Atualização e aprimoramento do banco de dados e da ferramenta de genotipagem do HTLV-1 e desenvolvimento de ferramentas de tipagem para o HTLV e de genotipagem e filotipagem para o HTLV-1 e HTLV-2

• Autor(a) principal: Araújo, Murilo Freire Oliveira
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/25802
• topic: HTLV; Bioinformática; Genotipagem; Banco de Dados; HTLV; Bioinformatics; Genotyping; Database

INTRODUÇÃO: O gerenciamento e a análise de dados biológicos através de métodos computacionais modernos necessitam que, em alguns casos, os pesquisadores submetam seus dados para diversos softwares distintos. A integração entre as ferramentas de bioinformática pode atenuar a problemática relacionada ao fluxo de dados biológicos entre várias aplicações diferentes, tornando mais transparente para o usuário o processo de obtenção de tipos específicos de informação, como a identificação automática de vírus e seus subtipos. OBJETIVO: Desenvolver ferramentas de bioinformática para a tipagem, genotipagem e de filotipagem para o Human T Lymphotropic Virus (HTLV) tipos 1, 2 ,3 e 4. MATERIAL E MÉTODOS: Primeiro analisou-se e modificou-se a ferramenta REGA Genotype Tool adicionando suporte para a genotipagem do HTLV tipos 1, 2 3 e 4. A segunda etapa aprimorou o HTLV-1 Molecular Epidemiology Database, reconstruindo seu banco de dados e as páginas web da aplicação. Adicionou-se a funcionalidade de login, download automático de dados e de auditoria e manutenção dos dados. O banco de dados passou a incluir sequências do HTLV-2, HTLV-3 e HTLV-4. Na terceira etapa, as ferramentas foram integradas através da construção de um Servlet no REGA Genotype Tool e de páginas específicas na aplicação de banco de dados capazes de realizar requisições e recuperar informações acerca das análises filogenéticas. RESULTADOS: A funcionalidade de genotipagem do HTLV-1 foi migrada para a nova versão do REGA Genotype Tool e adicionou-se a capacidade de genotipar os demais tipos do HTLV. Esta ferramenta foi otimizada visando um melhor desempenho e facilidades na inclusão de novos organismos no futuro. O Banco de Dados Público do HTLV-1 foi aprimorado: seu esquema foi normalizado e ganhou novas tabelas; As páginas foram refeitas utilizando padrões modernos de tecnologia web; Foram acrescidas as funcionalidades de login, download de sequências e auditoria e manutenção dos dados; E este passou a conter também sequências dos tipos 2, 3 e 4 do HTLV. Ocorreu a integração entre estas duas ferramentas, permitindo que o resultado de uma genotipagem seja recuperado pelo Banco de Dados e este possa realizar os tratamentos de arquivos e as consultas necessários para identificação dos tipos de vírus e seus subtipos. CONCLUSÃO: Foram desenvolvidas ferramentas para auxílio nos estudos referentes aos quatro tipos do HTLV, tanto em sua análise filogenética quanto provendo um repositório online de sequências e seus dados biológicos, geográficos, epidemiológicos e clínicos associados, o que contribuiu para a celeridade nas pesquisas relacionadas uma vez que o processo de análise dos dados do HTLV é simplificado através de aplicações confiáveis e otimizadas.