Stingray: system for integrated genomic resources and analysis

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Wagner, Glauber
Data de Publicação: 2014
Outros Autores: Jardim, Rodrigo, Tschoeke, Diogo A, Loureiro, Daniel R, Ocaña, Kary ACS, Ribeiro, Antonio CB, Emmel, Vanessa E, Probst, Christian M, Pitaluga, André N, Grisard, Edmundo C, Cavalcanti, Maria C, Campos, Maria LM, Mattoso, Marta, Dávila, Alberto MR
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/10051
Resumo: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia (MIP). Laboratório de Protozoologia. Florianópolis, SC, Brasil / Universidade Oeste de Santa Catarina (Unoesc). Área de Ciências Biológicas e da Saúde (ACBS). Laboratório de Doenças Infecciosas e Parasitárias (LDPIP). Joaçaba, SC, Brasil.
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Laboratório de Protozoologia. Florianópolis, SC, Brasil / Universidade Oeste de Santa Catarina (Unoesc). Área de Ciências Biológicas e da Saúde (ACBS). Laboratório de Doenças Infecciosas e Parasitárias (LDPIP). Joaçaba, SC, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Laboratório de Biologia Molecular de Parasitas e Vetores. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas (ICC). Laboratório de Bioinformática. Curitiba, PR, Brasil .Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular de Parasitas e Vetores . Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal de Santa Catarina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Laboratório de Protozoologia. Florianópolis, SC, Brasil.Instituto Militar de Engenharia (IME). Seção de Engenharia de Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Ciência da Computação. Instituto de Matemática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa em Engenharia (COPPE). Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Pólo de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Background: The STINGRAY system has been conceived to ease the tasks of integrating, analyzing, annotating and presenting genomic and expression data from Sanger and Next Generation Sequencing (NGS) platforms. Findings: STINGRAY includes: (a) a complete and integrated workflow (more than 20 bioinformatics tools) ranging from functional annotation to phylogeny; (b) a MySQL database schema, suitable for data integration and user access control; and (c) a user-friendly graphical web-based interface that makes the system intuitive, facilitating the tasks of data analysis and annotation. Conclusion: STINGRAY showed to be an easy to use and complete system for analyzing sequencing data. While both Sanger and NGS platforms are supported, the system could be faster using Sanger data, since the large NGS datasets could potentially slow down the MySQL database usage. STINGRAY is available at http://stingray.biowebdb. org and the open source code at http://sourceforge.net/projects/stingray-biowebdb.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1914https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10051/1/license.txt7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81fMD51ORIGINALglauber_wagneretal_IOC_2014.pdfapplication/pdf986097https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10051/2/glauber_wagneretal_IOC_2014.pdf9080a425964687bcaf065d4ca738deb8MD52TEXTglauber_wagneretal_IOC_2014.pdf.txtglauber_wagneretal_IOC_2014.pdf.txtExtracted texttext/plain42378https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10051/3/glauber_wagneretal_IOC_2014.pdf.txt056bbf87fed79d0a84c1cd6f862831a0MD53icict/100512023-09-05 10:36:33.256oai:www.arca.fiocruz.br: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ório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-09-05T13:36:33Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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