Pesquisa de terminologias e ontologias atuais em biologia e medicina

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Freitas, Fred
Data de Publicação: 2009
Outros Autores: Schulz, Stefan, Moraes, Eduardo
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17455
Resumo: Este documento apresenta o estado da arte das terminologias e ontologias aplicadas à Biologia e à Medicina. Sem a intenção de torná-lo inteiramente abrangente, descrevemos alguns dos recursos mais importantes que atualmente atraem interesse da indústria e da área acadêmica. Apresentamos uma estrutura descritiva, e comparamos os sistemas em termos de seus elementos de arquitetura, expressividade e cobertura, e também analisamos a natureza das entidades que eles denotam. Em especial, examinamos a Classificação Internacional de Doenças - CID, Medical Subject Headings – MeSH (Cabeçalhos Médicos), Gene Ontology – GO (Ontologia Genética), Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms - SNOMED CT (Nomenclatura Sistematizada de Medicina – Termos Clínicos), Generalized Architecture for Languages, Encyclopaedias and Nomenclatures - openGALEN, (Arquitetura Generalizada de Linguagens, Enciclopédias e Nomenclaturas), Foundational Model of Anatomy – FMA (Modelo Fundamental de Anatomia), Unified Medical Language System – UMLS (Sistema Unificado de Linguagem Médica) e Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry (Oficina de Ontologias Biomédicas Abertas).
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Em especial, examinamos a Classificação Internacional de Doenças - CID, Medical Subject Headings – MeSH (Cabeçalhos Médicos), Gene Ontology – GO (Ontologia Genética), Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms - SNOMED CT (Nomenclatura Sistematizada de Medicina – Termos Clínicos), Generalized Architecture for Languages, Encyclopaedias and Nomenclatures - openGALEN, (Arquitetura Generalizada de Linguagens, Enciclopédias e Nomenclaturas), Foundational Model of Anatomy – FMA (Modelo Fundamental de Anatomia), Unified Medical Language System – UMLS (Sistema Unificado de Linguagem Médica) e Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry (Oficina de Ontologias Biomédicas Abertas).This paper provides a survey of the state of the art in terminologies and ontologies applied to Biology and Medicine. Not intending to be fully comprehensive, we describe some of the most relevant resources that currently attract interest from industry and academia. We introduce a description framework and compare the systems in terms of their architectural elements, their expressiveness, and coverage, as well as analyze the nature of entities they denote. In particular, we scrutinize the International Classification of Diseases (ICD), the Medical Subject Headings (MeSH), the Gene Ontology (GO), the Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms (SNOMED CT), the Generalized Architecture for Languages, Encyclopaedias and Nomenclatures (openGALEN), the Foundational Model of Anatomy (FMA), the Unified Medical Language System (UMLS), and the Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry.Universidade Federal de Pernambuco. Centro de Informática. Recife, PE, Brasil.Instituto de Biometria Médica e Informática da Medicina. Centro Médico Universitário. Freiburg, Alemanha.Universidade Federal de Pernambuco. Centro de Informática. Recife, PE, Brasil.porFundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Cientifica e Tecnológica em Saúde.TerminologiasOntologiasBiologiaMedicinaTerminologyOntologyBiologyMedicinePesquisa de terminologias e ontologias atuais em biologia e medicinaSurvey of current terminologies and ontologies in biology and medicineinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17455/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL2.pdfVersão Portuguêsapplication/pdf273317https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17455/2/2.pdfc32874aa9cfe8fc112ff756c4348fcebMD52ve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdfve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdfVersão Inglêsapplication/pdf239834https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17455/4/ve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdfd239a368efca8c5e2a3f29330eead172MD54TEXT2.pdf.txt2.pdf.txtExtracted texttext/plain62694https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17455/3/2.pdf.txtabf813e689176c855a37153842eaa5b5MD53ve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdf.txtve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdf.txtExtracted texttext/plain57147https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17455/5/ve_Fred_Freitas_etal_2009_en.pdf.txtf674dd8175581ef22f6acfd39c5e4471MD55icict/174552019-09-21 02:01:36.898oai:www.arca.fiocruz.br:icict/17455Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-09-21T05:01:36Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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