Monitoramento de patógenos emergentes em águas residuais e ecossistemas aquáticos

• Autor(a) principal: Goldfreind, Mayan Press
• Data de Publicação: 2023
• Outros Autores: Lopes, Gabriele Peçanha Feitosa, Brito, Andressa Silva Gonçalves de, Lima, Mariana Magaldi de Souza, Fernandes, Kayo Cesar Bianco, Clementino, Maysa Beatriz Mandetta
• Tipo de documento: Artigo de conferência
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60563
• topic: Vigilância Epidemiológica baseada em Águas Residuárias; Patógenos; SARS-CoV-2; Gripe Aviária; Vírus da Influenza A; Vírus da Influenza B; COVID-19

As águas residuais e superficiais podem conter informações valiosas sobre a saúde e o comportamento de comunidades e ambientes, de um modo geral. Essas matrizes vêm sendo estudadas por meio da Wastewater Based Surveillance (WBS), uma ferramenta da vigilância em saúde eficiente no monitoramento de poluentes e patógenos, principalmente os disseminados pelas rotas oro-fecal e renal. Durante a pandemia de COVID-19 a WBS ganhou destaque como abordagem complementar à vigilância clínica, devido seu baixo custo e acurácia na detecção precoce da circulação do SARS-CoV-2, pois a disseminação viral inicia no período de incubação. A WBS vem sendo adotada desde meados de 1800 na detecção e vigilância de diversos outros patógenos, como poliovírus, vírus ebola e vírus dengue. Este estudo visa monitorar águas residuais e superficiais do Rio de Janeiro, no que se refere à circulação de SARS-CoV-2 (pós pandemia) e dos vírus da Influenza A e B, devido recentes surtos de gripe aviária relatados mundialmente. Os locais de coleta são: Lagoa Rodrigo de Freitas - LRF; Praia de Ipanema; Jardim de Alah; Estações de Tratamento de Efluente Hospitalar (entrada e saída); Estação de Tratamento de Efluente Misto (entrada e saída); Estação de Tratamento Industrial 1 (entrada e saída); Estação de Tratamento Industrial 2 (entrada e saída). Até o momento, foram coletadas 31 amostras que vêm sendo processados por: filtração em membrana 0,22µM, concentração de vírus com PEG 8000, extração de RNA, RT-qPCR dos genes E/N do SARS-CoV-2, M do Influenza A e NS do Influenza B, e sequenciamento genômico e análise em banco de dados das amostras positivas para SARS-CoV-2. Durante o período inicial, verificamos a necessidade de adaptar o protocolo convencional de sequenciamento de SARS-CoV-2 de origem clínica, para amostras ambientais. Até o momento, obtivemos sucesso na detecção e amplificação de fragmentos que compõem o genoma completo do COVID-19, a proteína Spike e um fragmento menor que inclui a área do Receptor Binding Domain (RBD). O sequenciamento de SARS-CoV-2 em amostras ambientais é desafiador por se tratar de uma matriz complexa, onde o patógeno está diluído e sofre ações de diversos agentes externos, químicos, físicos e biológicos, que danificam e fragmentam o seu material genético, o que dificulta sua detecção e caracterização. Neste cenário, buscamos estabelecer um protocolo de sequenciamento eficaz, que traga resultados consistentes capazes de diferenciar as variantes encontradas.