Ferramenta de análise de hepatite, banco de dados de sequências HATsDB -HEPATITIS ANALYSIS TOOL, SEQUENCE DATABASE

• Autor(a) principal: Araújo Júnior, Helton Fábio Santos de
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/50403
• topic: Análise Genômica; Hepatite C; Banco de Dados; VHC; Genomic Analysis; Hepatitis C; Databases; VHC; Análise Genômica; Banco de Dados; Hepatite C; Vhc; Sequenciamento de Genoma

INTRODUÇÃO: A Hepatite C, doença silenciosa causada pelo Vírus da Hepatite C (VHC), representa um problema na saúde pública global. Segundo a OMS (Organização Mundial da Saúde) cerca de 399.000 pessoas morrem anualmente por Hepatite C ou pelas doenças associadas, como cirrose ou carcinoma hepatocelular. Para lidar com a hepatite e evitar as suas possíveis progressões, é necessária a criação de vacinas. No entanto, os dados especializados necessários para o desenvolvimento de novos fármacos e tratamentos não estão disponíveis de forma centralizada em uma base de dados. Embora o VHC apresente risco severo à saúde pública, não há um banco de dados atualizado com análises biológicas sobre o vírus. Existem apenas bancos de dados primários e bancos de epítopos, e a única base de dados específica para o VHC foi descontinuada. OBJETIVO: Para obter uma vacina, é de grande valia que haja a informação sobre a distribuição dos subtipos e o mapeamento do genoma. Assim é possibilitado também que os epítopos imunogênicos, representados pela menor parcela do antígeno capaz de gerar uma resposta imune no hospedeiro, sejam mapeados, consequentemente se encontre a ordem de relevância de todos os epítopos. Desta forma, objetivou-se o desenvolvimento de um sistema autônomo que foca em obter dados primários e realizar mapeamento de sequências, classificação destas sequências e mapeamento de epítopos. MATERIAL e MÉTODOS: Neste trabalho, foi realizado um estudo in-sílico no propósito da obtenção dos dados primários, mapeamento e subtipagem de sequências genômicas utilizando modelos matemáticos para realizar alinhamentos conhecidos como matrizes de pontuação por posição, fazendo assim a classificação destas sequências em genótipos e subtipos. Desse modo, o próximo passo corresponde ao processo de mapeamento dos epítopos imunogênicos através de um algoritmo de janela deslizante, buscando encontrar regiões genômicas nas sequências de VHC correspondentes a um epítopo dentre todos os epítopos presentes no conjunto de dados que foram obtidos de um banco especializado. RESULTADOS: Se observa que o epítopo de sequência linear \201CYLLPRRGPRL\201D tem uma das maiores quantidades de correspondências (937.738 ocorrências totais e 17.384 ocorrências em registros únicos de sequências) em todas as sequências estando presente em 16 subtipos, e apresenta uma frequência de correspondência em sequências de 7,15% na quantidade total de sequências (não estando presente apenas nos subtipos 3b e 3k). Todavia, o epítopo de sequência linear \201CGSWHINRT\201D tem cerca da metade do total de correspondências (48.626 ocorrências totais e também para registros únicos de sequências), porém, está globalmente mais presente (em um total de 20% de todas as sequências). CONCLUSÃO: O HATsDB, os dados estatísticos dos mapeamentos, os backups de banco e os dados de epítopos estão disponíveis em: http://pah.bahia.fiocruz.br/hat/