SARS‐COV‐2 genomic monitoring in the state of São Paulo unveils two emerging AY.43 sublineages

Lima, Alex Ranieri Jerônimo; Ribeiro, Gabriela; Viala, Vincent Louis; Lima, Loyze Paola Oliveira de; Martins, Antonio Jorge; Barros, Claudia Renata dos Santos; Marqueze, Elaine Cristina; Bernardino, Jardelina de Souza Todao; Moretti, Debora Botequio; Rodrigues, Evandra Strazza; Santos, Elaine Vieira; Brassaloti, Ricardo Augusto; Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos; Mariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa; Clemente, Luan Gaspar; Assato, Patricia Akemi; Costa, Felipe Allan da Silva da; Poleti, Mirele Daiana; Lesbon, Jessika Cristina Chagas; Mattos, Elisangela Chicaroni; Banho, Cecilia Artico; Sacchetto, Livia; Moraes, Marília Mazzi; Palmieri, Melissa; Martininghi, Maiara; Caldeira, Luiz Artur Vieira; Silva, Fabiana Erica Vilanova da; Groto, Rejane Maria Tommasini; Souza Neto, Jayme A.; Giovanetti, Marta; Alcantara, Luiz Carlos Junior; Nogueira, Maurício Lacerda; Fukumasu, Heidge; Coutinho, Luiz Lehmann; Kashima, Simone; Machado Neto, Raul; Covas, Dimas Tadeu; Slavov, Svetoslav Nanev; Sampaio, Sandra Coccuzzo; Elias, Maria Carolina

SARS‐COV‐2 genomic monitoring in the state of São Paulo unveils two emerging AY.43 sublineages

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal:	Lima, Alex Ranieri Jerônimo
Data de Publicação:	2022
Outros Autores:	Ribeiro, Gabriela, Viala, Vincent Louis, Lima, Loyze Paola Oliveira de, Martins, Antonio Jorge, Barros, Claudia Renata dos Santos, Marqueze, Elaine Cristina, Bernardino, Jardelina de Souza Todao, Moretti, Debora Botequio, Rodrigues, Evandra Strazza, Santos, Elaine Vieira, Brassaloti, Ricardo Augusto, Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos, Mariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa, Clemente, Luan Gaspar, Assato, Patricia Akemi, Costa, Felipe Allan da Silva da, Poleti, Mirele Daiana, Lesbon, Jessika Cristina Chagas, Mattos, Elisangela Chicaroni, Banho, Cecilia Artico, Sacchetto, Livia, Moraes, Marília Mazzi, Palmieri, Melissa, Martininghi, Maiara, Caldeira, Luiz Artur Vieira, Silva, Fabiana Erica Vilanova da, Groto, Rejane Maria Tommasini, Souza Neto, Jayme A., Giovanetti, Marta, Alcantara, Luiz Carlos Junior, Nogueira, Maurício Lacerda, Fukumasu, Heidge, Coutinho, Luiz Lehmann, Kashima, Simone, Machado Neto, Raul, Covas, Dimas Tadeu, Slavov, Svetoslav Nanev, Sampaio, Sandra Coccuzzo, Elias, Maria Carolina
Tipo de documento:	Artigo
Idioma:	eng
Título da fonte:	Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo:	https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/56218
Resumo:	Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.

Metadados do item

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Alex Ranieri Jerônimo et al. SARS‐COV‐2 genomic monitoring in the state of São Paulo unveils two emerging AY.43 sublineages. Journal of Medical Virology, v. 94, p. 3394-3398, 2022.1096-9071https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/56218engWileyAY.43Delta VOCSARS‐CoV‐2Sublinhagens emergentesVigilância genômicaAY.43Delta VOCEmerging sublineagesGenomic surveillanceSARS‐CoV‐2SARS‐COV‐2 genomic monitoring in the state of São Paulo unveils two emerging AY.43 sublineagesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleInstituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.NGS Soluções Genômicas, Piracicaba, São Paulo, BrazilUniversidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Ciências Agrícolas. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Ciências Agrícolas. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Coordenação de Vigilância em Saúde—Secretaria Municipal da Saúde, São Paulo, SP. Brasil.Secretaria Municipal da Saúde. São Paulo, SP, Brasil.Secretaria Municipal da Saúde. São Paulo, SP, Brasil.Secretaria Municipal da Saúde. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Ciências Agrícolas. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil / Escola de Medicina de Boturcatu. Hospital de Clínicas. Laboratório de Biologia Molecular. Laboratório de Biotecnologia Aplicada. Botucatu, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Ciências Agrícolas. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular, Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular, Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil / Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Instituto Butantan. Centro de Desenvolvimento Científico. São Paulo, SP, Brasil.Delta VOC is highly diverse with more than 120 sublineages already described as of November 30, 2021. In this study, through active monitoring of circulating severe acute respiratory syndrome coronavirus‐2 (SARS‐CoV‐2) variants in the state of São Paulo, southeast Brazil, we identified two emerging sublineages from the ancestral AY.43 strain which were classified as AY.43.1 and AY.43.2. These sublineages were defined by the following characteristic nonsynonymous mutations ORF1ab:A4133V and ORF3a:T14I for the AY.43.1 and ORF1ab:G1155C for the AY.43.2 and our analysis reveals that they might have a likely‐Brazilian origin. Much is still unknown regarding their dissemination in the state of São Paulo and Brazil as well as their potential impact on the ongoing vaccination process. However, the results obtained in this study reinforce the importance of genomic surveillance activity for timely identification of emerging SARS‐CoV‐2 variants which can impact the ongoing SARS‐CoV‐2 vaccination and public health policies.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82991https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/56218/1/license.txt5a560609d32a3863062d77ff32785d58MD51ORIGINALLuizAlcantaraJr_MartaGiovanetti_etal_IOC_2022.pdfLuizAlcantaraJr_MartaGiovanetti_etal_IOC_2022.pdfapplication/pdf1344133https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/56218/2/LuizAlcantaraJr_MartaGiovanetti_etal_IOC_2022.pdfca03c2f54ecb3d7bd7bed27a5714820aMD52icict/562182023-09-04 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