hsa-miR-26a / b, hsa-let-7a / c, and hsa-miR-125a-5p were found to have higher levels of expression in CHC, such microRNAs act by deregulating cell cycle control pathways, possibly potentiating or causing cancer primary liver cell. Thus, it is proposed that the PTX3, MBL2, TNFα, and MPO genes can play important roles in the evolution of the fibrotic process in patients affected by this liver disease. However, more should be investigated to confirm and understand their role during the development of hepatocellular carcinoma.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.porBiomarcadores tumoraisCarcinoma Hepatocelularpoliformismo de núcleotídeo únicoTumor biomarkersHepatocellular CarcinomaSingle nucleotide polyformismBiomarcadores tumoralesCarcinoma hepatocelularPoliformismo de un solo nucleótidoBiomarqueurs tumorauxCarcinome hépatocellulairePolyformisme mononucléotidiqueBiomarcadores tumoraisgenetCarcinoma HepatocelulargenetPolimorfismo de nucleotídeo únicoMicroRNAsCirrose hepáticaPredisposição Genética para DoençaFatores de RiscoFatores genéticos e epigenéticos associados ao surgimento do carcinoma hepatocelular (HCC)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2021-06-16Instituto Aggeu MagalhãesFundação Oswaldo. Instituto Aggeu Magalhães.Recife/PEPrograma de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia em Saúdeinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53390/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALraul_lima_iam_dout_2022.pdf.pdfraul_lima_iam_dout_2022.pdf.pdfapplication/pdf4582516https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53390/2/raul_lima_iam_dout_2022.pdf.pdf4ac438e9541ef403161ef0455f1ce21cMD52icict/533902022-06-22 15:26:54.965oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-22T18:26:54Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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